การดำเนินงานและการปกครองของคณะสงฆ์จีนนิกาย ได้มีการเปลี่ยนแปลงให้เจริญดีขึ้น หลายประการด้วยกัน อาทิ

• ภายหลังจากท่านเจ้าคุณโพธิ์แจ้งได้รับตำแหน่งสังฆนายกนิกายวินัย แห่งสาธารณรัฐประชาชนจีน แล้วท่านได้ธุดงค์กลับประเทศไทย ท่านได้นำพระคัมภีร์ต่าง ๆ กลับมาเมืองไทย และมีการเริ่มแปลพระคัมภีร์ต่าง ๆ เป็นภาษาไทย และมีการแปลพระวินัย สิกขาบทของฝ่ายมหายาน ขึ้น เพื่อให้ภิกษุในสำนักฝ่ายมหายาน ซึ่งมีวัดโพธิ์เย็นเป็นศูนย์กลางการศึกษา ของนิกายวินัย และนิกายมนตรายาน ได้เรียนรู้และเข้าใจหลักพระวินัย และยึดถืออย่างเคร่งครัด

• เกิดมีระเบียบการบรรพชาอุปสมบทในฝ่ายสงฆ์จีนนิกายขึ้น เนื่องจากแต่เดิมพระสงฆ์ จีนล้วนอุปสมบทมาจากประเทศจีนทั้งสิ้น เพราะที่ประเทศไทยไม่มีสีมามณฑลอันชอบด้วยวินัยนิยมตามคติของฝ่ายจีน ดังนั้นจึงมีแต่การบรรพชาสามเณรในไทยได้เท่านั้น ครั้นเมื่อสร้างวัดโพธิ์เย็น (จีนนิกาย)ขึ้น ที่ตลาดลูกแก อำเภอท่ามะกา จังหวัดกาญจนบุรี พระอาจารย์โพธิแจ้งผู้สร้างก็ได้ประกอบพิธี สังฆกรรมผูกพัทธสีมา ตามวินัยนิยม จึงเป็นวัดจีนวัดแรกในประเทศไทย ที่ให้การอุปสมบทแก่กุลบุตรได้ ครั้งนั้น พระสาสนโสภณ เจ้าอาวาสวัดมกุฏกษัตริยาราม สั่งการแทนสมเด็จพระสังฆนายก ได้กำหนดระเบียบพระอุปัชฌาย์ และระเบียบการบรรพชาอุปสมบทฝ่ายสงฆ์จีนนิกาย กล่าวคือ ผู้ที่จะบรรพชาเป็นสามเณรก็ดี จะอุปสมบทเป็นพระภิกษุก็ดี ต้องมาขอบรรพชาอุปสมบทต่อ พระอุปัชฌาย์จีน ที่สมเด็จพระสังฆราชแต่งตั้งขึ้นเท่านั้น และพระอาจารย์โพธิแจ้ง ก็ได้รับบัญชาแต่งตั้งเป็น พระอุปัชฌาย์จีนรูปแรก ให้การบรรพชาอุปสมบทแก่กุลบุตร ที่สวัดโพธิเย็นเป็นแห่งแรก ปรากฏว่ามีกุลบุตรชาวจีน เข้ามาขอบรรพชาอุปสมบท ในปีหนึ่งเป็นจำนวนมาก การบรรพชาอุปสมบท ในคณะสงฆ์จีนนิกาย ก็เป็นไปเช่นเดียวกับการบรรพชาอุปสมบทของพระสงฆ์ไทย กล่าวคือการบวชและการลาสิกขาเป็นไปตามความสมัครใจ ไม่ได้มีการบังคับว่า เมื่อบวชแล้วจะต้องอยู่ในสมณเพศตลอดไป

• เริ่มมีกรรมการคณะสงฆ์จีนนิกาย นับตั้งแต่มีวัดจีนขึ้นในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้า ฯ ภิกษุจีนบางรูปได้ทำการสร้างสำนักสงฆ์อยู่กระจัดกระจายทั่วไปในกรุงเทพ ฯ ท่านเจ้าคณะใหญ่จึงได้ กราบทูลสมเด็จพระสังฆนายก เพื่อพิจารณาแต่งตั้งกรรมการสงฆ์จีนนิกาย เมื่อปี พ.ศ. 2497 สมเด็จพระวันรัต (ปลด กิตติโสภณเถระ) แห่งวัดเบญจมบพิตร ผู้เป็นสังฆนายก จึงได้มีพระบัญชาแต่งตั้งพระเถระฝ่ายจีนนิกาย ขึ้นเป็นคณะกรรมการสงฆ์จีนนิกาย เพื่ออำนวยการปกครองดูแลวัด และสำนักสงฆ์จีนต่าง ๆ ให้เป็นไปตามระเบียบ ซึ่งในคณะกรรมการ ฯ ครั้นนั้นมีพระอาจารย์จีนธรรมสมาธิวัตร (โพธิแจ้ง) เป็นประธาน

• ได้มีการฟื้นฟูพิธีถวายผ้ากฐินทานขึ้น ซึ่งความจริงสังฆกรรมทุกอย่างในฝ่ายมหายานนั้น ก็มีตรงกับสังฆกรรมฝ่ายเถรวาท แต่อาศัยความเหมาะสมกับกาลเทศะ และประเพณีบ้านเมือง ทางฝ่ายมหายานจึงคัดเอาแต่ที่อนุโลมกันได้มาปฏิบัติ ครั้นเมื่อพระสงฆ์จีนเข้ามาตั้งนิกายขึ้นในประเทศไทย พระคณาจารย์จีนจึงฟื้นฟูสังฆกรรมบางอย่างที่ละเว้นไปนานขึ้นมาปฏิบัติใหม่ ในสมัยเจ้าคณะใหญ่ลำดับที่ 1 และที่ 2 วัดมังกรกมลาวาส ก็เคยมีพิธีทอดกฐินเช่นดียวกับวัดไทย แต่เมื่อสิ้นสมัยของท่านทั้งสองแล้ว พิธีนี้ก็ได้หยุดชะงักไปช้านานประมาณ 40 ปี จนมาถึงเจ้าคณะใหญ่ลำดับที่ 6 (โพธิแจ้ง) จึงได้มีการฟื้นฟูสังฆกรรมนี้ขึ้นมาใหม่ ในขณะที่ท่านดำรงตำแหน่ง หลวงจีนธรรมรสจีนศาสน์ ที่วัดโพธิเย็นเป็นวัดแรก และเมื่อท่านได้รับตำแหน่งเป็น เจ้าอาวาสวัดมังกรกมลาวาส ก็ได้มีพุทธบริษัทไทย - จีน ร่วมกันจัดกฐินสามัคคีขึ้น นับเป็นงานประจำปีที่สำคัญงานหนึ่ง ของคณะสงฆ์จีนนิกาย ในประเทศไทย เริ่มตั้งแต่ปี พ.ศ. 2499 เป็นต้นมา