นับจากราชวงศ์ฮั่นเป็นต้นมา ชาวไทยและชาวจีนได้มีการติดต่อสัมพันธ์ทางการค้า จนถึงพุทธศตวรรษที่ 18 อาณาจักรสุโขทัยได้ก่อตั้งขึ้น ความสัมพันธ์ของทั้งสองประเทศก็เพิ่มพูนขึ้น ชาวจีนจากมณฑลกวางตุ้งและมณฑลฮกเกี้ยน ได้ทะยอยมาทำมาหากินในไทย แม้จนกษัตริย์แห่งสุโขทัยได้ไปนำเทคนิคการทำกระเบื้องเคลือบ (สังคโลก) มาสู่ประเทศไทยถึงสมัยอาณาจักรอยุธยา ชาวจีนในไทยมีมากขึ้น จนเกิดเป็นย่านชาวจีนขึ้น และมีชาวจีนเข้ารับราชการในราชสำนักไทย จนอยุธยาเสียแก่ข้าศึก พระยากำแพงเพชร (ตากสิน) ผู้มีบิดาเป็นชาวจีนได้นำทหารไทย-จีน ฝ่าวงล้อมข้าศึกและกอบกู้เอกราชไทยได้สำเร็จ โดยตั้งราชธานีที่อาณาจักรธนบุรี

ในระหว่างสมัยทั้งสามที่ผ่านมาชาวจีนส่วนใหญ่นับถือศาสนาพุทธ ลัทธิขงจื๊อ ห้าทหารเสือ ซีหวังหมู่ เซน และลัทธิเต๋าปะปนกัน คงมีเพียงศาลเจ้าจีนยังไม่มีการสร้างวัดขึ้น ชาวจีนคงอาศัยทำบุญในวัดไทยนั่นเอง

เมื่อ พ.ศ. 2316 ที่ปรากฏในพงศาวดารของญวนในประเทศไทยว่า ได้เกิดกบฏขึ้นที่เมืองเว้อันเป็นราชธานีของประเทศญวนหรือประเทศเวียดนาม พวกกบฏรุกเข้ามาชิงเมืองเว้ ได้ทำลายบ้านเมืองและฆ่าฟันพลเมืองรวมทั้งเชื้อพระวงศ์เสียเป็นอันมาก พวกราชวงศ์และพลเมืองของญวนต่างพากันหลบหนีภัยไปคนละทาง และกลุ่มพวกญวนขององเชียงซุน ได้เข้ามาพึ่งพระบารมีของพระเจ้ากรุงธนบุรี ในปีวอก พ.ศ. 2319 พระเจ้ากรุงธนบุรีจึงได้โปรดรับไว้พระสงฆ์มหายานแบบญวน สมัยองเชียงซุนได้เข้ามาสร้างวัดแบบมหายานขึ้น ในสมัยพระเจ้ากรุงธนบุรี ซึ่งวัดของคณะสงฆ์อนัมนิกายแห่งประเทศไทยได้เกิดขึ้นเป็นครั้งแรก 2 วัด คือ

1. วัดมงคลสมาคม (โห่ยคั้นตื่อ) ตั้งอยู่หลังวังบูรพาภิรมย์ ต่อมารัฐบาลต้องการที่ตรงนั้นสร้างถนน พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวทรงโปรดให้ทำผาติกรรมตามแบบพระสงฆ์ไทย แล้วพระราชทานที่ดินริมถนนแปลงนาม เขตสัมพันธวงศ์ กรุงเทพมหานคร ให้สร้างวัดมงคลสมาคมขึ้นใหม่ ส่วนวัดเดิมให้ยุบแล้วสร้างถนนไป
2. วัดทิพย์วารีวิหาร (กามโล่ตื่อ) ตั้งอยู่บ้านหม้อ กรุงเทพมหานคร หลังจากนั้นมาวัดแห่งนี้ได้ร่างมาหลายปี และในปัจจุบันมีพระสงฆ์จีนนิกายปกครองดูแล

ชาวจีนและชาวญวน ในครั้งนี้ได้ร่วมกันสร้างวัดให้พระสงฆ์อนัมนิกายมาพรรษาขึ้นหลายแห่ง จนมาถึงสมัยกรุงรัตนโกสินทร์ สถาปนาเมื่อปี 2325 ในรัชกาลที่ 1 ทางฝั่งตะวันออกของแม่น้ำเจ้าพระยา ซึ่งเดิมเป็นที่อยู่อาศัยของพระยาราชาเศรษฐี และพวกจีน โดยโปรดเกล้า ฯ ให้ย้ายพวกจีนไปอยู่ที่บริเวณวัดสัมพันธวงศาราม วรวิหาร (ปัจจุบันที่เรียกว่าสำเพ็ง)

สมัยรัชกาลที่ 3 ทั้งสองประเทศมีการติดต่อกันทางด้านศิลปกรรมเพิ่มขึ้นเนื่องจากพระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 3 โปรดสร้างพระอาราม และยังโปรดศิลปะพระราชนิยมแบบจีน

จวบจนสมัยรัชกาลที่ 5 พระอาจารย์สกเห็ง พระเถระนิกายฌานหรือนิกายเซ็น สาขาหลินฉี (วิปัสสนา) ชาวจีน จาริกมาจากประเทศจีน ราวก่อนปี พ.ศ. 2414 และพำนักจำพรรษาที่วิหารพระอวโลกิเตศวรโพธิสัตว์ร้าง ชื่อ "ย่งฮกอำ" มีป้ายชื่อลงปีรัชกาลเฉียนหลง ปีอิกเบ้า (ค.ศ. 1795) ตรงกับ พ.ศ. 2338 กล่าวกันว่าสร้างโดยชาวจีนในสมัยต้นกรุงรัตนโกสินทร์ ก่อนสร้างวัดกุศลสมาคร ฝ่ายอนัมนิกาย (วัดญวน) ได้มีพระอนัมมาอาศัยพักอยู่ชั่วคราว เมื่อสร้างวัดเสร็จจึงย้ายไปอยู่วัดญวน

สาธุชนชาวจีนได้เห็นจริยาวัตรท่านน่าเลื่อมใสศรัทธาจึงช่วยท่านปฏิสังขรณ์วิหารพระอวโลกิเตศวรโพธิสัตว์ พร้อมกับเปลี่ยนชื่อเป็น "ย่งฮกยี่" มีป้ายชื่อลงปี พ.ศ. 2430 (รัชกาลกวงสู ปีที่ 13 ค.ศ. 1887) แล้วกราบบังคมทูลขอพระราชทานนามวัดจากพระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาจุฬาลงกรณ์ พระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 5 พระองค์พระราชทานนามวัดว่า “วัดบำเพ็ญจีนพรต ” (ปัจจุบันยังมีป้ายพระราชทานนามวัดประดิษฐานอยู่ด้านหน้าอุโบสถ) และโปรดพระราชทานสมณศักดิ์ พระอาจารย์สกเห็งเป็นพระอาจารย์จีนวังสสมาธิวัตร เจ้าคณะใหญ่จีนนิกายรูปแรก

นอกจากนี้ยังมีพระภิกษุไฮซัน ชาวมณฑลหูหนาน จาริกมาพำนัก ในอารามร้าง ต.บ้านหม้อ ต่อมาได้บูรณะเป็น วัดทิพยวารีวิหาร (กำโล่วยี่)

กาลต่อมาเมื่อพระสงฆ์ฝ่ายจีนมีมากขึ้น พระอาจารย์สกเห็งเห็นควรขยายอารามให้พอเหมาะแก่จำนวนพระสงฆ์ จึงได้สร้างวัดมังกรกมลาวาส (เล่งเน่ยยี่) ขึ้น ปรากฏเป็นอารามฝ่ายจีนนิกายที่ใหญ่ที่สุดของประเทศไทยในครั้งนั้น รวมทั้งเป็นศูนย์กลางการบริหาร ปกครอง คณะสงฆ์จีนนิกาย

ต่อมา พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 5 โปรดเกล้าให้สถาปนา พระอาจารย์สกเห็ง เป็นที่ พระอาจารย์จีนวังสสมาธิวัตร เจ้าคณะใหญ่จีนนิกาย ดูแลบริหารปกครองพระสงฆ์จีนนิกายในประเทศไทย ทั้งตำแหน่งปลัดซ้าย ปลัดขวา เพื่อช่วยบริหารปกครอง และมีพัดยศพร้อมสมณบริขารประกอบสมณศักดิ์ด้วย