ในช่วงนั้น เชียงใหม่ถูกลดบทบาทลงเป็นเพียงศูนย์กลางของมณฑลพายัพ ถึงแม้ทางส่วนกลางจะพยายามรวมทุกแว่นแคว้นเข้าเป็นไทยเดียวกัน แต่ล้านนายังคงเอกลักษณ์ทางด้านชีวิตความเป็นอยู่ไว้อย่างเหนียวแน่น ต่างจากภาคอื่น ๆ ที่ถูกกลืนเข้าอยู่ภายใต้นโยบายการปกครองของส่วนกลาง ส่วนกลางพยายามจะลดบทบาทของล้านนาลงในทุกวิถีทาง เช่น ทางด้านการปกครอง ก็ส่งข้าหลวงจากส่วนกลางมาประจำมณฑลพายัพ ส่วนทางด้านศาสนา สมเด็จพระมหาสมณเจ้า กรมพระยาวชิรญาณวโรรส ได้เป็นผู้ดำเนินการจัดระเบียบการปกครองคณะสงฆ์ทั่วราชอาณาจักร แต่ในขณะนั้นรูปแบบการปกครองสงฆ์ในล้านนาได้มีรูปแบบเฉพาะของตน โดยผ่านความคิดระบบครูกับอาจารย์ นอกจากนี้นิกายต่าง ๆ นั้น ยังเกี่ยวข้องกับเชื้อชาติอีกด้วย เช่น นิกายเชียงใหม่ นิกายขืน นิกายยอง อีกด้วย เป็นต้น สำหรับครูบาเจ้าศรีวิชัยนั้นยึดถือปฏิบัติในแนวของนิกายเชียงใหม่ผสมกับนิกายยอง ซึ่งแพร่หลายในเขตบ้านโฮ่ง อำเภอป่าซาง จังหวัดลำพูน มีธรรมเนียมที่ยึดถือคือ การนุ่งห่มที่เรียกว่า “กุมผ้าแบบรัดอก” สวมหมวกแขวนลูกปะคำ ถือไม้เท้าและพัด ซึ่งยึดธรรมเนียมมาแต่วัดดอยแต โดยอ้างว่าสืบวิธีการนี้มาจากลังกา

ระบบการปกครองสงฆ์ในล้านนาที่เน้น “หัวหมวดอุโบสถ” หรือ “หัวหมวดวัด” เป็นระบบการปกครองของสงฆ์ล้านนาแต่เดิม พระอุปัชฌาย์รูปหนึ่งจะมีวัดขึ้นอยู่ในการดูแลจำนวนหนึ่ง เรียกว่า “เจ้าหมวดอุโบสถ” คัดเลือกพระที่มีผู้เคารพนับถือและได้รับการยกย่องว่าเป็นครูบา ดังนั้นครูบาเจ้าศรีวิชัย ซึ่งมีชื่อเสียงอยู่ในขณะนั้น และอยู่ในตำแหน่งหัวหมวดพระอุปัชฌาย์ ครูบาเจ้าศรีวิชัยจึงมีสิทธิที่จะบวชกุลบุตรได้ตามจารีตของสงฆ์ล้านนา การที่ครูบาเจ้าศรีวิชัยมีสิทธิที่จะบวชกุลบุตรได้ตามจารีตการถือปฏิบัติมาแต่เดิมนั้นขัดกับพระราชบัญญัติการปกครองคณะสงฆ์ ร.ศ.121 (พ.ศ. 2446) ในพระราชบัญญัตินี้ กำหนดว่า พระอุปัชฌาย์ที่จะบวชกุลบุตรได้ ต้องได้รับการแต่งตั้งตามระเบียบการปกครองของสงฆ์จากส่วนกลางเท่านั้น โดยถือเป็นหน้าที่ของเจ้าคณะแขวงนั้น ๆ เป็นผู้คัดเลือก และเมื่อคัดเลือกได้แล้ว จะนำชื่อเสนอเจ้าคณะผู้ใหญ่ในกรุงเทพฯเพื่อดำเนินการแต่งตั้งต่อไป