แต่เรื่องที่ทำให้ครูบาศรีวิชัยเป็นที่รู้จักกันในระยะแรกนั้น เกิดเนื่องจากการที่ท่านต้องอธิกรณ์ ซึ่งระเบียบการปกครองสงฆ์ตามจารีตเดิมของล้านนานั้นให้ความสำคัญแก่ระบบหมวดอุโบสถ หรือ ระบบหัวหมวดวัด มากกว่า และการปกครองก็เป็นไปในระบบพระอุปัชฌาย์อาจารย์กับศิษย์ ซึ่งพระอุปัชฌาย์รูปหนึ่งจะมีวัดขึ้นอยู่ในการดูแลจำนวนหนึ่งเรียกว่าเจ้าหมวดอุโบสถ โดยคัดเลือกจากพระที่มีผู้เคารพนับถือและได้รับการยกย่องว่าเป็น ครูบา ซึ่งหมายถึงพระภิกษุที่ได้รับความยกย่องอย่างสูง ดังนั้นครูบาศรีวิชัยซึ่งมีชื่อเสียงอยู่ในขณะนั้นจึงอยู่ในตำแหน่งหัวหมวดพระอุปัชฌาย์ โดยฐานะเช่นนี้ ครูบาศรีวิชัยจึงมีสิทธิ์ตามจารีตท้องถิ่นที่จะบวชกุลบุตรได้ ทำให้ครูบาศรีวิชัยจึงมีลูกศิษย์จำนวนมาก และลูกศิษย์เหล่านี้ก็ได้เป็นฐานกำลังที่สำคัญของครูบาศรีวิชัยในการดำเนินกิจกรรมทางศาสนาและกิจกรรมสาธารณประโยชน์ อีกทั้งยังเป็นแนวร่วมในการต่อต้านอำนาจจากกรุงเทพฯ เมื่อเกิดกรณีขัดแย้งขึ้นในเวลาต่อมา

ส่วนสงฆ์ในล้านนาเองก็มีแนวปฏิบัติที่หลากหลาย เนื่องจากมีการจำแนกพระสงฆ์ตามจารีตท้องถิ่นออกเป็นถึง 18 นิกาย และในแต่ละนิกายนี้ก็น่าจะหมายถึงกลุ่มพระที่เป็นสายพระอุปัชฌาย์สืบต่อกันมาในแต่ละท้องที่ซึ่งมีอำนาจปกครองในสายของตนโดยผ่านความคิดระบบครูกับศิษย์ และนอกจากนี้นิกายต่าง ๆ นั้นยังเกี่ยวข้องกับชื่อของเชื้อชาติอีกด้วย เช่น นิกายเชียงใหม่ นิกายขึน (เผ่าไทขึน/เขิน) นิกายยอง (จากเมืองยอง) เป็นต้น สำหรับครูบาศรีวิชัยนั้นยึดถือปฏิบัติในแนวของนิกายเชียงใหม่ผสมกับนิกายยองซึ่งมีแนวปฏิบัติบางอย่างต่างจากนิกายอื่น ๆ มีธรรมเนียมที่ยึดถือคือ การนุ่งห่มที่เรียกว่า กุมผ้าแบบรัดอก สวมหมวก แขวนลูกประคำ ถือไม้เท้าและพัด ซึ่งยึดธรรมเนียมมาจากวัดดอยแต โดยอ้างว่า สืบวิธีการนี้มาจากลังกา

การที่ครูบาศรีวิชัยถือว่าท่านมีสิทธิ์ที่จะบวชกุลบุตรได้ตามจารีตการถือปฏิบัติมาแต่เดิมนั้น ทำให้ขัดกับพระราชบัญญัติการปกครองคณะสงฆ์ ร.ศ.121 (พ.ศ. 2446) เพราะในพระราชบัญญัติดังกล่าวกำหนดว่า พระอุปัชฌาย์ที่จะบวชกุลบุตรได้ ต้องได้รับการแต่งตั้งตามระเบียบการปกครองของสงฆ์จากส่วนกลางเท่านั้น โดยถือเป็นหน้าที่ของเจ้าคณะแขวงนั้น ๆ เป็นผู้คัดเลือกผู้ที่ควรจะเป็นอุปัชฌาย์ได้ และเมื่อคัดเลือกได้แล้วจึงจะนำชื่อเสนอเจ้าคณะผู้ใหญ่ในกรุงเทพฯ เพื่อดำเนินการแต่งตั้งต่อไป การจัดระเบียบการปกครองใหม่ของกรุงเทพฯ นี้ถือเป็นวิธีการสลายจารีตเดิมของสงฆ์ในล้านนาอย่างได้ผล องค์กรสงฆ์ล้านนาก็เริ่มสลายตัวลงทีละน้อยเพราะอย่างน้อยความขัดแย้งต่าง ๆ ก็เกิดขึ้นระหว่างสงฆ์ในล้านนาด้วยกันเอง ดังกรณี ความขัดแย้งระหว่างครูบาศรีวิชัยกับพระครูมหารัตนากรเจ้าคณะแขวงลี้ อำเภอลี้ จังหวัดลำพูน เป็นต้น

การต้องอธิกรณ์ระยะแรกของครูบาศรีวิชัยนั้นเกิดขึ้นเพราะครูบาศรีวิชัยถือธรรมเนียมปฏิบัติตามจารีตเดิมของล้านนา ส่วนเจ้าคณะแขวงลี้ซึ่งใช้ระเบียบวิธีปฏิบัติของกรุงเทพฯ ซึ่งเห็นว่าครูบาศรีวิชัยทำหน้าที่พระอุปัชฌาย์โดยไม่ได้รับการอนุญาตจากเจ้าคณะแขวงลี้ จึงถือว่าเป็นความผิด เพราะตั้งตนเป็นพระอุปัชฌาย์เองและเป็นพระอุปัชฌาย์เถื่อน ครูบามหารัตนากร เจ้าคณะแขวงลี้ กับหนานบุญเติง นายอำเภอลี้ได้เรียกครูบาศรีวิชัยไปสอบสวนเกี่ยวกับปัญหาที่ครูบาศรีวิชัยเป็นพระอุปัชฌาย์บวชกุลบุตรโดยมิได้รับแต่งตั้งตามพระราชบัญญัติ การจับกุมครูบาศรีวิชัยสามารถแบ่งช่วงเวลาออกเป็น 3 ช่วงเนื่องจากเป็นระยะเวลาที่ยาวนานเกือบ 30 ปีและแต่ละช่วงจะมีรายละเอียดของสภาพสังคมที่แตกต่างกัน