เริ่มจากพระครูมหารัตนากร เจ้าคณะแขวงลี้ จังหวัดลำพูน กับขุนสินธุลีนานุบาล (หนานบุญเติง เตชคฤห์) นายอำเภอลี้ ได้เรียกครูบาเจ้าศรีวิชัยไปสอบสวน เกี่ยวกับกรณีที่ท่านเป็นพระอุปัชฌาย์บวชกุลบุตร โดยไม่ได้รับแต่งตั้งตามพระราชบัญญัติ ในขณะนั้น พระครูญาณมงคล (ปัญญา) เป็นเจ้าคณะเมืองลำพูน

กรณีนี้ได้สร้างปมยุ่งยากให้ครูบาเจ้าศรีวิชัยในเวลาต่อมา เพราะท่านไม่ยอมขึ้นกับส่วนกลาง ยังยึดถือขนบปฏิบัติแบบล้านนาอยู่ ทำให้ถูกเพ่งเล็งจากส่วนกลาง เนื่องจากเป็นพระที่มีอิทธิพลต่อความเชื่อความศรัทธาของชาวบ้านสูง นำไปสู่การจับกุมครูบาเจ้าศรีวิชัย ซึ่งสามารถแบ่งช่วงเวลาออกเป็น 3 ช่วง เป็นระยะเวลายาวนานกว่า 30 ปี