งานศึกษามีกลุ่มควบคุมเสียค่าใช้จ่ายน้อยโดยเปรียบเทียบ และเป็นแบบการศึกษาที่ใช้บ่อยในวิทยาการระบาดที่สามารถทำได้โดยทีมงานเล็ก ๆ หรือโดยนักวิจัยเพียงคนเดียวที่ศูนย์วิจัยแห่งเดียวเป็นวิธีที่งานทดลองที่ทำอย่างเต็มรูปแบบอื่น ๆ อาจจะทำไม่ได้เป็นแบบวิธีที่ชี้ทางที่ได้นำไปสู่การค้นพบและความก้าวหน้าใหม่ ๆ เป็นแบบวิธีที่มักจะใช้ศึกษาโรคหายาก หรือว่าเป็นการศึกษาขั้นเบื้องต้น (preliminary) เมื่อข้อมูลเกี่ยวกับความสัมพันธ์ระหว่างองค์ความเสี่ยงที่ศึกษากับโรคยังมีน้อย[10]

โดยเทียบกับการศึกษาตามรุ่นตามแผน (prospective cohort study) งานศึกษามีกลุ่มควบคุมเป็นการศึกษาที่มีค่าใช้จ่ายและใช้เวลาน้อยกว่าและในบางสถานการณ์ อาจจะมีกำลังทางสถิติที่เหนือกว่าเพราะว่า การศึกษาตามแผนบางครั้งต้องรอการเกิดของโรคที่เป็นผลที่มีจำนวนเพียงพอก่อนที่จะแสดงผลที่น่าเชื่อถือ

งานศึกษามีกลุ่มควบคุมเป็นงานแบบสังเกตโดยธรรมชาติ และดังนั้น จึงไม่ให้หลักฐานในระดับเดียวกับการทดลองแบบสุ่มและมีกลุ่มควบคุม (randomized controlled trials)คือ ผลที่พบอาจจะอิทธิพลมาจากตัวแปรสับสน จนกระทั่งว่า งานทดลองแบบที่ดีกว่าอาจจะให้ผลตรงกันข้ามเช่นมีงานศึกษาโดยการวิเคราะห์อภิมาน (meta-analysis) ของงานศึกษามีกลุ่มควบคุมที่มีคุณภาพสูง 30 งาน งานวิเคราะห์แสดงผลสรุปว่า การใช้ผลิตภัณฑ์จะลดความเสี่ยงลงครึ่งหนึ่ง แต่ตามความจริงแล้ว จะมีความเสี่ยงเพิ่มขึ้น[11][12]

นอกจากนั้นแล้ว การเช็คเวลาที่เกิดเหตุการณ์เงื่อนไขที่สมมุติว่าเป็นเหตุของผลอาจจะยาก ถ้าใช้การศึกษาแบบมีกลุ่มควบคุม คือยากกว่างานศึกษาตามรุ่นตามแผนเพราะงานตามแผนจะให้ความมั่นใจได้ว่า มีเหตุการณ์เงื่อนไขที่เกิดแล้วอย่างแน่นอน ก่อนที่จะติดตามผู้ร่วมการทดลองในระยะหนึ่งเพื่อตรวจดูว่ามีโรคเกิดขึ้นหรือไม่เพราะฉะนั้น ข้อเสียที่สำคัญที่สุดของการศึกษามีกลุ่มควบคุมก็คือ ความยากลำบากที่จะได้ข้อมูลที่น่าเชื่อถือเกี่ยวกับการเกิดเหตุการณ์เงื่อนไขภายในช่วงระยะเวลาหนึ่ง ๆดังนั้น การศึกษาแบบนี้จึงจัดอยู่ในระดับที่ค่อนข้างต่ำในลำดับชั้นหลักฐาน (hierarchy of evidence)