จักรพรรดิญี่ปุ่นมิได้เป็นผู้บริหารสูงสุดในทางนิตินัยของประเทศ ซึ่งต่างจากพระมหากษัตริย์ภายใต้รัฐธรรมนูญโดยส่วนใหญ่ เพราะรัฐธรรมนูญ ค.ศ. 1947 มาตรา 65 และ 66 ระบุไว้ชัดเจนว่า อำนาจบริหารเป็นของคณะรัฐมนตรีญี่ปุ่นซึ่งมีนายกรัฐมนตรีญี่ปุ่นเป็นหัวหน้า[5] ทั้งจักรพรรดิก็มิใช่ผู้บัญชาการสูงสุดของกองกำลังป้องกันตนเอง เพราะตามกฎหมายแล้วเป็นบทบาทของนายกรัฐมนตรี

อำนาจของจักรพรรดิจำกัดอยู่แต่ทางพิธีการ รัฐธรรมนูญ ค.ศ. 1947 มาตรา 4 ระบุว่า "จักรพรรดิทรงปฏิบัติกิจที่เกี่ยวข้องกับราชการแผ่นดินตามที่กำหนดไว้ในรัฐธรรมนูญนี้เท่านั้น และไม่ทรงมีอำนาจในราชการแผ่นดิน"[6] ส่วนมาตรา 3 ก็ระบุว่า "กิจของจักรพรรดิที่เกี่ยวเนื่องกับราชการแผ่นดิน ต้องเป็นไปตามคำแนะนำและความยินยอมของคณะรัฐมนตรี และให้คณะรัฐมนตรีรับผิดชอบกิจดังกล่าว"[7]

รัฐธรรมนูญ มาตรา 6 ระบุว่า "จักรพรรดิทรงแต่งตั้งนายกรัฐมนตรีตามที่สภานิติบัญญัติถวายชื่อ จักรพรรดิทรงแต่งตั้งประธานศาลสูงสุดตามที่คณะรัฐมนตรีถวายชื่อ"[8]

นอกจากนี้ รัฐธรรมนูญ มาตรา 7 ให้จักรพรรดิทรงปฏิบัติกิจดังต่อไปนี้ในนามของประชาชน แต่เมื่อทรงได้รับคำแนะนำและความยินยอมของคณะรัฐมนตรีเท่านั้น[9]

1. ประกาศใช้รัฐธรรมนูญแก้ไขเพิ่มเติม, พระราชบัญญัติ, พระราชกฤษฎีกา, และสนธิสัญญา
2. เรียกประชุมสภานิติบัญญัติ
3. ยุบสภาผู้แทนราษฎร
4. ประกาศให้มีการเลือกตั้งสมาชิกสภานิติบัญญัติเป็นการทั่วไป
5. รับรองการแต่งตั้งและถอดถอนรัฐมนตรีและข้าราชการอื่นตามที่กฎหมายกำหนด และรับรองหนังสือมอบอำนาจและตราตั้งเอกอัครราชทูตและอัครราชทูต
6. รับรองการนิรโทษกรรมหมู่, การนิรโทษกรรมพิเศษ, การลดโทษ, การรอการลงโทษ, และการคืนสถานะ
7. พระราชทานเครื่องราชอิสริยาภรณ์
8. รับรองสัตยาบันสารและเอกสารอื่นในทางการทูตตามที่กฎหมายกำหนด
9. ออกรับเอกอัครราชทูตและอัครราชทูตต่างประเทศ
10. ปฏิบัติพิธีการ

ปรกติแล้ว พิธีการที่รัฐธรรมนูญกล่าวถึง คือ ชินนินชิกิ (การแต่งตั้งข้าราชการผู้ใหญ่ เช่น นายกรัฐมนตรี, ประธานศาลสูงสุด ฯลฯ) ซึ่งกระทำในพระราชวังหลวง และการเปิดประชุมวุฒิสภา ณ อาคารสภานิติบัญญัติแห่งชาติ ทั้งสมัยสามัญและวิสามัญ[10]