ในช่วงปี พ.ศ. 2303 ได้มีโรคไข้ทรพิษลุกลามเชื้อโรคมายังพระบรมวงศานุวงศ์ พระองค์ก็ทรงติดเชื้อจากไข้ทรพิษด้วย แต่ทรงหายจากอาการประชวรได้ในปีพ.ศ. 2310 หลังจากทรงหายจากพระอาการประชวรแล้ว พระองค์จึงทรงริเริ่มให้คณะแพทย์ทำการฉีดวัคซีนป้องกันไข้ทรพิษ โดยเริ่มทำการฉีดวัคซีนป้องกันให้แก่พระราชบุตรของพระองค์ทั้งหมด จากนั้นจึงพระราชทานวัคซีนให้แก่พระบรมวงศานุวงศ์พระองค์อื่นๆ

ช่วงปลายรัชกาลของพระองค์ พระองค์มีพระราชโองการให้ปฏิรูปกฎหมายใหม่ เป็นกฎหมายระบอบเผด็จการทางการเมือง ทำให้ระบอบเศรษฐกิจของจักรวรรดิมีความมั่นคง หลังจากที่สูญเสียดินแดนซิลิเซียให้กับปรัสเซีย

ในปีพ.ศ. 2314 พระองค์ และจักรพรรดิโยเซฟ พระราชโอรส ทรงประกาศแจกจ่ายแรงงานโรบ๊อท พาเท็นท์ (Robot Patent) โดยทรงวางระเบียบควบคุมรายจ่ายของแรงงานของจักรวรรดิทั้งหมด ซึ่งเป็นครั้งแรกในประวัติศาสตร์ของออสเตรีย นอกจากนี้ พระองค์ยังทรงช่วยเหลือทางด้านการศึกษาทั่วทั้งจักรวรรดิ โดยในปีพ.ศ. 2315 ทรงก่อตั้งราชวิทยาลัยวิทยาศาสตร์และวรรณคดี (Imperial and Royal Acedemy of Science and Literature) ทำให้ประชาชนได้รับการศึกษาอย่างทั่วถึง นอกจากนี้ พระองค์ยังทรงอุปถัมภ์ประชาชนที่ยากไร้ โดยเฉพาะกรุงเวียนนา พระองค์ทรงเป็นแรงหนุนให้ประชาชนที่ยากไร้ ได้มีอนาคตที่ดี ทำให้ประชาชนสำนึกในพระมหากรุณาธิคุณ ในฐานะที่พระองค์ทรงเป็นจักรพรรดินี พระราชชนนีพันปีหลวง