อักษรจู้อินถูกเขียนให้เหมือนกับอักษรจีนทั่วไป รวมทั้งกฎเกณฑ์ของลำดับการขีดและตำแหน่ง ปกติอักษรจู้อินจะเขียนไว้ที่ด้านขวาของอักษรจีนตัวนั้นเสมอ ไม่ว่าอักษรจีนจะเขียนแนวตั้งหรือแนวนอน โดยทางเทคนิคแล้วการเขียนแบบนี้เรียกว่าอักษรประกอบคำ (ruby character) และพบได้น้อยมากที่อักษรประกอบคำจะไปปรากฏอยู่ข้างบนเมื่อเขียนตามแนวนอน (เหมือนฟุริงะนะที่กำกับคันจิในภาษาญี่ปุ่น) กล่องแสดงสัญลักษณ์มักจะมีอักษรจู้อินสองหรือสามตัว (ซึ่งตัวมันเองนั้นมีขนาดพอดีกับสี่เหลี่ยมจัตุรัส) วางซ้อนกันในแนวตั้ง ทำให้กล่องของอักษรจีนหนึ่งตัวมีความยาวเป็นสี่เหลี่ยมผืนผ้า

เครื่องหมายวรรณยุกต์ของจู้อินมี 4 ตัว ได้แก่ <ˊ> แทนเสียงที่สอง, <ˇ> แทนเสียงที่สาม, <ˋ> แทนเสียงที่สี่, และ <˙> แทนเสียงที่ห้า (เสียงเบา) ในภาษาจีนกลาง สำหรับเสียงที่หนึ่งจะไม่มีการเขียนวรรณยุกต์กำกับ ระบบพินอินได้นำเอาวรรณยุกต์เหล่านี้ไปใช้ โดยตัดรูปวรรณยุกต์เสียงที่ห้าออก แล้วเพิ่มรูปวรรณยุกต์ <¯> สำหรับเสียงที่หนึ่งแทน ตามตาราง ส่วนทงย่งพินอินนั้นใช้วรรณยุกต์เหมือนกับจู้อิน การเขียนวรรณยุกต์จะเขียนที่กึ่งกลางค่อนไปทางขวาของกล่องจู้อิน เว้นแต่เครื่องหมายจุดของเสียงที่ห้า จะเขียนไว้บนสุดของกล่อง