ชาวศรีลังกาเชื้อสายมลายูส่วนใหญ่นับถือศาสนาอิสลามเช่นเดียวกันกับชาวมลายูในประเทศอินโดนีเซียและมาเลเซีย มีการสร้างมัสยิดตามชุมชนที่ตนอาศัย[9] อย่างในกรณีโมฮัมมัด บาลันกายา (Mohammed Balankaya) เจ้านายผู้ลี้ภัยแห่งราชวงศ์โกวา (ปัจจุบันคือเกาะซูลาเวซี ประเทศอินโดนีเซีย) ร่วมก่อสร้างมัสยิดใหญ่แห่งศรีลังกา[10] ถือเป็นศูนย์รวมจิตใจชาวมุสลิมบนเกาะลังกา[11]

นอกจากนี้ยังมีชาวศรีลังกาเชื้อสายมลายูบางส่วนเปลี่ยนไปนับถือศาสนาพุทธที่เกิดขึ้นจากการสมรสข้ามชาติพันธุ์[2]