ที่ตั้งถิ่นฐานของมนุษย์แห่งแรก ๆ ของหมู่เกาะญี่ปุ่นนั้นสืบเนื่องมาแต่ครั้งช่วงเวลาก่อนประวัติศาสตร์ระหว่าง 40,000 ถึง 30,000 ปีก่อนคริสต์ศักราช ซากดึกดำบรรพ์ที่เก่าแก่ที่สุดนั้นมีอายุจากการหาอายุจากคาร์บอนกัมมันตรังสีถึงประมาณ 35,000 ปีก่อนคริสต์ศักราช หมู่เกาะญี่ปุ่นนั้นเคยเชื่อมอยู่กับเอเชียแผ่นดินใหญ่ ผ่านสะพานแผ่นดินระหว่างเกาะฮกไกโดและเกาะซาฮาลินทางทิศเหนือ แต่ไม่ได้เชื่อมกันในเวลาปัจจุบันเมื่อเกาะหลักของเกาะฮกไกโด เกาะฮนชู เกาะคีวชู และเกาะชิโกกุนั้นแยกออกจากกันทั้งหมด[23]