ทฤษฎีการกำเนิดจักรวาล (อังกฤษ: cosmogony; cosmogeny) หมายถึงทฤษฎีใด ๆ ที่เกี่ยวข้องกับที่มาของของตัวตนหรือต้นกำเนิดของจักรวาล หรือต้นตอของความเชื่อเกี่ยวกับความเป็นจริงในกำเนิดของจักรวาล คือ cosmogony มาจากภาษากรีก κοσμογονία หรือ κοσμογενία ที่กลายมาจาก κόσμος ที่แปลว่า cosmos ในบริบทเฉพาะทางวิทยาศาสตร์อวกาศและดาราศาสตร์ ทฤษฎีการกำเนิดจักรวาลหมายถึงทฤษฎีว่าด้วยกำเนิดของระบบสุริยะและการศึกษาเกี่ยวกับระบบสุริยะ เช่น ทฤษฎีเนบิวลาสุริยะ เป็นต้นทฤษฎีการกำเนิดจักรวาลสามารถแยกแตกต่างออกจากวิชาจักรวาลวิทยา (Cosmology) ซึ่งเป็นการศึกษาเกี่ยวกับจักรวาลโดยรวมและเกี่ยวกับเรื่องราวตัวตนที่เป็นมาโดยตลอดของจักรวาลซึ่งโดยทางเทคนิคจะไม่แตะโดยตรงกับต้นตอแท้ ๆ ของจักรวาล อย่างไรก็ดี ก็ยังมีความคลุมเครือระหว่างระหว่างคำทั้งสองนี้อยู่บ้าง เช่น วิชาจักรวาลวิทยา ถกเถียงไปทางด้าน เทววิทยา ที่เกี่ยวข้องกับการมีตัวตนของพระเจ้ามากกว่าความคิดเกี่ยวกับจักรวาล ในเชิงปฏิบัติก็ยังคงมีความแตกต่างในความคิดทางวิทยาศาสตร์ระหว่าง "ทฤษฎีการกำเนิดจักรวาล" และ "จักรวาลวิทยา"จักรวาลวิทยากายภาพ เป็นวิทยาศาสตร์ที่พยายามอธิบายถึงการสังเกตการณ์ทั้งหมดที่อยู่ในข่ายของวิวัฒนาการและลักษณะของจักรวาลโดยรวม คำถามที่ว่าทำไมจักรวาลจึงมีพฤติกรรมเป็นไปดังพรรณาไว้โดยนักฟิสิกส์และนักจักรวาลวิทยาว่าเป็นวิชานอกวิทยาศาสตร์ (extra-scientific) แม้จะมีการการอนุมานหลาย ๆ ด้าน จากมุมมองที่รวมถึงการประมาณค่านอกช่วงในทฤษฎีทางวิทยาศาสตร์ที่จะไม่ทดสอบความคิดเชิงระบอบ เชิงปรัชญาหรือทางศาสนาความพยายามที่จะสร้าง "ทฤษฎีการกำเนิดจักรวาล" เชิงธรรมชาตินิยมขึ้นอยู่กับข้อจำกัดที่แตกต่างกัน 2 ประการ ข้อแรกตั้งอยู่บนพื้นฐานของปรัชญาทางวิทยาศาสตร์และข้อจำกัดทางญาณวิทยาในวิทยาศาสตร์เอง โดยเฉพาะกับข้อห่วงใยที่การสอบสวนเชิงวิทยาศาสตร์จะตั้งคำถามว่า "ทำไม" จักรวาลจึงมีอยู่ได้ อีกข้อหนึ่งที่ค่อนมาทางปัญหาเชิงปฏิบัติคือ การไม่มีรูปจำลองทางกายภาพที่สามารถอธิบาย "ขณะแรกสุด" ของการเกิดจักรวาล ที่เรียกว่าพลังค์ไทม์ (Planck time) ได้เพราะการขาดทฤษฎีที่คงเส้นคงวา ว่าด้วยแรงโน้มถ่วงควอนตัม^~^