นิคมญี่ปุ่นในดินแดนที่ปัจจุบันนี้เป็นประเทศไมโครนีเชีย[fn 2] สามารถย้อนไปได้ถึงช่วงปลายคริสต์ศตวรรษที่ 19 เมื่อพ่อค้าและนักสำรวจชาวญี่ปุ่นเข้ามาตั้งถิ่นฐานบริเวณตอนกลางและตะวันออกของหมู่เกาะแคโรไลน์ หลังจากที่จักรวรรดิญี่ปุ่นเข้าครอบครองหมู่เกาะใน ค.ศ. 1914 ชาวญี่ปุ่นได้ย่ายถิ่นฐานมาแคโรไลน์เป็นจำนวนมากในช่วงคริสต์ทศวรรษ 1920–1930 รัฐบาลญี่ปุ่นกระตุ้นให้มีการย้ายถิ่นมาสู่หมู่เกาะที่เป็นส่วนหนึ่งของแปซิฟิกใต้ในอาณัติผู้อพยพยุคแรก ๆ เป็นพ่อค้า แม้ว่าในระยะต่อมาผู้เข้ามาตั้งถิ่นฐานจะทำงานเป็นชาวประมง เกษตรกร หรือแรงงานเกณฑ์[6] ผู้อพยพส่วนใหญ่ตั้งถิ่นฐานที่โปนเปย์และชุก ส่วนเกาะอื่น ๆ มีจำนวนชาวญี่ปุ่นเพียงจำนวนน้อยเท่านั้น ใน ค.ศ. 1945 มีประชากรชาวญี่ปุ่นรวมกันกว่า 100,000 คน ผู้อพยพญี่ปุ่นในหมู่เกาะแคโรไลน์กลางและตะวันออก ประกอบด้วย ชาวญี่ปุ่น ชาวโอกินาวะ และชาวเกาหลีจำนวนหนึ่ง[7] ผู้ตั้งถิ่นฐานนำศาสนาชินโตและพุทธเข้ามาสู่หมู่เกาะแห่งนี้ แม้ว่าการนับถือศาสนาดังกล่าวจะไม่เป็นที่นิยมสำหรับชาวพื้นเมือง ใน ค.ศ. 1945 ภาษาญี่ปุ่นได้เข้ามาแทนที่ภาษาในตระกูลไมโครนีเชียในฐานะภาษาที่ใช้สนทนาในชีวิตประจำวันความสัมพันธ์ระหว่างเชื้อชาติของชาวญี่ปุ่น (ผู้ตั้งถิ่นฐานและเจ้าหน้าที่รัฐ) กับชาวไมโครนีเชียเป็นไปอย่างเป็นมิตรและการสมรสต่างพวกระหว่างชาวญี่ปุ่นกับชาวไมโครนีเชียได้รับการสนับสนุน แม้ว่าความสัมพันธ์จะเริ่มแย่ลงเมื่อรัฐบาลอาณานิคมญี่ปุ่นออกนโยบายที่ให้ประโยชน์แก่ชาวญี่ปุ่นมากกว่า รวมถึงแสดงการไม่ให้ความสำคัญต่อบรรทัดฐานแบบไมโครนีเชีย หลังจากการยอมจำนนของญี่ปุ่นใน ค.ศ. 1945 ชาวญี่ปุ่นทุกคนถูกส่งกลับญี่ปุ่น ขณะที่ประชากรเชื้อสายญี่ปุ่น-ไมโครนีเชียได้รับอนุญาตให้อยู่ต่อไป ซึ่งโดยส่วนมากเลือกอยู่ต่อ พวกเขาเหล่านั้นจำนวนมากได้รับตำแหน่งสำคัญทางการเมือง ภาครัฐ และภาคธุรกิจหลังสงครามโลกครั้งที่สอง ประชากรกลุ่มนี้นับได้ว่าเป็นประชากรกลุ่มน้อยที่มีจำนวนมากในสหพันธรัฐไมโครนีเชีย[8] ประเทศไมโครนีเชียเริ่มมีความสัมพันธ์กับญี่ปุ่นด้านการค้าและวัฒนธรรมนับตั้งแต่คริสต์ทศวรรษ 1970 และได้สถาปนาความสัมพันธ์ทางการทูตใน ค.ศ. 1988 อันเป็นระยะเวลาสองปีหลังจากที่ประเทศไมโครนีเชียได้รับเอกราช