การบินไทยซื้อเครื่องบินแอร์บัส 340 โดยกรรมการใหญ่ผู้จัดการใหญ่ในขณะนั้น นายกนก อภิรดี ซื้อมาโดยวางแผนบินเส้นทางกรุงเทพไปนิวยอร์ก กรุงเทพไปลอสแอนเจลิส ผลของการซื้อเครื่องบินแบบดังกล่าวคือการขาดทุนมหาศาลทั้งผลการดำเนินงานที่ขาดทุนทุกเที่ยวบินที่บินไปนิวยอร์ก[46] และต่อมาก็ขาดทุนทางบัญชี ค่าเสียโอกาส เนื่องจากการบินไทยเลือกที่จะนำเครื่องบินรุ่นดังกล่าวไปจอดไว้ที่ท่าอากาศยานดอนเมืองผลจากเรื่องนี้นำมาสู่การยึดอำนาจนายกนก อภิรดี[47] การบินไทยนับจากการซื้อเครื่องบินเมื่อปี พ.ศ. 2548 จนถึงปี พ.ศ. 2559 ไม่สามารถขายเครื่องบินได้เนื่องจากหากขายเครื่องบินรุ่นดังกล่าวจะต้องขายเครื่องบินแบบขาดทุนอย่างมาก จนไม่มีกรรมการผู้จัดการใหญ่คนใดกล้าขายเพราะต้องเผชิญเสียงวิจารณ์ในทางลบอย่างมากจากภายในบริษัทและภายนอกบริษัท อีกทั้งเสี่ยงต่อการถูกสอบสวน ในข้อหาทำให้บริษัท การบินไทย เสียหายนับว่าเป็นวิกฤตจนถึงปัจจุบันที่เครื่องบินไม่สามารถขายได้และมีค่าเสื่อมราคาลงอย่างต่อเนื่อง

นอกจากนั้นแล้วในเดือน พฤษภาคม พ.ศ. 2553 ดร.ปิยสวัสดิ์ อัมระนันทน์ ได้สั่งโยกย้าย นายพฤทธิ์ บุปผาคำ รองกรรมการผู้อำนวยการใหญ่ เนื่องจากผลดำเนินการขาดทุนของการบินไทยคาร์โก้ โดยให้เหตุผลว่า นายพฤทธิ์ กระทำการเกินอำนาจหน้าที่ตนเอง โดยการเซ็นสัญญาเช่าเครื่องบินเพื่อขนส่งสินค้า 2 ลำกับ Southern Air ต้องเป็นหน้าที่ของบอร์ดที่จะต้องมีการพิจารณาและอนุมัติก่อน นอกจากนี้ ยังมีสาเหตุมาจากการกระทำที่ผิดนโยบาย คือ เดิมการบินไทยมีเป้าหมายจะให้เช่าพื้นที่คาร์โก้ แต่กลับไปเช่าเครื่องบิน[48] ท้ายที่สุดแล้วการบินไทยเช่าพื้นที่คาร์โก้ของเครื่องบินทั้งสองลำ และผลดำเนินการขาดทุนกว่า 100 ล้านบาทจนต้องรีบคืนเครื่องบิน 1 ลำ ก่อนครบสัญญาเช่า