ในช่วงพุทธศตวรรษที่ 20 โปนีได้มีความสัมพันธ์ที่ใกล้ชิดกับอาณาจักรของชาวมุสลิมคือมะละกา และน่าจะเป็นจุดเริ่มต้นของการปกครองในปัจจุบัน ในชะอีรอาวังเซอมวนกล่าวว่าสุลต่านบรูไนใปัจจุบันเดิมเป็นเดวา เออมัส กายางัน ที่ลงมาในโลกรูปของไข่ เมื่อแตกออกได้กลายเป็นเด็กมากมาย และเด็กคนหนึ่งได้รัยอิสลามทำให้ได้ได้เป็นสุลต่านองค์แรก สุลต่านองค์ที่ 2 เป็นคนจีนหรือมีมเหสีเป็นคนจีน สุลต่านองค์ที่ 3 เป็นชาวอาหรับซึ่งในเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ถือว่าเป็นเชื้อสายของนบีมูฮัมหมัด

สุลต่านบรูไนได้ขยายอำนาจออกไปกว้างขวาง ปัจจัยหนึ่งคือการที่มะละกาถูกโปรตุเกสยึดครองใน พ.ศ. 2054 ทำให้บรูไนกลายเป็นเมืองท่าที่สำคัญของมุสลิม บรูไนปกครองด้วยระบบสุลต่านที่มีสุลต่านอยู่ในระดับบนสุดแต่มีอำนาจจำกัดโดยมีสภาของเจ้าชายควบคุม ในยุคของสุลต่านโบลเกียห์จัดว่าเป็นยุคทองของบรูไน โดยได้ขยายอำนาจครอบคลุมพื้นที่ชายฝั่งของซาราวักและซาบะฮ์ หมู่เกาะซูลูและเกาะทางตะวันตกเฉียงเหนือของบอร์เนียว อิทธิพลของสุลต่านแผ่ไปถึงทางเหนือของฟิลิปปินส์โดยสร้างอาณานิคมในอ่าวมะนิลา ใน พ.ศ. 2064 ปีสุดท้ายในสมัยสุลต่านโบลเกียห์ เฟอร์ดินาน แมกเจลเลน นักเดินทางชาวยุโรปคนแรกได้เดินทางมาถึงบรูไนและได้ชื่นชมความงามของเมืองไว้มากมาย ในสมัยนั้นมี 25,000 ครอบครัวอาศัยอยู่ในบ้านไม้ที่สร้างบนเสาเหนือน้ำปัจจุบันชื่อกับปงเอเยอร์ พระราชวังถูกล้อมด้วยกำแพงอิฐป้องกันด้วยทองเหลืองและปืนใหญ่เป็นจำนวนมาก