ความสัมพันธ์ระหว่างบรูไนกับมหาอำนาจยุโรปมีความแตกต่างกันไป ประเทศแรกในยุโรปที่ให้ความสำคัญกับบรูไนคือโปรตุเกส ซึ่งเคยเข้ามามีอิทธิพลทางการค้า แต่มีความเกี่ยวข้องกันน้อยมาก โปรตุเกสยังสังเกตว่าสุลต่านมีส่วนร่วมต่อเศรษฐกิจของลิกอร์(นครศรีธรรมราช)ในปัจจุบันและสยาม ด้านความสัมพันธ์กับสเปนนั้นไม่ค่อยเป็นมิตร บรูไนและสเปนมีการกระทบกระทั่งกันทางเรือตั้งแต่ พ.ศ. 2108 และใน พ.ศ. 2114 สเปนประสบความสำเร็จในการยึดมะนิลาไปจากบรูไน บรูไนพยายามเข้ายึดดินแดนคืนแต่ล้มเหลว ต่อมาใน พ.ศ. 2121 สเปนยึดครองหมู่เกาะซูลูและเข้าโจมตีบรูไนเพื่อให้สุลต่านสละอำนาจในฟิลิปปินส์และยอมให้มิชชันนารีเข้ามาเผยแผ่ศาสนาในบรูไน การสู้รบเริ่มขึ้นเมื่อ 26 มิถุนายน พ.ศ. 2121 เป็นเวลา 72 วันผลปรากฏว่าซูลูได้เป็นเอกราช ส่วนบรูไนเสียเกาะลูซอนในฟิลิปปินส์ไป

หลังจากสุลต่านฮัสซันสิ้นพระชนม์ อำนาจของบรูไนตกต่ำลง มีการสู้รบกันเองภายในและการเข้ามาล่าอาณานิคมของตะวันตก ต่อมา ใน พ.ศ. 2382 เจมส์ บรู๊ก นักเดินทางชาวอังกฤษเดินทางมาถึงบอร์เนียวและได้สนับสนุนกลุ่มที่กบฏต่อสุลต่าน บรูไนได้แพ้เจมส์ บรู๊ก จนกระทั่งต้องยอมรับสิทธิปกครองตนเองของซาราวัก โดยบรูกได้เป็นรายาผิวขาวในซาราวัก และได้พยายามขยายอำนาจเข้ามมายึดครองดินแดนของบรูไน ต่อมา ใน พ.ศ. 2386 เกิดความขัดแย้งโดยเปิดเผยระหว่างบรูกส์กับสุลต่าน ซึ่งบรูกส์เป็นฝ่ายชนะ สุลต่านยอมรับเอกราชของซาราวัก ต่อมา ในพ.ศ. 2389 อังกฤษได้ยกทัพมาโจมตีบรูไน สุลต่านซาลาฟุดดินที่ 2 ยอมลงนามสนธิสัญญาสันติภาพเพื่อสงบศึกกับอังกฤษ แต่ต้องยกลาบวนให้กับอังกฤษในปีเดียวกัน ตอนแรกนั้นอังกฤษเช่าซาราวักแต่ต่อมาบรูไนกลับเสียซาราวักให้ ต่อมาบรูไนยอมเป็นรัฐในอารักขาของอังกฤษ ก่อนไดัรับเอกราชในวันที่1 มกราคม พ.ศ. 2527