หลังสิ้นสุดสมัยกลางฝรั่งเศสไม่ใช่ดินแดนของขุนนางที่เอามาแปะรวมกันอีกต่อไป แต่เป็นประเทศที่เป็นปึกแผ่นภายใต้กษัตริย์ฝรั่งเศส แต่แคว้นเบอร์กันดีภายใต้ดยุคชาลส์ผู้แข็งแกร่งก็กำลังเรืองอำนาจอยู่ทางตะวันออก จนพระเจ้าหลุยส์ที่ 11 ทรงร่วมมือกับสมาพันธรัฐสวิส ชนะสงครามกับแคว้นเบอร์กันดี และได้แคว้นเบอร์กันดีมาครอง แต่ดินแดนที่เหลือโดยเฉพาะในพื้นที่ภาคต่ำตกเป็นของฟิลิปพระโอรสของจักรพรรดิแมกซิมิเลียนแห่งจักรวรรดิโรมันอันศักดิสิทธิ์

ดยุคลุโดวิโก ซฟอร์ซา แห่งมิลาน ต้องการเป็นใหญ่ในอิตาลี จึงอัญเชิญพระเจ้าชาร์ลส์ที่ 8 ให้บุกยึดคาบสมุทรอิตาลี พระเจ้าชาร์ลส์เองก็ทรงต้องการอ้างสิทธิ์ของพระองค์ต่อบัลลังก์ราชอาณาจักรเนเปิลส์ จึงทรงกรีฑาทัพเข้าสู่อิตาลีใน ค.ศ. 1494 บรรดาเจ้าเมืองน้อยใหญ่ทั้งหลายไม่อาจต้านทานทัพของพระเจ้าชาร์ลส์ได้ จนทรงยึดเมืองเนเปิลส์ได้ แต่บรรดาเมืองต่างในอิตาลีและจักรพรรดิแมกซิมิเลียนไม่ต้องการให้ฝรั่งเศสขยายอำนาจจึงตีทัพพระเจ้าชาลส์หนีกลับไปฝรั่งเศส พระเจ้าหลุยส์ที่ 12 ทรงเคียดแค้นดยุคลุโดวิโกที่ทรยศพระเจ้าชาร์ลส์เข้าฝ่ายอิตาลี ใน ค.ศ. 1499 จึงทรงยกทัพยึดแคว้นลอมบาร์ดี (มิลาน) ปีต่อมา ค.ศ. 1500 ทรงร่วมมือกับพระเจ้าเฟอร์ดินานด์ที่ 1 แห่งสเปน บุกยึดอาณาจักรเนเปิลส์ แต่เมื่อยึดได้แล้วกลับตกลงแบ่งส่วนกันไม่ได้ จนพระเจ้าหลุยส์ถูกทัพสเปนตีพ่ายแพ้ บรรดาเมืองต่างๆในอิตาลีก็รวมกันเป็นสันนิบาตต่อต้านอีก พระเจ้าหลุยส์จึงทรงถอยกลับ

พระเจ้าฟรองซัวที่ 1 ทรงยึดมิลานคืนได้จากสวิส ใน ค.ศ.1516 จักรพรรดิแมกซิมีเลียนสิ้นพระชนม์ พระเจ้าฟรองซัวหวังจะได้เป็นจักรพรรดิโรมันอันศักดิสิทธิ แต่ตำแหน่งก็ตกเป็นของพระเจ้าชาร์ลส์ที่ 1 แห่งสเปน ทำให้พระเจ้าฟรองซัวทรงโกรธแค้นจักรพรรดิชาลส์ ทำให้ทรงหาข้ออ้างบุกเนเปิลส์คืนจากสเปนแต่ไม่เป็นผล และทัพสเปนก็บุกมิลาน พระเจ้าฟรองซัวนำทัพไปป้องกัน แต่พ่ายแพ้และทรงถูกจับไปเมืองมาดริดใน ค.ศ. 1525 จนเมื่อทรงสัญญาว่าจะไม่บุกอิตาลีอีก และไถ่พระองค์ด้วยเงินมหาศาล พระเจ้าฟรองซัวจึงถูกปล่อยพระองค์

พระเจ้าฟรองซัวหันไปหาสุลต่านสุไลมานแห่งจักรวรรดิออตโตมัน ร่วมมือกันบุกเมืองนีซ แต่ไปไม่ถึงมิลาน จักรพรรดิชาร์ลส์ร่วมมือกับพระเจ้าเฮนรีที่ 8 แห่งอังกฤษบุกฝรั่งเศสจากทางเหนือ แต่ไม่เป็นผล พระเจ้าอองรีที่ 2 พระโอรสของพระเจ้าฟรองซัว ทรงบุกจักรวรรดิโรมันอันศักดิสิทธิ์เพื่อแก้แค้นให้พระบิดา แต่ไม่ประสบผล จึงทำสนธิสัญญากาโต-กังเบรซี ฝรั่งเศสถอนสิทธิทั้งหมดในคาบสมุทรอิตาลี สิ้นสุดสงครามอิตาลี

สงครามอิตาลีทำให้กระแสการฟื้นฟูศิลปวิทยาการ เข้าสู่ฝรั่งเศส พระเจ้าฟรองซัวที่ 1 ก็ทรงได้ชื่อว่าเป็นกษัตริย์ฟื้นฟูศิลปวิทยาการพระองค์แรก ทรงมีความรู้ในศาสตร์หลายด้าน และทรงนิพนธ์หนังสือหลายฉบับ โดยทรงให้จิตรกรชื่อดัง ลีโอนาร์โด ดาวินชี ออกแบบพระราชวังชองโบด์ที่อลังการเพื่อโอ้อวดจักรพรรดิชาร์ลส์ สมัยฟื้นฟูศิลปวิทยาการเกิดวรรณกรรมภาษาฝรั่งเศสเป็นครั้งแรก (ตลอดสมัยกลางมีแต่ภาษาลาติน) พระเจ้าฟรองซัวทรงประกาศให้ภาษาฝรั่งเศสเป็นภาษาราชการ นักเขียนหลายท่าน เช่น ฟรองซัว ราเบอเลส์ ช่วยกันสร้างสรรค์ภาษาฝรั่งเศสที่สวยงาม ฝรั่งเศสยังมีจิตรกรชื่อดังหลายคนสมัยนี้ เช่น ชอง ฟูเกต์ และสถาปนิก ปิแอร์ เลส์โกต์ และชัคส์ กาติแยร์ ยังเดินทางไปสำรวจทวีปอเมริกาอีกด้วย

กระแสการปฏิรูปศาสนาในเยอรมนีแผ่อิทธิพลมาถึงฝรั่งเศส โดยลัทธิที่แพร่หลายในฝรั่งเศสคือนิกายคัลแวง ของ ชอง คัลแวง แต่กษัตริย์ฝรั่งเศสทุกพระองค์ทรงยึดมั่นในนิกายคาทอลิก ฝ่ายโปรเตสแตนต์ในฝรั่งเศสจึงถูกกวาดล้างอยู่บ่อยครั้ง และถูกตั้งชื่อว่า กลุ่มอูเกอโนต์ (Huguenots)

พระเจ้าอองรีที่ 2 สิ้นพระชนม์ระหว่างการประลองดาบในการทำสนธิสัญญากาโต-กังเบรซี พระเจ้าฟรองซัวที่ 2 ครองราชย์แทน พระเจ้าฟรองซัวทรงอภิเษกกับราชินีมารีที่เพิ่งหลบหนีมาจากสกอตแลนด์เพราะถูกยึดอำนาจ พระปิตุลา คือ ดยุคแห่งกีส เข้ามามีอำนาจปกครองบ้านเมือง ตระกูลกีสเป็นตระกูลที่คาทอลิกจัด ต่อต้านโปรเตสแตนต์ทุกประเภท กดขี่กลุ่มอูเกอโนต์ ในค.ศ. 1560 พระเจ้าฟรองซัวสิ้นพระชนม์ พระเจ้าชาร์ลส์ที่ 9 ขึ้นครองราชย์แต่ยังพระเยาว์ พระนางแคทเธอรีน เดอ เมดีชี พระมารดาสำเร็จราชการแทน พระนางทรงพยายามทุกวิถีทางที่จะอยู่รอดท่ามกลางความขัดแย้งทางการเมือง ระหว่างตระกูลกีสคาทอลิกจัด และตระกูลบูร์บงอูเกอโนต์ พระนางคัทเทอรีนทรงให้เสรีภาพทางศาสนาแก่กลุ่มอูเกอโนต์ในค.ศ. 1562 เพื่อคานอำนาจตระกูลกีส ตระกูสกีสไม่พอใจกดดันให้พระนางยกเลิกกฤษฎีกา สงครามศาสนาฝรั่งเศส จึงปะทุขึ้น

แต่พระเจ้าฟิลิปที่ 2 แห่งสเปน (ทรงได้ชื่อว่าเคร่งครัดคาทอลิกที่สุดในโลกขณะนั้น) เริ่มสะสมทัพตามชายแดน ทั้งทางสเปนและแคว้นเบอร์กันดี (เป็นของสเปน) ทำให้ฝ่ายอูเกอโนต์ไม่พอใจ จึงทำสงครามอีกครั้ง คราวนี้ประเทศต่างๆในยุโรปเข้าร่วมด้วย ฝ่ายคาทอลิกนำโดยตระกูลกีสและดยุคแห่งอังชูได้พระนางคัทเทอรีนมาเป็นพันธมิตร และยังได้พระเจ้าฟิลิปแห่งสเปนและพระสันตปาปาสนับสนุนด้วย ฝ่ายโปรเตสแตนต์นำโดยองค์ชายแห่งกงเดได้พระนางอลิซาเบ็ธที่ 1 แห่งอังกฤษและเจ้าครองแคว้นที่ถือนิกายคัลแวงในเยอรมนี

ในค.ศ. 1572 องค์หญิงมาร์เกอริตแห่งวาลัวส์ที่เป็นคาทอลิกอภิเษกกับพระเจ้าอองรีแห่งนาวาร์ตระกูลบูร์บงที่เป็นอูเกอโนต์ ดยุคแห่งกีสบุกและกระจายทัพสังหารกลุ่มอูเกอโนต์ในปารีสทั้งหมดอย่างโหดร้าย ทำให้ปารีสเกิดกลียุค เรียกว่า การสังหารหมู่วันเซนต์บาร์โธโลมิว

พระเจ้าอองรีที่ 3 ขึ้นครองราชย์ในค.ศ. 1575 ทรงผ่อนปรนกลุ่มอูเกอโนต์ ทำให้ดยุคอองรีแห่งกีสไม่พอใจ ตั้งสันนิบาตคาทอลิกภายใต้การสนับสนุนของสเปน กดดันให้พระเจ้าอองรีเลิกสิทธิของกลุ่มอูเกอโนต์ ในค.ศ. 1584 พระอนุชาของพระเจ้าอองรีและรัชทายาทพระองค์เดียว สิ้นพระชนม์ ทำให้บัลลังก์ตกเป็นของพระเจ้าอองรีแห่งนาวาร์ที่เป็นอูเกอโนต์ ในค.ศ. 1584 ดยุคแห่งกีสทำสนธิสัญญากับพระเจ้าฟิลิปแห่งสเปน ว่าสเปนจะช่วยสันนิบาตคาทอลิกอย่างจริงจัง

ในค.ศ. 1588 ชาวปารีสที่คาทอลิกจัด รวมขบวนประท้วงขับไล่พระเจ้าอองรีที่ 3 ออกจากเมือง เพราะทรงผ่อนปรนกลุ่มอูเกอโนต์ ทำให้ตระกูลกีสครองเมืองปารีส พระเจ้าอองรีที่ 3 จึงหลอกล่อให้ดยุคอองรีแห่งกีสมาพบ และสังหาร ทำให้ชาวฝรั่งเศสคาทอลิกโกรธแค้นพระเจ้าอองรี พระเจ้าอองรีที่ 3 ทรงหนีไปหาพระเจ้าอองรีแห่งนาวาร์ มอบบัลลังก์ให้ ทั้งฝ่ายคาทอลิก ที่มีฐานทางเหนือและตะวันออกของประเทศ และฝ่ายโปรเตสแตนต์ ที่มีฐานทางตะวันตกและใต้ ทำสงครามของอองรีทั้งสาม (War of Three Henrys) ในค.ศ. 1589 พระเจ้าอองรีแห่งนาวาร์ทรงชนะฝ่ายคาทอลิกบุกไปถึงทางเหนือ แต่ไม่อาจยึดปารีสได้ จนพระองค์ทรงอุทานว่า Paris vaut bien une masse. (ปารีสช่างมีค่าเหลือเกิน)ทรงเข้ารีตคาทอลิกในค.ศ. 1593 ชาวปารีสจึงยอมให้เข้าเมืองแต่โดยดี ขึ้นครองราชย์เป็นพระเจ้าอองรีที่ 4 เป็นปฐมกษัตริย์ราชวงศ์บูร์บง

ในค.ศ. 1598 พระเจ้าอองรีที่ 4 ทรงออกกฤษฎีกาแห่งเมืองนังทส์ ให้เสีภาพทางศาสนาแก่กลุ่มอูเกอโนต์ทุกประการ