ตั้งแต่ 2,000-1,000 ปีก่อนคริสตกาล ทางใต้ของเอเชียกลางประกอบด้วยรัฐขนาดใหญ่และเกรียงไกร พยายามแผ่อำนาจเข้ามาพิชิตชนร่อนเร่ในเอเชียกลาง แต่ไม่สามารถพิชิตได้ทั้งหมด จักรวรรดิเมเดีย(Media)และจักรวรรดิอะคีเมนิด เคยครอบครองบางส่วนของเอเชียกลาง จักรวรรดิซฺยงหนู(ราว 209 ปีก่อนคริสต์ศักราช)เป็นจักรวรรดิแห่งแรกในเอเชียกลาง ตามมาด้วยจักรวรรดิกอกเติร์ก(Göktürk)และจักรวรรดิมองโกลในเวลาต่อมา หลังจากชัยชนะของจักรวรรดิฮั่นในสงครามฮั่น-ซฺยงหนู (Han–Xiongnu War) ในช่วงระหว่าง 133 ปีก่อนคริสต์ศักราชถึงคริสต์ศักราชที่ 89 จักรวรรดิฮั่นเริ่มแผ่อำนาจมาทางตะวันตก จักรวรรดิเปอร์เซียและมาซีโดเนียเข้ามามีอิทธิพลในเอเชียกลางโดยเข้ามาก่อตั้งเมืองและควบคุมเส้นทางการค้า

พระเจ้าอเล็กซานเดอร์มหาราชได้นำวัฒนธรรมกรีกเข้ามาและสร้างเมืองอเล็กซานเดรียเอสคาเท เมื่อ พ.ศ. 214 ในบริเวณที่เป็นทาจิกิสถานในปัจจุบันนี้ หลังจากพระเจ้าอเล็กซานเดอร์มหาราชสวรรคตเมื่อ พ.ศ. 220 บริเวณที่เป็นเอเชียกลางรวมอยู่ในจักรวรรดิเซเลซูอิด(Seleucid Empire) ใน พ.ศ. 293 เอเชียกลางมีการตั้งอาณาจักรแบ็กเตรีย(Bactria)หรืออาณาจักรกรีก-บักเตรียที่มีการขยายอำนาจไปสู่อินเดียและจีน จนกระทั่งสิ้นสุดอำนาจลงไปเมื่อ พ.ศ. 418 อาณาจักรอินโด-กรีก(Indo-Greek Kingdom)ที่มีฐานที่มั่นในปัญจาบและควบคุมเขตอิทธิพลไปถึงอัฟกานิสถาน ได้พัฒนามาเป็นอาณาจักรพุทธแบบกรีก อาณาจักรกุษาณเป็นอาณาจักรที่ขึ้นมามีอำนาจในช่วงพุทธศตวรรษที่ 7-9 และสืบทอดวัฒนธรรมแบบพุทธและแบบกรีก อาณาจักรเหล่านี้มีอำนาจควบคุมเส้นทางสายไหมที่เชื่อมจีนกับยุโรปซึ่งต่อมาอำนาจจากภายนอก เช่น จักรวรรดิซาสซานิยะห์พยายามเข้ามาครอบครองเส้นทางสายนี้

ในบรรดาอำนาจที่แผ่ขยายมาเหล่านี้ จักรวรรดิพาร์เทีย(Parthian Empire)เป็นจักรวรรดิที่มีต้นกำเนิดในเอเชียกลาง แต่ได้ปรับตัวให้เข้ากับวัฒนธรรมเปอร์เซียซึ่งเป็นตัวอย่างแรกๆของการขยายตัวของชนเผ่าในเอเชียกลางขึ้นมาเป็นอาณาจักรและจักรวรรดิ จากนั้นได้ปรับตัวให้เข้ากับวฒนธรรมภายนอกที่อยู่รอบๆได้รวดเร็ว ในยุคนี้เอเชียกลางเป็นบริเวณที่มีการผสมผสานทั้งทางด้านเชื้อชาติ ศาสนา โดยศาสนาพุทธยังเป็นที่นับถือโดยส่วนใหญ่ แต่แพร่หลายเฉพาะทางตะวันออกบริเวณใกล้กับเปอร์เซียเท่านั้น ศาสนาโซโรอัสเตอร์จึงถูกให้ความสำคัญแทน ศาสนาคริสต์นิกายเนสโทเรีย(Nestorian Christianity)ได้แพร่หลายมาถึงบริเวณนี้ แต่เป็นเพียงความเชื่อกลุ่มเล็กๆ ศาสนาที่แพร่หลายเป็นอันดับสามคือศาสนามาณีกี ประชาชนส่วนใหญ่นับถือมากกว่า 1 ศาสนา และผสมผสานความเชื่อดั้งเดิมเข้าไปด้วย การแพร่ขยายของชาวเติร์กเริ่มขึ้นในพุทธศตวรรษที่ 11 และกลายเป็นจักรวรรดิกอกเติร์กในที่สุด ชาวเติร์กได้แพร่กระจายไปอย่างรวดเร็วจนทั่วเอเชียกลาง ชาวเติร์กที่พูดภาษาอุยกูร์เป็นกลุ่มหนึ่งที่มีวัฒนธรรมหลากหลายควบคุมเส้นทางสายไหมที่เมืองตูร์ฟาน(Turpan)ในสมัยราชวงศ์ถัง ซึ่งเมืองอยู่ในอาณาเขตของสาธารณรัฐประชาชนจีนปัจจุบัน ชนร่อนเร่ชาวอุยกูร์เหล่านี้นับถือศาสนามาณิกี ศาสนาพุทธ และศาสนาคริสต์นิกายเนสโตเรีย