เกาะเซนต์คิตส์ เดิมถูกชาวคาลินาโกซึ่งเป็นชาวพื้นเมืองแถบทะเลแคริบเบียนตั้งชื่อให้ว่า "เลียมุยกา (Liamuiga)" แปลว่า "ดินแดนแห่งความอุดมสมบูรณ์" โดยชื่อ "เซนต์คิตส์" ที่ใช้ในปัจจุบันถูกตั้งให้โดยคริสโตเฟอร์ โคลัมบัส แต่ยังหาที่มาและสาเหตุของการตั้งชื่อนี้ได้ไม่แน่ชัด

ข้อสันนิษฐานแรกกล่าวว่าเดิมทีคริสโตเฟอร์ โคลัมบัส ตั้งชื่อเกาะนี้เป็นภาษาสเปนว่า "ซาน กริสโตบัล (San Cristóbal)" สื่อความหมายถึงนักบุญคริสโตเฟอร์ ซึ่งเป็นนักบุญองค์อุปถัมภ์ของนักเดินทาง ตามความเชื่อศาสนาคริสต์นิกายโรมันคาทอลิก ส่วนสันนิษฐานใหม่กล่าวว่าความจริงแล้วโคลัมบัสตั้งใจจะตั้งชื่อให้เกาะนี้ว่า "ซาน ยาโก (San Yago, Saint James)" ซึ่งหมายถึงนักบุญเจมส์ ส่วนซาน กริสโตบัล เป็นชื่อที่โคลัมบัสตั้งให้กับเกาะที่อยู่ห่างออกไปทางตะวันตกเฉียงเหนือซึ่งปัจจุบันคือเกาะซาบา และสาเหตุที่ชื่อซาน กริสโตบัล ถูกนำมาประยุกต์ใช้กับเกาะเซนต์คิตส์เนื่องจากความผิดพลาดในการจัดทำทำแผนที่ในยุคโบราณ

อย่างไรก็ตามชื่อ "ซาน กริสโตบัล" ก็ได้ถูกเรียกเป็นชื่อเกาะแห่งนี้ และมีหลักฐานปรากฏอยู่บนเอกสารสำคัญในช่วงศตวรรษที่ 17 ต่อมาชาวอังกฤษที่ไปอาศัยอยู่ก็ได้แปลชื่อเกาะเป็นสำเนียงอังกฤษว่า "เซนต์ คริสโตเฟอร์" โดยชื่อย่อของคริสโตเฟอร์ใช้คำว่า "คิต" เกาะนี้จึงมีชื่อว่าเซนต์คิตส์ มาจนถึงปัจจุบัน

ส่วนเกาะเนวิส เดิมทีมีชื่อเรียกจากชาวพื้นเมืองแคริบเบียนว่า "อัวลี (Oualie)" ซึ่งหมายความว่า "ดินแดนที่มีสายน้ำอันสวยงาม" ต่อมาชาวอังกฤษได้ตั้งชื่อภาษาสเปนให้ว่า "ดัลซีนา (Dulcena)" ส่วนคำว่า "เนวิส" ชาวอังกฤษย่อมาจากภาษาสเปนว่า "นวยส์ตรา เซญอรา เดอ ลาส นีเอเบส (Nuestra Señora de las Nieves)" หมายถึง "แม่พระแห่งหิมะ (Our Lady of the Snows)" ซึ่งเป็นสมัญญาที่ชาวคริสต์นิกายโรมันคาทอลิกถวายให้แด่พระนางมารีย์พรหมจารี โดยชื่อเกาะเนวิสมีปรากฏเป็นเอกสารสำคัญครั้งแรกในช่วงศตวรรษที่ 16

นอกจากนี้เกาะเนวิสยังมีความสำคัญในประวัติศาสตร์ของสหรัฐอเมริกาเนื่องจากเป็นสถานที่เกิดของอเล็กซานเดอร์ แฮมิลตันหนึ่งในบิดาผู้ก่อตั้งสหรัฐ และยังเป็นสถานที่ที่พลเรือโท โฮราชิโอ เนลสัน ไวเคานต์เนลสันที่ 1 ซึ่งเป็นชาวบริติชผู้ยิ่งใหญ่ที่สุดหนึ่งร้อยลำดับ เคยใช้ชีวิตเมื่อครั้งยังเป็นกัปตันเรือในวัยหนุ่มโดยเขาได้พบรักและแต่งงานกับฟรานเซส นิสเบ็ต ที่เกาะนี้