การที่พรรคคอมมิวนิสต์อินโดนีเซียเติบโตและมีบทบาทในรัฐบาลซูการ์โนสร้างความกังวลให้แก่สหรัฐและมหาอำนาจตะวันตกที่ต่อต้านคอมมิวนิสต์ ในเดือนธันวาคม พ.ศ. 2507 พรรคมูร์บากล่าวหาว่าพรรคคอมมิวนิสต์อินโดนีเซียเตรียมก่อการรัฐประหาร พรรคคอมมิวนิสต์อินโดนีเซียเรียกร้องให้คว่ำบาตรพรรคมูร์บา ซึ่งซูการ์โนได้ทำตามในต้นปี พ.ศ. 2508 ในการเผชิญหน้ากับมาเลเซีย พรรคคอมมิวนิสต์อินโดนีเซียเรียกร้องให้ติดอาวุธประชาชนแต่กองทัพเพิกเฉย ในเดือนกรกฎาคม พรรคคอมมิวนิสต์อินโดนีเซียเริ่มฝึกทหารใกล้สนามบินฮาลิม ในวันที่ 8 กันยายน ผู้ประท้วงสังกัดพรรคคอมมิวนิสต์อินโดนีเซียเริ่มประท้วงที่สุราบายา ในวันที่ 30 กันยายน พรรคคอมมิวนิสต์อินโดนีเซียได้จัดแรลลี่ในจาการ์ตา

ในคืนวันที่ 30 กันยายนและเช้าวันที่ 1 ตุลาคม พ.ศ. 2508 นายพลระดับสูงของอินโดนีเซีย 6 คนถูกสังหาร นายพลซูฮาร์โตเข้ามามีบทบาทในกองทัพ และก่อรัฐประหารในวันที่ 2 ตุลาคม ประกาศต่อต้านคอมมิวนิสต์ ซูฮาร์โตบีบให้ซูการ์โนลาออก และขึ้นเป็นประธานาธิบดีแทนใน พ.ศ. 2511 การต่อต้านพรรคคอมมิวนิสต์อินโดนีเซียเกิดขึ้นในอินโดนีเซีย สำนักงานใหญ่ของพรรคคอมมิวนิสต์อินโดนีเซียถูกเผา กลุ่มขององค์กรมุสลิมอันซอร์ได้จัดเดินขบวนต่อต้านพรรคคอมมิวนิสต์อินโดนีเซียในวันที่ 13 ตุลาคม มีชาวอินโดนีเซียสามแสนถึงล้านคนถูกฆ่าในการสังหารครั้งใหญ่หลังเหตุการณ์นี้ พรรคคอมมิวนิสต์อินโดนีเซียถูกคว่ำบาตรในวันที่ 12 มีนาคม พ.ศ. 2509 สหภาพการค้าที่นิยมพรรคคอมมิวนิสต์อินโดนีเซียถูกคว่ำบาตรในเดือนเมษายน