พรรคคอมมิวนิสต์อินโดนีเซียปรากฏขึ้นมามีบทบาททางการเมืองอีกครั้ง หลังจากญี่ปุ่นยอมแพ้เมื่อ พ.ศ. 2488 ในการต่อสู้เพื่อเรียกร้องเอกราชจากเนเธอร์แลนด์ หน่วยติดอาวุธจำนวนมากถูกพรรคคอมมิวนิสต์ควบคุมหรือมีอิทธิพล แม้ว่ากองทัพของพรรคคอมมิวนิสต์มีบทบาทที่สำคัญในการต่อสู้ต่อต้านเนเธอร์แลนด์ ประธานาธิบดีซูการ์โนมีความกังวลกับบทบาทของพรรคคอมมิวนิสต์และทำให้เกิดปัญหาในกลุ่มนักการเมืองฝ่ายขวาและมหาอำนาจต่างชาติโดยเฉพาะสหรัฐ ทำให้ความสัมพันธ์ระหว่างพรรคคอมมิวนิสต์กับกองกำลังอื่นๆมีความยากลำบาก ในเดือนกุมภาพันธ์ พ.ศ. 2491 พรรคคอมมิวนิสต์และพรรคสังคมนิยมได้จัดตั้งแนวร่วมประชาธิปไตยประชาชน ต่อมา พรรคสังคมนิยมได้รวมเข้ากับพรรคคอมมิวนิสต์ พรรคคอมมิวนิสต์จึงได้ควบคุมกองทัพเปอซินโด ในวันที่ 11 สิงหาคม พ.ศ. 2491 มุสโซได้เดินทางมายังจาการ์ตาหลังจากลี้ภัยไปยังสหภาพโซเวียต 12 ปี และได้จัดตั้งคณะกรรมการโปลิตบูโรของพรรคขึ้นอีกครั้ง

หลังการลงนามในข้อตกลงเรฟิลใน พ.ศ. 2491 กองทัพส่วนใหญ่ของฝ่ายสาธารณรัฐกลับจากพื้นที่ความขัดแย้งทำให้กองทัพฝ่ายขวาเชื่อมั่นว่าสามารถต่อต้านกองทัพของพรรคคอมมิวนิสต์อินโดนีเซียได้ กองโจรและทหารที่อยู่ภายใต้อิทธิพลของพรรคคอมมิวนิสต์อินโดนีเซียถูกคว่ำบาตร ในมาดียุน กองทหารของพรรคคอมมิวนิสต์อินโดนีเซียที่ปฏิเสธการปลดอาวุธถูกฆ่า ในเดือนกันยายน ปีเดียวกัน การฆ่านี้ทำให้เกิดความรุนแรงขึ้น พรรคคอมมิวนิสต์อินโดนีเซียประกาศตั้งสาธารณรัฐโซเวียตอินโดนีเซียในวันที่ 18 กันยายน โดยมุสโซเป็นประธานาธิบดี และอามีร์ ซารีฟุดดินเป็นนายกรัฐมนตรี กองทัพฝ่ายสาธารณรัฐเข้ามาปราบปรามและเข้ายึดครองมาดียุนได้ในวันที่ 30 กันยายน สมาชิกพรรคคอมมิวนิสต์อินโดนีเซียราวพันคนถูกฆ่า และถูกจำคุก 36,000 คน ผู้นำหลายคนรวมทั้งมุสโซถูกประหารชีวิตเมื่อ 31 ตุลาคม หลังจากพยายามหนีออกจากที่คุมขัง ไอดิตและลุกมันลี้ภัยไปยังสาธารณรัฐประชาชนจีน อย่างไรก็ตาม พรรคคอมมิวนิสต์อินโดนีเซียไม่ถูกคว่ำบาตรและยังคงดำเนินกิจกรรมทางการเมืองต่อไปได้ พรรคถูกฟื้นฟูอีกครั้งใน พ.ศ. 2492

ใน พ.ศ. 2493 พรรคได้ปรากฏตัวอีกครั้ง โดยเป็นกลุ่มชาตินิยมภายใต้การนำของดีปา นูยันตารา ไอดิต ต่อต้านอาณานิคมและนโยบายนิยมตะวันตกของประธานาธิบดีซูการ์โน ในเดือนสิงหาคม พ.ศ. 2494 พรรคคอมมิวนิสต์อินโดนีเซียเริ่มก่อตั้งกองทหารในเมดานและจาการ์ตา ผู้นำพรรคคอมมิวนิสต์อินโดนีเซียหลบไปอยู่ใต้ดินในช่วงเวลาสั้นๆ