อาชีพของพระองค์ในฐานะราชนาวีต้องเลื่อนออกไปทันทีเมื่อเกิดเหตุการณ์ในวันที่ 1 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2451 ในวันนั้นพระราชวงศ์ได้เสด็จพระราชดำเนินกลับจากวิลลา วีคอซาไปยังกรุงลิสบอน ทรงประทับในรถโค้ชไปยังบาร์เรโร และจากนั้นทรงประทับเรือข้ามแม่น้ำเทกัสและเสด็จลงเรือที่กาอิสโดโซเดร ระหว่างทางเสด็จกลับพระราชวังอาจูดา ในพระราชพาหนะมีพระเจ้าคาร์ลอสและพระราชวงศ์ของพระองค์ได้เสด็จพระราชดำเนินผ่านปรากาโดกอมเมอซีโอ ขณะที่พระราชวงศ์เสด็จผ่านจัตุรัสนี้ ปืนได้ถูกยิงมาจากฝูงชนโดยผู้ประทุษร้ายอย่างน้อยสองคนคือ อัลเฟรโด ลูอิส ดา คอสตาและมานูแวล บุยกา เป็นที่ชัดเจนว่ามือสังหารพยายามลอบปลงพระชนม์พระมหากษัตริย์, เจ้าชายรัชทายาทและนายกรัฐมนตรี ฌูเอา ฟรังโก ผู้ซึ่งประกาศยุบสภาและปกครองประเทศในฐานะนายกรัฐมนตรีเผด็จการ ผู้ลอบปลงพระชนม์ถูกสังหารโดยทหารราชองครักษ์และต่อมาทหารราชองครักษ์ได้เข้าเป็นสมาชิกพรรคสาธารณรัฐโปรตุเกส พระมหากษัตริย์เสด็จสวรรคตในทันที องค์รัชทายาทเจ้าชายลูอิส ฟิลิเปทรงบาดเจ็บสาหัส เจ้าชายมานูแวลทรงถูกตีเข้าที่พระพาหา(แขน) สมเด็จพระราชินีอเมลีไม่ทรงได้รับอันตราย เป็นพระดำริอย่างรวดเร็วของพระราชินีโดยทรงปกป้องพระราชโอรสองค์เล็กไว้ได้ด้วยการดึงเจ้าชายมานูแวลให้หมอบลงกับพื้นรถม้า จึงทำให้ทรงดำรงพระชนม์ชีพมาได้ในที่สุด 20 นาทีต่อมาเจ้าชายลูอิส ฟิลิเปสิ้นพระชนม์ ในภายหลังพระเจ้ามานูแวลที่ 2 ทรงมีพระราชดำรัสถึงเหตุการณ์ครั้งนั้นว่า

ข้าพเจ้าเห็นชายคนหนึ่งมีเคราดำ[…]เปิดเสื้อคลุมของเขาแล้วเอาปืนสั้นออกมา[…] เมื่อข้าพเจ้าเห็น[เขา] […]เล็งปืนไปที่รถ ข้าพเจ้าก็ตระหนักแล้วว่า เป็นเรื่องที่ไม่ดีแน่ๆ โอพระเจ้า สิ่งที่น่ากลัวเกิดขึ้นแล้ว! ไม่นานหลังจากนั้นบุยกาก็เริ่มยิง[…]เริ่มการยิงอย่างเต็มที่เหมือนกำลังต่อสู้ท่ามกลางฝูงสัตว์ป่า จตุรัสพระราชวังถูกละทิ้ง(มีการหนีทหารไม่ช่วยราชวงศ์)แต่ไม่ใช่วิญญาณ(ที่ถูกละทิ้ง)! นี่คือสิ่งที่ข้าพเจ้ายากที่จะให้อภัยแก่ฌูเอา ฟรังโก...— พระเจ้ามานูแวลที่ 2 แห่งโปรตุเกส[4]

เจ้าชายอฟอนโซ ดยุกแห่งอปอร์โตพระอนุชาของพระมหากษัตริย์ได้เสด็จมาถึงคลังแสงที่ตั้งพระบรมศพ ทรงกล่าวหาว่าฌูเอา ฟรังโกต้องแสดงความรับผิดชอบในโศกนาฏกรรมครั้งนี้ และสมเด็จพระพันปีหลวงมาเรีย เพียทรงเสด็จมายังคลังแสง พระพันปีหลวงทรงเข้าพบพระราชินีและทรงกันแสงอย่างเศร้าโศกและตรัสเป็นภาษาฝรั่งเศสว่า "On a tué mon fils!" (They have killed my son; พวกมันฆ่าลูกของฉัน!) โดยพระราชินีอเมลีทรงตอบว่า "Et le mien aussi!" (And mine too; และของ(หมายถึงพระโอรส)หม่อมฉันด้วยเพคะ!)

และวันต่อมาเจ้าชายมานูแวลทรงได้รับการสถาปนาให้เป็นพระมหากษัตริย์แห่งโปรตุเกสพระองค์ต่อไป พระมหากษัตริย์ทรงยังอ่อนพระชันษาโดยไม่ทรงได้รับการอบรมอย่างดีทางด้านการปกครอง ทรงพยายามค้นหาความเปราะบางของราชวงศ์บรากังซาด้วยการปลดนายกรัฐมนตรีเผด็จการฌูเอา ฟรังโกพร้อมคณะรัฐมนตรีของเขาออกจากตำแหน่งในปีพ.ศ. 2451 ความทะเยอทะยานของพรรคการเมืองต่างๆได้ทำให้รัชสมัยสั้นๆของพระเจ้ามานูแวลมีแต่ความสับสนและรุนแรง แต่แม้กระนั้นในการเลือกตั้งอย่างเสรีในวันที่ 28 สิงหาคม พ.ศ. 2453 ฝ่ายนิยมสาธารณรัฐชนะการเลือกตั้งในรัฐสภาเพียง 14 ที่นั่งเท่านั้น