อดีตพระเจ้ามานูแวลที่ 2 เสด็จสวรรคตอย่างไม่คาดคิดที่บ้านพักของพระองค์ในวันที่ 2 กรกฎาคม พ.ศ. 2475 จากการที่ทรงหายใจติดขัดโดยกล่องเสียงของพระองค์บวมผิดปกติหรืออาการบวมของท่อลม[30] รัฐบาลโปรตุเกสในขณะนั้นนำโดย อันโตนิโอ โอลิเวรา ซาลาซาร์ ได้รับอนุญาตให้ฝังพระบรมศพของพระองค์ที่กรุงลิสบอน หลังจากมีรัฐพิธี พระบรมศพมาถึงกรุงลิสบอนในวันที่ 2 สิงหาคม พ.ศ. 2475 โดยเรือสัญชาติอังกฤษ เฮสเอ็มเอส คอนคอร์ด ซึ่งเดินทางมาจากสหราชอาณาจักรและล่องเข้ามาในแม่น้ำเทกัสเพื่อส่งพระบรมศพอดีตพระมหากษัตริย์ พระบรมศพได้รับการส่งมอบที่ปรากาโดกอมเมอซีโอ ที่ซึ่งฝูงชนได้มารวมตัวกันติดตามพระบรมศพไปยังเขตเซาวิเซนเตเดฟอราและถนนก็เต็มไปด้วยผู้ที่สนใจในขบวนแห่พระบรมศพ พระบรมศพได้ถูกฝังที่วิหารหลวงแห่งพระราชวงศ์บรากังซาในพระอารามเซาวิเซนเตเดฟอรา

พระองค์ทรงได้รับพระราชสมัญญานามว่า "ผู้รักชาติ" (the Patriot, o Patriota) สำหรับความห่วงใยในเอกลักษณ์ประจำชาติของพระองค์, พระนามว่า "ผู้เคราะห์ร้าย" (the Unfortunate, o Desventurado) เพราะว่าทรงสูญเสียพระราชบัลลังก์ให้แก่สาธารณรัฐ และพระนามว่า "ผู้พากเพียร" (the Studious, O Estudioso) หรือ "ผู้รักหนังสือ" (the Bibliophile, O Bibliófilo) สำหรับความรักในวรรณกรรมโปรตุเกสของพระองค์ ฝ่ายกษัตริย์นิยมได้ถวายพระราชสมัญญานามพระองค์ว่า "กษัตริย์ผู้เป็นที่ระลึกถึง"(the Missed King, O Rei-Saudade) สำหรับความปรารถนาที่รู้สึกเมื่อสถาบันพระมหากษัตริย์ถูกล้มล้าง

การเสด็จสวรรคตของพระองค์ได้ถูกกล่าวถึงความไม่ชอบมาพากลโดยบางส่วนเพราะความเป็นจริงคือ พระองค์ทรงเล่นกีฬาเทนนิสวันที่ 1 กรกฎาคม และเห็นได้ชัดว่าพระพลานามัยยังทรงแข็งแรง เหตุการณ์ที่เกิดขึ้นมนช่วงการสวรรคตของอดีตพระเจ้ามานูแวลได้ถูกกล่าวถึงในหนังสืออัตชีวประวัติของฮาโรลด์ บรัสท์ สมาชิกของสก็อตแลนด์ ยาร์ดสายปฏิบัติการพิเศษในการปกป้องบุคคลสาธารณะ ในบันทึกของเขา บรัสท์ได้พูดถึงเหตุการณ์ที่เกิดขึ้นซึ่งอาจจะเกิดขึ้นในปีพ.ศ. 2474 ซึ่งค้นพบผู้บุกรุกในพื้นที่ฟูลเวล ปาร์ค ซึ่งเมื่อถูกเจ้าหน้าที่ตำรวจเข้าจับกุม ได้รับการยืนยันว่าเขาเป็นสมาชิกกลุ่มก่อการร้ายสาธารณรัฐโปรตุเกสที่รู้จักกันดีในชื่อกลุ่มคาร์โบนาเรียและซึ่งต่อมาถูกส่งกลับไปยังลิสบอน ถึงแม้วันที่ของผู้บุกรุกจะไม่ได้รับการยืนยันแล้ว แต่ปัญหายังคงถกเถียงถึงเหตุผลในการบุกรุกบ้านพักส่วนพระองค์[31]

นับตั้งแต่ข้อตกลงทั้งสองทั้งโดเวอร์และปารีสไม่ได้ช่วยแก้ปัญหาการสืบราชสันตติวงศ์และไม่มีเอกสารที่พิสูจน์เป็นลายลักษณ์อักษรดังนั้นหนทางเดียวคือการเสด็จสวรรคตในราชบัลลังก์ อดีตพระเจ้ามานูแวลทรงทำให้ชัดเจนว่าสาขาของพระราชวงศ์โปรตุเกส (รวมทั้งพระราชวงศ์สายบราซิล และสายสันตติวงศ์ของดยุกแห่งลูเล)จะต้องสิ้นสุดลงด้วยรัชทายาทที่เป็นชายสายตรงของราชวงศ์บรากังซา กลุ่มอินเทกราลิสโม ลูซิตาโนยังคงเคลื่อนไหวและได้ประกาศให้ดูอาร์เต นูโน ดยุกแห่งบรากังซาเป็นพระมหากษัตริย์แห่งโปรตุเกส นับตั้งแต่พระเจ้ามิเกลแห่งโปรตุเกสจนถึงการสิ้นพระชนม์ของพระนัดดาของพระองค์ โดยได้เป็นประมุขแห่งราชวงศ์บรากังซาองค์ต่อไป การกล่าวอ้างของกลุ่มนี้เป็นลักษณะเสียดสีรวมถึงความจริงที่ว่าทั้งสองสาขาได้พบกันในการกำหนดสายพระราชสันตติวงศ์ที่โดเวอร์และปารีสแม้ว่าข้อตกลงทั้งสองจะถูกปฏิเสธในภายหลัง

หลังจากการสวรรคตของพระเจ้ามานูแวล ผู้นำเผด็จการคือ อันโตนิโอ โอลิเวรา ซาลาซาร์ ได้ทูลเชิญให้พระราชวงศ์บราแกนซาที่ถูกต้องห้าม (พระราชวงศ์สายพระเจ้ามิเกล) และก่อตั้งขึ้นด้วยการขายอสังหาริมทรัพย์ของพระมหากษัตริย์ในอังกฤษและพระราชทรัพย์ส่วนพระองค์บางส่วนที่ยังเหลืออยู่ การก่อตั้งพระราชวงศ์บรากังซาได้ทำตามพระราชประสงค์ของอดีตพระเจ้ามานูแวลในการปล่อยพระราชทรัพย์ส่วนพระองค์"ให้กับชาวโปรตุเกสทั้งปวง"