เจ้าชาย มานูแวล มารีอา ฟิลิเป คาร์ลอส อเมลีโอ ลูอิส มิเกล ราฟาเอล กาเบรียล กอนซากา ฟรังซิสโก เดอ อัซซิส ยูจีนีโอ เดอ บรากังซา ประสูติในช่วงปีสุดท้ายของรัชกาลพระเจ้าลูอิสที่ 1 แห่งโปรตุเกส ผู้เป็นพระอัยกา โดยเจ้าชายมานูแวลทรงเป็นพระราชบุตรองค์ที่สาม,[1]และทรงเป็นองค์สุดท้อง เป็นพระราชโอรสในพระเจ้าคาร์ลอสที่ 1 แห่งโปรตุเกสกับเจ้าหญิงอเมลีแห่งออร์เลออง ประสูติ ณ พระราชวังเบเล็ม กรุงลิสบอน ราชอาณาจักรโปรตุเกส เป็นเวลา 7 เดือนก่อนที่พระราชบิดาจะทรงสืบราชบัลลังก์ พระองค์ทรงได้รับพิธีศีลจุ่ม[2]ในไม่กี่วันต่อมาโดยมีพระอัยกาฝ่ายพระมารดาเป็นพระบิดาอุปถัมภ์ อดีตจักรพรรดิเปดรูที่ 2 แห่งบราซิล ผู้ทรงถูกล้มล้างราชบัลลังก์แห่งจักรวรรดิบราซิลในวันที่เจ้าชายมานูแวลประสูติพอดี ก็ทรงเข้าร่วมพระราชพิธีนี้ด้วย

เจ้าชายทรงได้รับการศึกษาแบบดั้งเดิมสำหรับพระราชวงศ์โดยไม่ต้องมุ่งไปในทางการเมืองเหมือนกับพระเชษฐาของพระองค์ ผู้ซึ่งทรงถูกกำหนดมาตั้งแต่ประสูติแล้วในฐานะพระมหากษัตริย์พระองค์ต่อไป แม้ว่าเจ้าชายมานูแวลจะทรงอยู่ในระดับของชนชั้นสูงแต่พระองค์ทรงได้รับเสียงนิยมจากประชาชนมากขึ้นหลังจากสืบราชบัลลังก์ และทรงละเลิกระเบียบการตามประเพณีของราชสำนัก[3] พระองค์ทรงศึกษาด้านประวัติศาสตร์และภาษา และในขณะทรงมีพระชนมายุ 6 พรรษาทรงสามารถเขียนและตรัสภาษาฝรั่งเศสได้ พระองค์ทรงศึกษาด้านดนตรีกับอเล็กซ็องร์ เรย์ โคลาโค นักเปียโน ตั้งแต่เริ่มต้นพระองค์แสดงให้เห็นถึงความโน้มเอียงไปในทางวรรณกรรมและการอ่าน ซึ่งเมื่อเทียบกับพระเชษฐา ซึ่งทรงสนพระทัยด้านการออกกำลังทางกาย ในรูปแบบที่ถูกกำหนดโดยพระอัยกาและพระอัยยิกาของพระองค์ (สมเด็จพระราชินีนาถมารีอาที่ 2และพระเจ้าเฟอร์นันโดที่ 2) ทำให้เจ้าชายมานูแวลทรงศึกษาการทรงม้า, ฟันดาบ, การพายเรือ, การเล่นเทนนิสและการทำสวน พระองค์ทรงโปรดที่จะฟังเพลงของเบโทเฟนและวากเนอร์ และทรงโปรดการเล่นเปียโน

เมื่อทรงพระเยาว์ เจ้าชายมานูแวลทรงเล่นกับบุตรของเคานท์แห่งฟิกูเอโร, บุตรของเคานท์แห่งกัลวีอัสและครอบครัวที่เหลือในราชสำนักด้วยความสัมพันธ์ที่เป็นมิตรและจริงใจ ในปีพ.ศ. 2445 พระองค์ทรงได้รับการศึกษาจากฟรานซ์ เคเราซ์ (ด้านวรรณกรรมละตินและเยอรมัน), ต่อมาทรงรับการศึกษาจากบาทหลวงฌูเอา ดามาสเซโน ฟิอาเดโร (ด้านประวัติศาสตร์โปรตุเกส), มาร์เกวส เลเตา (ด้านคณิตศาสตร์), เอ็ม. บัวเยร์ (ด้านภาษาฝรั่งเศสและวรรณกรรมฝรั่งเศส), อัลฟรีโด คิง (ด้านภาษาอังกฤษและวรรณกรรมอังกฤษ), บาทหลวง โดมินโกส ฟรุกตูโอโซ (ด้านศาสนาและศีลธรรม) และอเล็กซ็องร์ เรย์ โคลาโค (อาจารย์สอนเปียโนของพระองค์)

พระองค์ทรงเสด็จประพาสในปีพ.ศ. 2446 พร้อมกับสมเด็จพระราชินีอเมลี พระราชมารดาและพระเชษฐาไปยังอียิปต์ ด้วยเรือพระที่นั่ง อเมเลีย เพื่อเพิ่มความเข้าใจของพระองค์ในด้านอารยธรรมโบราณ หลังปีพ.ศ. 2450 พระองค์ทรงเริ่มเข้ารับการศึกษาในวิทยาลัยราชนาวีโปรตุเกส เพื่อเตรียมตัวปฏิบัติพระกรณียกิจในฐานะ นาวิกโยธิน