ในวันที่ 8 มกราคม พ.ศ. 2315 เจ้าชายเฟรเดอริก ขณะมีพระชนมายุ 3 พรรษา ทรงได้รับการแต่งตั้งให้เป็น ผู้สำเร็จราชการแห่งเดนมาร์กและนอร์เวย์ โดยทรงอยู่ภายใต้พระนางมาทิลดา ผู้เป็นพระมารดาและสตรูเอนซี ซึ่งได้เป็นนายกรัฐมนตรี

ในคืนวันที่ 16 มกราคม พ.ศ. 2315 พระนางจูเลียนา มาเรีย พระราชชนนี พระมารดาเลี้ยงของพระเจ้าคริสเตียนและเหล่าขุนนางที่เป็นศัตรูกับสตรูเอนซี ได้ก่อการรัฐประหารพระนางมาทิลดาและสตรูเอนซี พระนางจูเลียนาและคณะผู้ไต่สวนได้ตัดสินประหารชีวิตสตรูเอนซี ส่วนพระนางมาทิลดาทรงถูกบังคับให้ทรงหย่ากับพระเจ้าคริสเตียนแล้วถูกเนรเทศออกจากเดนมาร์ก พระนางสิ้นพระชนม์อย่างโดดเดี่ยวที่เมืองเชลล์

ในปีพ.ศ. 2327 มกุฎราชกุมารเฟรเดอริกทรงได้รับสิทธิตามกฎหมายโดยพระองค์มีพระชนมายุครบ 16 พรรษา ซึ่งเลยกำหนดที่พระพันปีหลวงจูเลยนาจะมอบพระราชอำนาจคืนถึง 2 ปี พระนางทรงพยายามชักจูงให้พระนัดดาทรงมอบพระราชอำนาจให้พระนางไปก่อน หรือไม่ก็อาศัยคำแนะนำของพระนางในด้านต่างๆ และพระนางทรงบังคับให้พระเจ้าคริสเตียนทรงลงนามในพระราชกฤษฎีกาโดยกำหนดให้ มกุฎราชกุมารต้องยินยอมในคำแนะนำปรึกษาตั้งแต่ทรงเริ่มดำรงพระยศจนถึงปัจจุบัน โดยทรงต้องรับฟังบุคคล 3 คน ได้แก่ พระมหากษัตริย์ เจ้าชายเฟรเดอริก ผู้สำเร็จราชการ และพระนางจูเลียนา พระราชชนนี[2]. พระนางทรงร่วมมือกับโอฟ โฮห์-กัลด์เบิร์กซึ่งเป็นายกรัฐมนตรีในตอนนั้นพยายามยึดอำนาจเจ้าชายเฟรเดอริค อย่างไรก็ตามมกุฎราชกุมารทรงพยายามขจัดอำนาจของพระนางจูเลียนา พระอัยยิกาและพระโอรสของพระนาง และในการร่วมสภาครั้งแรกของพระองค์ พระองค์ทรงไล่คณะรัฐบาลหลวงโดยที่ไม่ได้แจ้งแก่พระนางจูเลียนา และทรงแต่งตั้งคนของพระองค์เข้ารับตำแหน่ง อีกทั้งมกุฎราชกุมารทรงบังคับให้พระบิดาซึ่งมีพระจริตฟั่นเฟือนลงนามในเอกสารแต่งตั้งพระองค์เป็นผู้สำเร็จราชการแผ่นดิน ทำให้เกิดการต่อสู้ระหว่างผู้สนับสนุนมกุฎราชกุมารกับผู้สนับสนุนพระพันปีหลวงจูเลียนา พระนางทรงพยายามแย่งชิงกษัตริย์จากพระหัตถ์ของพระนัดดา แต่ฝ่ายที่ได้รับชัยชนะคือ มกุฎราชกุมารเฟรเดอริค ซึ่งนับเป็นจุดจบในระบอบเก่าสมัยยุคกลางของเดนมาร์ก รัชกาลที่ปกครองโดยพระราชชนนีจูเลียนาและพระโอรสของพระนางสิ้นสุดลง ซึ่งถือเป็นการรัฐประหารในพ.ศ. 2327 โดยชาวเดนมาร์กต่างยินดีกันทั่งหน้าซึ่งจบสิ้นยุคสมัยของพระราชชนนีซึ่งปกครองเดนมาร์กอย่างกดขี่และทารุณ พระองค์ทรงดำรงเป็นผู้สำเร็จราชการจนกระทั่งพระเจ้าคริสเตียน พระบิดาเสด็จสวรรคตในปีพ.ศ. 2351

ในระหว่างทรงดำรงเป็นผ้สำเร็จราชการ มกุฎราชกุมารทรงทำการปฏิรูปเดนมาร์กให้เป็นไปตามแนวทางแบบเสรีนิยมร่วมกับรัฐมนตรีแอนเดรียส ปีเตอร์ เบิร์นสตอฟ ซึ่งทรงประกาศยกเลิกระบบมาเนอร์ที่มีมาตั้งแต่สมัยยุคกลาง ในปีพ.ศ. 2331 วิกฤตที่เกิดขึ้นในสมัยนี้คือ ทรงไม่เห็นด้วยที่ชาวอังกฤษลำเลียงสินค้าส่งทางเรืออย่างไม่เป็นธรรม ทำให้สหราชอาณาจักรได้ประกาศสงครามกับเดนมาร์กและนอร์เวย์ ซึ่งเป็นสมรภูมิทางทะเลเกิดขึ้นที่โคเปนเฮเกน เรียกว่า สมรภูมิโคเปนเฮเกน ส่งผลให้เดนมาร์กพ่ายแพ้อย่างหนัก

มกุฎราชกุมารเฟรเดอริกอภิเษกสมรสกับเจ้าหญิงมารี โซฟีแห่งเฮสส์-คาสเซิล พระญาติชั้นหนึ่งและเป็นสมาชิกราชวงศ์เยอรมันและการอภิเษกครั้งนี้จะเป็นการเชื่อมสัมพันธ์ระหว่างพระราชวงศ์เดนมาร์กและอังกฤษ ทั้ง 2 พระองค์อภิเษกสมรสที่ก็อตธ็อปในวันที่ 31 กรกฎาคม พ.ศ. 2333 มีพระโอรสและพระธิดาร่วมกัน 8 พระองค์ แต่มีพระธิดาเพียง 3 พระองค์ทรงรอดพระชนม์ชีพจากวัยเยาว์มาได้ เจ้าหญิงวิลเฮลมิเน มารีแห่งเดนมาร์กพระธิดาองค์สุดท้องต่อมาทรงได้เป็นพระชายาในพระเจ้าเฟรเดอริกที่ 7 แห่งเดนมาร์ก เนื่องจากทรงไม่มีพระราชโอรสซึ่งดำรงพระชนม์ชีพ เมื่อพระองค์สวรรคต ราชบัลลังก์จึงไปได้แก่ พระเจ้าคริสเตียนที่ 8 แห่งเดนมาร์ก พระญาติของพระองค์ ซึ่งเป็นพระนัดดาในพระนางจูเลียนา มาเรีย พระราชชนนี