แม้ว่าด้วยความติ้นรนของพระเจ้าเฟรเดอริกที่ 6 ในการประชุมที่เวียนนาจะสามารถช่วยประเทศเดนมาร์กของพระองค์จากการคุกคามของมหาอำนาจได้ แต่ก็ทรงผิดหวังที่ประเทศไม่ได้ผลประโยชน์ทางเศรษฐกิจเท่าที่ควร ในช่วงที่เสด็จกลับฮ็อลชไตน์และเดนมาร์กได้มีการฉลองชัยชนะของพระองค์ ซึ่งมีกระแสความนิยมระบอบกษัตริย์ แต่มีประชาชนบางกลุ่มมีความรู้สึกหวาดกลัวที่สถาบันพระมหากษัตริย์จะกุมอำนาจเบ็ดเสร็จ ในทุกๆที่ของเมืองอัลโทนา พระองค์ทรงได้รับการต้อนรับจากประตูเมืองอย่างสมพระเกียรติ มีการยิงสลุตและฝูงชนที่ปิติยินดีมาถวายการต้อนรับ ในเมืองเรนส์บูร์ก พระองค์ทรงประทับรถพระที่นั่งผ่านในเวลากลางคืนเพื่อเสด็จไปประทับที่พระราชวัง ทุกสิ่งสว่างไสว เหล่าสตรีออกมาร้องเพลงสรรเสริญพระองค์ และการจัดงานเฉลิมฉลองพระเจ้าเฟรเดอริคที่ 6 มีทุกท้องที่จนถึงเมืองหลวง

เนื่องจากความต้องการประชาธิปไตยในประชาชนมีสูง รวมทั้งความนิยมในพระองค์ก็สูงเช่นกัน พระองค์ทรงไม่เต็มใจที่สละพระราชอำนาจในวิธีการประชาธิปไตย พระองค์ทรงให้มีการเลือกตั้งstænderforsamlingerทั้ง 4 เพื่อเป็นที่ปรึกษาในการดำเนินระบอบประชาธิปไตยแม้ว่าพระองค์จะทรงเห็นว่าพวกเขาเป็นเพียงคณะที่ปรึกษาเท่านั้น โดยให้มีการเลือกตั้งกันทั่งราชอาณาจักร

ในปีพ.ศ. 2380 ได้มีการจัดแสดงศิลปวัตถุประจำชาติเพื่อเพิ่มรายได้ของประเทศในการสร้างพิพิธภัณฑ์ในโคเปนเฮเกน ซึ่งผู้รับผิดชอบโครงการคือ เบอร์เทล โทรวัลด์เซน ในเดือนกันยายน พ.ศ. 2381 โทรวัลด์เซนจึงเดินทางกลับเดนมาร์กหลังจากอาศัยอยู่ที่โรมเป็นเวลา 40 ปี และในปีนั้นพระเจ้าเฟรเดอริคทรงมอบที่ดินสำหรับสร้างพิพิธภัณฑ์ซึ่งตั้งอยู่ถัดจากพระราชวังคริสเตียนเบอร์กไปทางขวา นครโคเปนเฮเกนได้เจริญขึ้นจากการที่มีพิพิธภัณฑ์หลายแห่ง ซึ่งสถาปัตยกรรมของพิพิธภัณฑ์ออกแบบโดย ไมเคิล ก็อตท์ทีบ บินเดสโบล์ ในวันที่ 18 กันยายน พ.ศ. 2391 ได้มีการเปิดพิพิธภัณฑ์โทรวัลด์เซน ซึ่งเป็นพิพิธภัณฑ์แห่งแรกของเดนมาร์ก

ในช่วงนั้นได้มีปัญหาเกี่ยวกับการมีทาส พระองค์ทรงพยายามแก้ไขปัญหานี้อย่างหนัก ในระหว่างปี พ.ศ. 2344 ซึ่งเกิดสงครามกับอังกฤษในสมรภูมิโคเปนเฮเกน มีทาสชาวนิโกรสองคนคือ ฮันส์ โจนาธานและปีเตอร์ ซามูเอลจากทะเลแคริบเบียน ในมาถึงกรุงโคเปนเฮเกนในระหว่างสงคราม ทั้งสองคนได้ร่วมสู้กับกองทัพเรืออังกฤษ หลังสิ้นสุดสงคราม พระองค์ทรงประทานตำแหน่งในกองทัพเรือเป็นรางวัล แต่ทั้งสองปฏิเสธเพราะตนเองเป็นทาสและต้องกลับไปทำงานรับใช้นายจ้างของตน โดยใช้แรงงานไร่กาแฟทางภาคตะวันตกของอินเดีย พระองค์จึงริเริ่มหาทางแก้ไขปัญหาเรื่องทาส ด้วยการบริหารของพระเจ้าเฟรเดอริค ปีเตอร์ แอนเดรียส ไฮเบิร์กนักปรัชญาชาวเดนมาร์ก ได้ออกมาวิพากย์วิจารณ์การบริหารของพระองค์ พระองค์ทรงรู้สึกว่าไฮเบิร์กดูถูกพระองค์ตลอดเวลาตั้งแต่ในวันที่ 25 กันยายน พ.ศ. 2333 ขณะยังทรงเป็นผู้สำเร็จราชการ เมื่อพระองค์และพระนางมารี โซฟีพระชายาซึ่งทรงเป็นที่สนใจในวงการสังคม และไฮเบิร์กได้บรรยายถึงพระองค์ว่า "ของตกแต่งในพระตำหนักจัดอย่างน่าเกลียด เหล่าขุนนางจับปากกาและผูกริบบินเหมือนพวกโบราณ...อย่างไรก็ตาม ฝ่าบาท พวกเขาดูดีอยู่อย่างเดียวคือ การที่ไม่ได้ประดับเครื่องราชอิสริยาภรณ์ของพระองค์" พระองค์ทรงตอบกลับว่า"ความจริงแล้วข้าพเจ้ายินดีต้อนรับสุภาพบุรุษเหล่านี้ทุกคน แต่เพียงคุณเท่านั้นที่ข้าพเจ้าจะไม่เมตตาอีกต่อไป" ในคริสต์มาสอีพ พ.ศ. 2342 ไฮเบิร์กถูกเนรเทศตลอดชีวิต