เจ้าชายเฟรเดอริกทรงชึ้นครองราชสมบัติเป็นพระมหากษัตริย์เดนมาร์กในวันที่ 13 มีนาคม พ.ศ. 2351 ในปีพ.ศ. 2351 ราชบัลลังก์สวีเดนเริ่มปรากฏสัญญาณแห่งการว่างลง เนื่องจากพระเจ้ากุสตาฟที่ 4 อดอล์ฟแห่งสวีเดนทรงถูกปฏิวัติรัฐประหารและทรงถูกบังคับให้สละราชบัลลังก์ พระเจ้าเฟรเดอริกทรงหวังว่าจะได้รับเลือกให้เป็นพระมหากษัตริย์สวีเดน พระเจ้าเฟรเดอริกเป็นพระมหากษัตริย์เดนมาร์กและนอร์เวย์พระองค์แรกที่ทรงสืบเชื้อสายมาจากพระเจ้ากุสตาฟที่ 1 แห่งสวีเดน ผู้ซึ่งประกาศอิสรภาพสวีเดนหลังจากยุคสมัยของสหภาพที่รวมด้วยประเทศในแถบคาบสมุทรสแกนดิเนเวีย (นอกจากนี้พระขนิษฐาของพระเจ้าเฟรเดอริกยังทรงเป็นเชื้อสายของพระเจ้ากุสตาฟโดยผ่านทางพระมารดาของพระนาง ตลอดจนเจ้าชายเฟรเดอริก รัชทายาทแห่งเดนมาร์กและนอร์เวย์พระปิตุลาของพระองค์ด้วย ซึ่งเป็นทายาทของพระนางจูเลียนา) ในตอนแรก เฟรเดอริก คริสเตียนที่ 2 ดยุกแห่งชเลสวิช-ฮ็อลชไตน์-ซอนเดอร์บวร์ก-ออกัสเตนเบิร์กพระขนิษฐภรรดา(น้องเขย)ของพระเจ้าเฟรเดอริกทรงได้รับการเลือกให้เป็นกษัตริย์แห่งสวีเดนองค์ต่อไปซึ่งจะมีผลหลังจากพระเจ้าคาร์ลที่ 13 แห่งสวีเดนสวรรคต แต่ในภายหลังจอมพลฌ็อง เบอร์นาดอตต์ซึ่งได้รับเลือกจากพระเจ้าชาลส์ที่ 13 ให้สืบราชบัลลังก์ต่อเป็น พระเจ้าคาร์ลที่ 14 โยฮันแห่งสวีเดน นับเป็นจุดสิ้นสุดราชวงศ์ฮ็อลชไตน์-ก็อตธ็อปและเริ่มต้นราชวงศ์เบอร์นาด็อตต์ของสวีเดน ในสงครามนโปเลียน พระองค์ทรงนำเดนมาร์กเข้าสู่สงครามโดยเป็นพันธมิตรกับฝรั่งเศส