เฮนรีเริ่มป่วยหนักขึ้นและอ่อนแอลงในช่วงปีท้ายๆ พระโอรสและทายาทของพระองค์ เอ็ดเวิร์ด กลายเป็นผู้ดูแลของอังกฤษและเริ่มมีบทบาทอำนาจมากขึ้นในการบริการปกครอง มรดกที่สำคัญที่สุดของพระเจ้าเฮนรีที่ 3 คือเวสต์มินสเตอร์แอบบีย์ ในปี ค.ศ. 1042 เอ็ดเวิร์ดผู้สารภาพเริ่มสร้างแอบบีย์ของนักบุญปีเตอร์ขึ้นมาใหม่เพื่อสร้างที่ฝังพระศพหลวงให้ตนเอง เวสต์มินสเตอร์แอบบีย์ยุคแรก การก่อสร้างโบสถ์ในยุคที่สองและเป็นโบสถ์ปัจจุบันเริ่มต้นขึ้นในปี ค.ศ. 1245 โดยพระเจ้าเฮนรีที่ 3 ที่เลือกให้เป็นที่ฝังพระศพของตนเอง ในปี ค.ศ. 1269 เฮนรีกำกับดูแลพิธีการใหญ่เพื่อฝังเอ็ดเวิร์ดผู้สารภาพใหม่ในแท่นบูชาใหม่ที่วิจิตรงดงาม ทรงให้ความช่วยเหลือเป็นการส่วนตัวในการแบกพระศพไปสถานที่พักผ่อนแห่งใหม่

พระเจ้าเฮนรีที่ 3 สิ้นพระชนม์ด้วยพระชนมายุ 69 พรรษาเมื่อวันที่ 16 พฤศจิกายน ค.ศ. 1272 ที่พระราชวังเวสต์มินสเตอร์ ด้วยการกำหนดของพระองค์เอง เฮนรีถูกฝังในโลงศพเดิมของเอ็ดเวิร์ดผู้สารภาพ สุดท้ายแล้วหลุมฝังศพที่ใหญ่กว่าเดิมถูกสร้างขึ้นมาให้เฮนรีเมื่อวันที่ 10 พฤษภาคม ค.ศ. 1209 อัฐิของพระองค์ถูกย้ายไปตำแหน่งที่ตั้งในปัจจุบันในเวสต์มินสเตอร์แอบบีย์ ในสุสานที่อยู่ตรงไปทางเหนือของแท่นบูชาของเอ็ดเวิร์ดผู้สารภาพ