เมื่อวันที่ 14 มกราคา ค.ศ. 1236 ที่มหาวิหารแคนเทอร์บรี เฮนรีวัย 29 พรรษาอภิเษกสมรสกับเอเลนอร์แห่งโพรว็องซ์วัย 13 พรรษา ลูกสาวคนที่สองในลูกสาวสี่คนของรามอน เบเรนเกร์ที่ 4 เคานต์แห่งโพรว็องซ์กับเบียทริซแห่งซาวอย ลูกสาวทั้งสี่คนแต่งงานกับกษัตริย์และได้เป็นพระราชินี

เฮนรีกับเอเลนอร์มีพระโอรสธิดา 5 คน

• พระเจ้าเอ็ดเวิร์ดที่ 1 แห่งอังกฤษ (ปี ค.ศ. 1239 – 1307) แต่งงานกับ (1) เอเลนอร์แห่งคาสตีล มีทายาท รวมถึงทายาทของพระองค์ เอ็ดเวิร์ดที่ 2 (2) มาร์กาเร็ตแห่งฝรั่งเศส มีทายาท
• มาร์กาเร็ต (ปี ค.ศ. 1240 – 1275) แต่งงานกับอเล็กซานเดอร์ที่ 3 กษัตริย์ของชาวสกอต มีทายาท
• เบียทริซ (ปี ค.ศ. 1242 – 1275) แต่งงานกับจอห์นที่ 2 ดยุคแห่งบริตทานี มีทายาท
• เอ็ดมุนด์หลังกางเขน เอิร์ลที่ 1 แห่งแลงคาสเตอร์ (ปี ค.ศ. 1245 – 1296) แต่งงานกับ (1) อีฟลิน เดอ ฟรอซ ไม่มีทายาท (2) บล็องช์แห่งอาร์ทัวส์ มีทายาท
• แคทเธอรีน (ปี ค.ศ. 1253 – 1257)

ญาติสายซาวอยทางฝั่งแม่ของเอเลนอร์หลายคนมาที่ราชสำนักอังกฤษรวมถึงปิเอโตรกับโบนิฟิซิโอ ปิเอโตรอาศัยอยู่ในอังกฤษเป็นเวลานาน รับใช้เป็นทูต และกลายเป็นเอิร์ลแห่งริชมอนด์ ในปี ค.ศ. 1263 เขากลายเป็นเคานต์แห่งซาวอย โบนิฟิซิโอกลายเป็นอาร์ชบิชอปแห่งแคนเทอร์บรี ในปี ค.ศ. 1247 พี่น้องชายร่วมแม่ของเฮนรีจากการแต่งงานครั้งที่สองของพระมารดา พวกลูซินญ็อง มาที่อังกฤษและช่วงชิงดินแดนและการเลื่อนตำแหน่งกับพระญาติสายซาวอยของพระราชินี แลกกับการสูญเสียครั้งใหญ่ของบารอนอังกฤษ ตั้งแต่ปี ค.ศ. 1236 ถึง 1258 กษัตริย์ที่อ่อนแอไขว้เขวไปมาระหว่างที่ปรึกษาหลายคน รวมถึงพระอนุชาของพระองค์ ริชาร์ดแห่งคอร์นวอลล์ กับพี่น้องชายร่วมแม่ชาวลูซินญ็อง ซึ่งสร้างความไม่พอใจอย่างใหญ่หลวงแก่บารอนอังกฤษ บวกกับบารอนอังกฤษไม่พอใจการเรียกร้องเงินทุนเพิ่มของเฮนรีที่ 3 วิธีการบริหารปกครอง และภาวะอดอยากที่แพร่กระจายเป็นวงกว้าง