พระเจ้าจอห์นสิ้นพระชนม์เมื่อ 18 ตุลาคม ค.ศ. 1216 ทิ้งให้เฮนรี วัย 9 พรรษา สืบทอดบัลลังก์ท่ามกลางสงครามบารอนครั้งที่ 1 (ปี ค.ศ. 1215 – 17) ที่กลุ่มของบารอนกบฏที่ได้รับการสนับสนุนจากกองทัพฝรั่งเศสทำสงครามกับพระเจ้าจอห์น เพราะพระองค์ปฏิเสธที่จะยอมรับและปฏิบัติตามแม็กนาคาร์ตา เพราะพื้นที่ขนาดใหญ่ของอังกฤษตะวันออกตกอยู่ภายใต้การควบคุมของบารอนกบฏกับชาวฝรั่งเศส จึงมีความคิดว่าเฮนรีควรได้รับการสวมมงกุฎโดยเร็วที่สุดเท่าที่จะทำได้เพื่อเสริมความแข็งแกร่งให้กับสิทธิ์ในราชบัลลังก์ของพระองค์ เฮนรีจึงได้รับการสวมมงกุฎเมื่อวันที่ 28 ตุลาคม ค.ศ. 1216 ที่มหาวิหารกลอสเตอร์ โดยมีรัดเกล้าที่เป็นของพระมารดาเป็นเครื่องราชกกุธภัณฑ์ราชาภิเษกที่เวสต์มินสเตอร์ในลอนดอน

วิลเลียม มาร์แชล เอิร์ลที่ 1 แห่งเพมโบรกที่เคยรับใช้กษัตริย์มาสามพระองค์ คือ เฮนรีที่ 2, ริชาร์ดที่ 1 และจอห์น ถูกประกาศชื่อเป็นผู้พิทักษ์ของพระเจ้าเฮนรีที่ 3 และผู้สำเร็จราชการแผ่นดินของราชอาณาจักร ทั้งที่อายุราว 70 ปี แต่มาร์แชลมีส่วนร่วมอย่างกระตือรือร้นในสงครามกับชาวฝรั่งเศสและบารอนกบฏด้วยพลังงานที่น่าเหลือเชื่อ ในสมรภูมิลินคอล์น เขาประจำการและต่อสู้ในแนวหน้าของกองทัพของกษัตริย์น้อย นำพวกเขาไปสู่ชัยชนะ เขากำลังเตรียมที่จะปิดล้อมชาวฝรั่งเศสในลอนดอนในตอนที่สงครามจบลงด้วยชัยชนะทางทะเลที่สมรภูมิโดเวอร์และสมรภูมิแซนด์วิช หลังการตายของเขาในปี ค.ศ. 1219 ที่ส่งผลกระทบอย่างใหญ่หลวงต่อเฮนรีน้อย มาร์แชลได้รับการยกย่องว่าเป็น "อัศวินที่ดีที่สุดที่เคยมีชีวิตอยู่" โดยสตีเฟน แลงตัน อาร์ชบิชอปแห่งแคนเทอร์บรี

ในเดือนกรกฎาคมของปี ค.ศ. 1217 พระมารดาของเฮนรี อิซาเบลลาแห่งอองกูแลม ทิ้งพระองค์ไว้ในการดูแลของผู้สำเร็จราชการแผ่นดิน วิลเลียม มาร์แชล เอิร์ลที่ 1 แห่งเพมโบรก และกลับไปฝรั่งเศสเพื่ออ้างสิทธิ์ในการควบคุมมรดกของพระองค์ อองกูแลม ทรงทิ้งพระโอรสธิดาที่มีกับพระเจ้าจอห์น ในปี ค.ศ. 1220 ทรงแต่งงานกับยูกที่ 10 แห่งลูซินญ็อง เคานต์แห่งลา มาร์ช ที่พระองค์มีลูกด้วยเก้าคน การศึกษาของเฮนรีถูกมอบหมายให้เป็นหน้าที่ของปีเตอร์ เดอ โรช บิชอปแห่งวินเชสเตอร์ และอูแบร์ต์ เดอ เบรอะ เอิร์ลที่ 1 แห่งเคนต์กลายเป็นผู้สำเร็จราชการแผ่นดินหลังการตายของวิลเลียม มาร์แชล เมื่อวันที่ 20 พฤษภาคม ค.ศ. 1220 เฮนรีได้รับการสวมมงกุฎครั้งที่สองในเวสต์มินสเตอร์แอบบีย์ด้วยพิธีราชาภิเษกแบบเต็มรูปแบบ เฮนรีถูกประกาศว่าบรรลุนิติภาวะในปี ค.ศ. 1223 โดยพระสันตะปาปา แต่พระองค์ไม่ได้ครองราชย์อย่างอิสระอย่างแท้จริงจนถึงปี ค.ศ. 1227 ตอนพระชนมายุ 20 พรรษา