เฮนรีเสด็จพระราชสมภพที่ปราสาทวินเชสเตอร์เมื่อวันที่ 1 ตุลาคม ค.ศ. 1207 เป็นพระโอรสคนโตในพระโอรสห้าคนของพระเจ้าจอห์นกับพระมเหสีคนที่สอง อิซาเบลลา เคานเตสแห่งอองกูแลมตามสิทธิ์ของตนเอง ลูกคนแรกของทั้งคู่ถูกตั้งชื่อตามพระบิดาของจอห์น พระเจ้าเฮนรีที่ 2 พี่น้องของเฮนรีทุกคนมีชีวิตรอดถึงวัยผู้ใหญ่ มีการแต่งงานที่ยอดเยี่ยม และทุกคนยกเว้นโจนมีลูก

พี่น้องของเฮนรี

• ริชาร์ด เอิร์ลแห่งคอร์นวอลล์ (ปี ค.ศ. 1209 – 1272) แต่งงานกับ (1) อิซาเบล มาร์แชล มีทายาท (2) ซองเจียแห่งโพรว็องซ์ มีทายาท (3) เบียทริซแห่งฟาลเกินบวร์ก ไม่มีทายาท
• โจน (ปี ค.ศ. 1210 – 1238) แต่งงานกับอเล็กซานเดอร์ที่ 2 กษัตริย์ของชาวสกอต ไม่มีทายาท
• อิซาเบลลา (ปี ค.ศ. 1214 – 1241) แต่งงานกับเฟรเดอริกที่ 2 จักรพรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ์ มีทายาท
• เอเลนอร์ (ปี ค.ศ. 1215 – 1275) แต่งงานกับ (1) วิลเลียม มาร์แชล เอิร์ลที่ 2 แห่งเพมโบรก (2) ซิมง เดอ มงต์ฟอร์ต์ เอิร์ลที่ 6 แห่งเลสเตอร์ มีทายาท