เนื่องจากพาโรโมมัยซินจัดเป็นยาปฏิชีวนะอีกชนิดหนึ่งในกลุ่มอะมิโนไกลโคไซด์ จึงมีอาการข้างเคียงที่คล้ายคลึงกัน กล่าวคือ สมาชิกในยากลุ่มนี้ก่อให้เกิดพิษต่อไตและต่อหู โดยอาการข้างเคียงดังกล่าวจะพบมากขึ้นเมื่อมีการใช้ยาร่วมที่มีทำให้เกิดพิษต่อไตและหูเช่นกัน[16] เช่น การใช้พาโรโมมัยซินร่วมกับฟอสคาร์เนท จะเพิ่มความเสี่ยงต่อการเกิดพิษต่อไตมากขึ้น[17] เป็นต้น นอกจากนี้ การใช้พาโรโมมัยซินร่วมกับโคลิสติน สามารถทำให้เกิดการกดการหายใจ (respiratory depression) และนำไปสู่อันตรายแก่ชีวิตได้ หากมีความจำเป็นต้องใช้ยานี้ร่วมกัน ต้องมีความระมัดระวังเป็นพิเศษและควรติดตามการเกิดอาการไม่พึงประสงค์ดังกล่าวอย่างใกล้ชิด[17] ทั้งนี้การใช้พาโรโมมัยซินชนิดฉีดร่วมกับวัคซีนอหิวาตกโรค สามารถเหนี่ยวนำให้เกิดภาวะภูมิไวเกินได้[17] ในกรณีที่ใช้ยานี้ร่วมกับยาขับปัสสาวะที่มีฤทธิ์แรงอาจส่งผลต่อการได้ยินได้ ดังนั้นจึงควรหลีกเลี่ยงการใช้ยาทั้งสองนี้ร่วมกัน[18] รวมไปถึงการใช้พาโรโมมัยซินร่วมกับยาซักซินิลโคลีน (Succinylcholine) อาจทำให้เกิดอันตรายที่รุนแรงกับระบบกล้ามเนื้อและประสาทได้ จึงไม่ควรรใช้ยาเหล่านี้ร่วมกัน[19]

ส่วนการเกิดอัตรกิริยากับอาหารนั้น ในปัจจุบันยังไม่มีรายงานการพบการเกิดอัตรกิริยาระหว่างพาโรโมมัยซินกับอาหารใดๆ[17]