พาโรโมมัยซินถูกดูดซึมในทางเดินอาหารได้น้อยมาก แต่สำหรับในรูปแบบการฉีดเข้ากล้ามเนื้อนั้น ยานี้จะสามารถแพร่กระจายเข้าสู่กระแสเลือดได้อย่างรวดเร็ว โดยระดับความเข้มข้นของพาโรโมมัยซินหลังได้รับการบริหารยาจะตรวจพบได้ที่เวลาประมาณ 1 ชั่วโมง[3] The invitro and invivo activities parallel those of neomycin.[22] การที่ทางเดินอาหารทำงานได้น้อยกว่าปกติ ทั้งที่เป็นผลมาจากยาอื่นหรือความผิดปกติของการทำงานของทางเดินอาหารเอง นอกจากนี้แล้ว การมีบาดแผลจะให้ยานี้ซึ่งอยู่ในรูปแบบยาใช้ภายนอกถูกดูดซึมเข้าได้มากขึ้น[23] ส่วนชีวปริมาณออกฤทธิ์ของพาโรโมมัยซินนั้น ในปัจจุบันยังไม่มีข้อมูลที่แน่ชัด[22]

พาโรโมมัยซินถูกขับออกทางอุจจาระเกือบร้อยละ 100 ในรูปที่ไม่เปลี่ยนแปลง ในกรณีที่พาโรโมมัยซินถูกดูดซึมเข้าสู่กระแสเลือดนั้น ยาจะถูกขับออกทางปัสสาวะ[24]