อาการไม่พึงประสงค์ทั่วไปที่มีความสัมพันธ์กับการได้รับพาโรโมมัยซินซัลเฟต ได้แก่ ปวดเกร็งท้อง (abdominal cramps), ท้องเสีย, แสบร้อนกลางอก, คลื่นไส้, และอาเจียน ทั้งนี้ การใช้พาโรโมมัยซินต่อเนื่องกันเป็นระยะเวลานานจะเพิ่มความเสี่ยงต่อการติดเชื้อราหรือเชื้อแบคทีเรียอื่นได้ โดยอาการแสดงของการมีเชื้อราหรือเชื้อแบคทีเรียอื่นเจริญเติบโตผิดปกติ คือ เกิดแผ่นฝ้าสีขาว (white patches) ภายในบริเวณช่องปาก ส่วนอาการไม่พึงประสงค์อื่นที่เกิดขึ้นได้บ้างเล็กน้อย ได้แก่ โรคกล้ามเนื้ออ่อนแรงชนิดร้าย, การเกิดพิษต่อไต, ลำไส้อักเสบ, การดูดซึมอาหารผิดปกติ, การเพิ่มขึ้นของอีโอซิโนฟิล, ปวดศีรษะ, หูหนวก, มีเสียงกริ่งในหู, คัน, ง่วงซึมมาก, และตับอ่อนอักเสบ[15]