อย่างไรก็ตาม มีข้อกังวลว่าการเพิ่มความเป็นอำมาตยาธิปไตย และการตรากฎหมายอาจสร้างความเสียหายในการควบคุมดูแลโดยภาพรวม การอนุรักษ์และการรวบรวมความหลากหลายทางชีวภาพ, ในการตอบโต้ต่อโรคติดเชื้ออย่างเป็นสากล และการวิจัย[6][2][7]

นักวิทยาศาสตร์หลายคนได้แสดงข้อกังวลต่อพิธีสารถึงการเพิ่มขึ้นของข้อบังคับที่เข้มงวดและการมีขั้นตอนมากเกินไปจะขัดขวางการป้องกันโรคและการอนุรักษ์[1] อีกทั้งการคุกคามนักวิทยาศาสตร์ด้วยการกักขังจะส่งผลอย่างมากต่อการวิจัยต่อไป[6][7] นักวิจัยและสถาบันความหลากหลายทางชีวภาพไม่ใช่เชิงพาณิชย์อย่างพิพิธภัณฑ์ประวัติศาสตร์ธรรมชาติ (Natural History Museum) กังวลว่าการเปิดกิจการพิพิธภัณฑ์สัตว์และพืชทะเลต่อไปและการแลกเปลี่ยนระหว่างสถาบันจะทำได้ยากขึ้น[2]