พิธีสารนาโงยะสร้างข้อผูกมัดต่อประเทศที่ลงนามในการวางมาตรการที่เกี่ยวข้องกับการเข้าถึงทรัพยากรพันธุกรรม การแบ่งปันผลประโยชน์ และการร่วมมือต่อพิธีสาร

ข้อผูกมัดด้านการเข้าถึงแหล่งทรัพยากร

มาตรการระดับภายในประเทศมีจุดมุ่งหมายใน:

• การสร้างความแน่นอน, ความชัดเจน, และความโปร่งใส
• การกำหนดกฎเกณฑ์และระเบียบวิธีการที่ยุติธรรมและไม่ถือพลการ ในการเข้าถึงทรัพยากรพันธุกรรม
• การวางกฎและขั้นตอนที่ชัดเจนสำหรับคำยินยอมที่แจ้งล่วงหน้าและข้อกำหนดที่ตกลงร่วมกันไว้
• การออกเอกสารอนุญาตหรือเอกสารเทียบเท่าในเวลาเข้าถึง
• การมอบการประกันใบอนุญาตหรือสิ่งอื่นที่เทียบ
• การสร้างเงื่อนไขเพื่อส่งเสริมและกระตุ้นงานวิจัยที่เกื้อกูลต่อการอนุรักษ์และการใช้ความหลากหลายทางชีวภาพอย่างยั่งยืน
• การให้ความสนใจต่อข้อเท็จจริงทั้งปวงแก่ กรณีของเหตุฉุกเฉินที่เกิดขึ้นในปัจจุบันหรือที่ใกล้จะเกิดขึ้นซึ่งคุกคามหรือทำลายสุขภาพมนุษย์ สัตว์ หรือพืช
• การพิจารณาความสำคัญของทรัพยากรพันธุกรรมเพื่ออาหารและการเกษตรเพื่อความปลอดภัยทางอาหาร

ข้อผูกมัดด้านการแบ่งปันผลประโยชน์

มาตรการระดับภายในประเทศด้านการแบ่งปันผลประโยชน์มีจุดมุ่งหมายในการมอบการแบ่งปันผลประโยชน์ที่ยุติธรรมและเท่าเทียมเพื่ออนุสัญญาว่าด้วยความหลากหลายทางชีวภาพกับภาคีที่ลงนามซึ่งมอบทรัพยากรพันธุกรรมดังกล่าว การใช้ทรัพยากรนั้นรวมถึงการวิจัยและการพัฒนาองค์ประกอบทางพันธุกรรมหรือทางชีวเคมีของทรัพยากรพันธุกรรม, การประยุกต์ใช้ในภายหลัง และการทำให้เป็นธุรกิจ (commercialization) การแบ่งปันนั้นเป็นเรื่องของข้อกำหนดที่ตกลงร่วมกันไว้แล้ว และผลประโยชน์นั้นอาจเกี่ยวข้องกับเงินหรือไม่ก็ได้ เช่น ค่าสิทธิ (royalties) และการแบ่งปันผลการวิจัย

ข้อผูกมัดด้านการร่วมมือ

ข้อผูกมัดจำเพาะในการพัฒนาด้านการร่วมมือผ่านการตรากฎหมายในระดับประเทศหรือการออกข้อบังคับควบคุมของภาคีในการมอบทรัพยากรพันธุกรรม และข้อผูกมัดด้านสัญญาที่สะท้อนในข้อกำหนดที่ตกลงร่วมกันไว้นั้นเป็นสาระสำคัญของพิธีสารนาโงยะ

สมาชิกภาคีจะต้อง:

• วางมาตรการว่าทรัพยากรพันธุกรรมจะต้องใช้และเข้าถึงภายในขอบเขตอำนาจศาลโดยสอดคล้องกับคำยินยอมที่แจ้งล่วงหน้าและข้อกำหนดที่ตกลงร่วมกันไว้ได้ถูกกำหนดซึ่งถูกร้องขอโดยสมาชิกภาคีอื่น
• ร่วมมือในคดีที่เกี่ยวข้องกับการละเมิดข้อกำหนดของสมาชิกภาคีอื่น
• ส่งเสริมข้อบังคับในสัญญาว่าด้วยการยุติข้อพิพาทในข้อกำหนดที่ตกลงร่วมกันไว้
• ให้ความมั่นใจในโอกาสอันเปิดรับการขอความช่วยเหลือภายใต้กลไกกฎหมายเมื่อเกิดข้อพิพาทจากข้อตกลงร่วม (Mutually Agreed Terms; MAT)
• วางมาตรการเกี่ยวกับการเข้าถึงกระบวนการยุติธรรม
• ควบคุมการใช้ทรัพยากรพันธุกรรมหลังจากที่ออกจากประเทศโดยการกำหนดจุดตรวจปฏิบัติงานในทุก ๆ ห่วงโซ: การวิจัย, การพัฒนา, การคิดค้น, การก่อนการทำให้เป็นธุรกิจ (pre-commercialization) หรือ การทำให้เป็นธุรกิจ