พิธีสารนาโงยะมีผลต่อแหล่งทรัพยากรพันธุกรรมที่อยู่ภายใต้อนุสัญญาว่าด้วยความหลากหลายทางชีวภาพ รวมถึงผลประโยชน์ที่ได้จากการใช้แหล่งทรัพยากรนั้น พิธีสารฯ ยังครอบคลุมถึงความรู้ตามธรรมเนียมประเพณีซึ่งเกี่ยวเนื่องกับแหล่งทรัพยากรพันธุกรรมที่อยู่ภายใต้อนุสัญญาว่าด้วยความหลากหลายทางชีวภาพและผลประโยชน์ที่ได้จากความรู้ดังกล่าวด้วย

เป้าหมายของพิธีสารฯ คือการริเริ่มทำให้วัตถุประสงค์หนึ่งจากสามของอนุสัญญาดังกล่าวนั้นเป็นผลสำเร็จ กล่าวคือการแบ่งปันผลประโยชน์อย่างเป็นธรรมและเสมอภาคอันเกิดจากการใช้แหล่งทรัพยากรพันธุกรรมโดยการอนุรักษ์และใช้ความหลากหลายทางชีวภาพอย่างยั่งยืน[3]