ภาษาไต้หวันไม่มีการเขียนเป็นของตนเองก่อนพุทธศตวรรษที่ 14 ผู้พูดภาษาไต้หวันใช้อักษรจีน ระบบการเขียนที่ใช้อักษรละตินที่เรียกเป๊ะห์โอยจี (POJ) ได้พัฒนาขึ้นขึ้นในพุทธศตวรรษที่ 24 ปัจจุบันนี้ ผู้พูดภาษาไต้หวันนิยมเขียนด้วยอักษรจีน โดยใช้คำศัพท์และไวยากรณ์ของภาษาจีนกลาง

อักษรจีนหรืออักษรฮั่น

โดยส่วนใหญ่ผู้พูดภาษาไต้หวันใช้อักษรที่มีลักษณะของอักษรฮั่นหรืออักษรจีน โดยยืมอักษรที่มีเสียงคล้ายกัน

อักษรละติน

ในบางครั้งภาษาไต้หวันเขียนด้วยอักษรละติน ตามการออกเสียงเรียกอักษรเป๊ะห์โอยจี พัฒนาขึ้นครั้งแรกโดยมิชชันนารีนิกายเพรสไบทีเรียนและปรับปรุงโดยมิชชันนารีนิกายนี้ที่เป็นชาวไต้หวัน ระบบอื่นๆที่ใช้ภาษาละตินได้แก่ อักษรสัทศาสตร์ภาษาไต้หวัน (TLPA) ภาษาไต้หวันสมัยใหม่ (MTL) และโฟซิสไดบูอัน (PSDB)

ในการเขียนแบบเป๊ะห์โอยจีมีตัวอักษร 24 ตัวรวมทั้ง ts ซึ่งใช้แสดงเสียง /ch/ มีเครื่องหมายแสดงเสียงนาสิกและวรรณยุกต์ ใน พ.ศ. 2549 คณะกรรมการภาษาแห่งชาติ กระทรวงศึกษาธิการของสาธารณรัฐจีนได้เสนอการเขียนแบบการออกเสียงแบบโรมันสำหรับภาษาไต้หวัน โดยรวมแบบเป๊ะห์โอยจีกับ TLPA การเปลี่ยนแปลงที่สำคัญคือเปลี่ยนจาก ts เป็น ch และ tsh เป็น chh

อักษรคะนะ

ภาษาไต้หวันเคยเขียนด้วยอักษรคะนะแบบญี่ปุ่นเมื่ออยู่ภายใต้การปกครองของญี่ปุ่น รัฐบาลก๊กมินตั๋งเคยเสนอการเขียนแบบ Bopomofo

ในคอมพิวเตอร์

ภาษาจีนฮกเกี้ยนได้ลงทะเบียนใน RFC 3066 เป็น zh-min-nan ภาษาไต้หวันใช้รหัสว่า zh-min-nan-TW