ผลกระทบในกระบวนการทำมอลต์จากข้าวบาร์เลย์ จะต้องมีการแช่เมล็ดในน้ำเพื่อให้เกิดการงอก เมื่อมีการแช่น้ำนาน ๆ จึงก่อให้เกิดเชื้อจุลินทรีย์ต่าง ๆ ซึ่งเชื้อจุลินทรีย์สามารถเติบโตได้และทำลายคุณภาพของมอลต์ และก่อให้เกิดความเสียหาย[9] เช่น การปนเปื้อนในอาหารส่งผลให้อาหารเป็นพิษ และเป็นสาเหตุให้เกิดโรคเกี่ยวกับระบบทางเดินอาหาร