แม้ผู้ป่วยส่วนใหญ่จะไม่มีปัจจัยเสี่ยงชัดเจนแต่ก็ได้มีการศึกษาพบว่ามีปัจจัยเสี่ยงบางอย่างที่สัมพันธ์กับมะเร็งท่อน้ำดี ในโลกตะวันตกปัจจัยเสี่ยงที่พบมากที่สุดคือการเป็นโรคท่อน้ำดีอักเสบแข็งปฐมภูมิ (primary sclerosing cholangitis - PSC) ซึ่งเป็นโรคท่อน้ำดีอักเสบชนิดหนึ่งที่ทำให้มีการหนาแข็งของท่อน้ำดี โรคนี้มีความสัมพันธ์กับโรคลำไส้ใหญ่อักเสบแบบมีแผล (ulcerative colitis) อีกทีหนึ่ง[12] การศึกษาวิจัยทางระบาดวิทยาแสดงให้เห็นว่าอัตราเสี่ยงตลอดชีวิตของผู้ป่วย PSC ที่จะเป็นมะเร็งท่อน้ำดีอยู่ที่ 10-15%[13] ในขณะที่งานวิจัยชุดที่ได้จากการชันสูตรศพพบว่ามีอัตราสูงถึง 30%[14] ส่วนกลไกที่ทำให้ผู้ป่วย PSC เป็นมะเร็งท่อน้ำดีมากขึ้นนั้นยังไม่ได้รับการอธิบายแน่ชัด

โรคติดเชื้อปรสิตบางชนิดก็เป็นปัจจัยเสี่ยงเช่นกัน เช่นการติดเชื้อพยาธิใบไม้ในตับ Opisthorchis viverrini (พบในประเทศไทย ลาว และมาเลเซีย) หรือ Clonorchis sinensis (พบในญี่ปุ่น เกาหลี และเวียดนาม) ซึ่งพบว่ามีความสัมพันธ์กับการเกิดมะเร็งท่อน้ำดี[15][16][17] ผู้ป่วยโรคตับเรื้อรัง (chronic liver disease) ไม่ว่าจะจากการเป็นโรคตับอักเสบจากไวรัส (เช่น ไวรัสตับอักเสบบีหรือซี) [18][19][20] โรคตับจากแอลกอฮอล์ หรือตับแข็งจากสาเหตุอื่นๆ ต่างเพิ่มความเสี่ยงต่อการเป็นมะเร็งท่อน้ำดี[21][22] งานวิจัยหนึ่งพบว่าการติดเชื้อเอชไอวีก็อาจเป็นปัจจัยเสี่ยงต่อการเป็นมะเร็งท่อน้ำดีเช่นกัน แม้ว่าจะยังไม่ชัดเจนว่าเป็นจากการติดเชื้อเอชไอวีเองหรือปัจจัยอื่นที่เกี่ยวข้อง (เช่น การติดเชื้อไวรัสตับอักเสบซี) ก็ตาม[21]

ความผิดปกติแต่กำเนิดของตับอย่างเช่นโรคแครอไล (Caroli disease) หรือ ถุงน้ำของท่อร่วมน้ำดี (choledochal cyst) มีความสัมพันธ์กับการเพิ่มความเสี่ยงตลอดชีวิตของการเป็นมะเร็งท่อน้ำดีประมาณ 15%[23][24] โรคพันธุกรรมที่พบน้อยอย่างกลุ่มอาการลินช์ชนิดที่ 2 (Lynch syndrome II) และโรคติ่งเนื้อในท่อน้ำดี (biliary papillomatosis) ก็มีความสัมพันธ์กับมะเร็งท่อน้ำดี[25][26] ส่วนการมีนิ่วในถุงน้ำดีนั้นยังไม่ชัดเจนว่าเป็นความเสี่ยงต่อการเกิดมะเร็งท่อน้ำดีหรือไม่ อย่างไรก็ดี โรคนิ่วในตับซึ่งพบน้อยในตะวันตกแต่พบได้บ่อยกว่าในบางส่วนของเอเชียกลับมีความสัมพันธ์กับมะเร็งท่อน้ำดีอย่างมาก[27][28][29] รวมทั้งการรับประทานอาหารหมักดอง เช่น ปลาร้า ปลาเจ่า ปลาจ่อม รวมทั้งปลาส้ม จะมีสาร N-Nitrosocompound และไนโตรซามีน (nitrosamine) ซึ่งเป็นปัจจัยเสี่ยงให้เกิดมะเร็งท่อน้ำดีได้[30] การสัมผัสสารทึบรังสีบางชนิดเช่น thorotrast ซึ่งเป็น thorium dioxide ในรูปแบบหนึ่งนั้นก็มีความสัมพันธ์กับการเป็นมะเร็งท่อน้ำดีที่เวลา 30-40 ปีหลังสัมผัส จึงทำให้ถูกห้ามใช้ในสหรัฐอเมริกาไปแล้วตั้งแต่ทศวรรษปี 1950[31][32]