ความเป็นมาของมะโย่งนั้นคงได้รับการถ่ายทอดวิธีการเล่นจาก แหล่งเดียวกันกับละครรำของไทย ซึ่งสมเด็จกรมพระยาดำรงราชานุภาพ กล่าวว่า “ละครรำไทยมี 3 อย่าง ละครชาตรีหรือมโนห์รา 1 ละครใน 1 ละครนอก 1 ไทยได้รับมาจากอินเดียเช่นเดียวกับพม่า ละครพม่าที่เล่นกันในพื้นเมือง (ปี พ.ศ. 2434) กระบวน การเล่นเป็นอย่างเดียวกับละคร (มโนรา) ชาตรีของไทยเรา คือ ตัวละครมีแต่นายโรง 1 นางตัว 1 จำอวดตัว 1 ตัวละครขับร้องเอง มีลูกคู่และปี่พาทย์รับ” ที่รัฐเกรละทางตอนใต้ของประเทศอินเดียยังมีการแสดงละครเร่อยู่แบบหนึ่งมีชื่อเรียกว่า ยาตรี หรือ ชาตรี ซึ่งเชื่อกันว่าเป็นต้นกำเนิดของโนราและมะโย่ง โดยสำหรับในประเทศไทย เรื่องราวเกี่ยวกับมะโย่ง โดยเชื่อว่าต้นกำเนิดของมะโย่งอยู่ที่ปัตตานี โดยมีข้อสันนิษฐานแตกต่างกันไป ดังนี้

• เชื่อกันว่ามะโย่งเป็นการแสดงที่เกิดจากในเมืองปัตตานี ตั้งแต่สมัยที่ยังเป็นวัฒนธรรมพุทธ-พราหมณ์ เนื่องจากเป็นการแสดงออกของวัฒธรรมความเชื่อดั้งเดิมของชาวปัตตานี โดยไม่มีอิทธิพลภายนอกของอิสลามเข้ามาปะปน ด้วยเหตุนี้จึงมีผู้เชื่อว่ามะโย่งน่าจะมีอายุไม่ต่ำกว่า 800 ปี [6] โดยเกิดขึ้นในปัตตานีก่อน จากนั้นจึงแพร่หลายไปทางกลันตัน ตามตำนานเชื่อกันว่าเป็นระบำในพิธีบูชาข้าว
• พิจารณาจากรูปศัพท์ ซึ่งกล่าวว่า คำว่า มะโย่ง หรือ เมาะโย่ง มาจากคำว่า มัคฮียัง (MAKHIANG) แปลว่า พระแม่โพสพ เนื่องจากพิธิทำขวัญข้าวในนาของชาวมลายูในสมัยโบราณนั้น จะมีหมอผู้ทำพิธีทรงวิญญาณพระแม่โพสพเป็นการแสดงความกตัญญูที่พระแม่โพสพมีเมตตาประทานน้ำนมมาให้เป็นเมล็ดข้าว เพื่อเป็นโภชนาหารของมนุษย์ ตลอดทั้งเพื่อขอความสมบูรณ์พูนสุข ความสวัสดิมงคลให้บังเกิดแก่ชาวบ้านทั้งหลาย ในพิธีจะมีการร้องรำบวงสรวงด้วย ซึ่งในภายหลังได้วิฒนาการมาเป็นละครที่เรียกว่า มะโย่ง หรือ เมาะโย่ง มีการร้องรำและมีดนตรีประกอบ[7]
• เมาะโย่งเป็นการแสดงที่ได้รับอิทธิพลมาจากชวาตั้งแต่ครั้งโบราณแล้วเป็นที่นิยม จนแพร่หลายในหมู่ชาวมลายูในบริเวณสามจังหวัดชายแดนภาคใต้ และได้อธิบายเพิ่มเติมโดยกล่าวถึงที่มาของคำว่ามะโย่ง คำว่า มะ หรือ เมาะ แปลว่า แม่ ส่วน โย่ง หรือโยง เป็นพระนามของเจ้าหญิงพระองค์หนึ่งแห่งชวา จึงชวนให้สันนิษฐานต่อไปได้ว่า เหตุที่เรียกละครประเภทนี้ว่า มะโย่ง อาจเป็นตัวพระ จึงเรียกกันโดยใช้คำว่า มะ หรือ เมาะนำหน้าเครื่องดนตรี นิยมใช้กันอยู่ 3 ชนิด คือ รือบับ จำนวน 1-2 คน กลองแขก 3 หน้า จำนวน 2 ใบ และฆ้องใหญ่เสียงทุ้มแหลมอย่างละใบ มะโย่งบางคณะยังมีเครื่องดนตรีอีก 2 ชิ้น คือ กอเลาะ (กรับ) จำนวน 1 คู่ และจือแระ จำนวน 3-4 อัน (จือแระ ทำด้วยไม้ไผ่ยาวประมาณ 16–18 นิ้วใช้ตี)

อย่างไรก็ตาม การแสดงมะโย่งได้ปรากฏเป็นหลักฐานครั้งแรกในปี พ.ศ. 2155 ความว่า “เมื่อปี 2155 ชาวยุโรปคนหนึ่งชื่อ ปีเตอร์ ฟลอเรส ได้รับเชิญจากนางพญาตานี หรือเจ้าเมืองปัตตานีสมัยนั้นให้ไปร่วมเป็น เกียรติในงานเลี้ยงต้อนรับสุลต่านรัฐปาหัง งานดังกล่าวปีเตอร์เล่าว่า มีการละเล่นอย่างหนึ่ง ลักษณะการแสดงคล้ายนาฏศิลป์ชวา ผู้แสดงแต่งกายแปลกน่าดูมาก ศิลปะดังกล่าวคงหมายถึงมะโย่ง ซึ่งส่วนใหญ่จัดแสดงในงานเพื่อให้อาคันตุกะ ได้ชม”[8]

มะโย่งเข้าไปเล่นในกรุงเทพฯ ตั้งแต่รัชสมัยพระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว มีอยู่โรงหนึ่งแสดงดีเป็นที่นิยมของผู้ดู เรียกกันว่า ละครตาเสือ ตัวตาเสือเป็นนายโรง เล่นตามแบบละครมายง แต่งตัวเป็นมลายู ร้องเป็นภาษามลายู แต่เจรจาเป็นภาษาไทย ชอบเล่นเรื่องอิเหนาใหญ่ ละครตาเสือเล่นมาจนถึงรัชสมัยของพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว[9]