ยุคหลังได้รับเอกราชถึงปัจจุบัน ของ มัสยิดชญานวาปี

ในเดือนมีนาคม 1959 ฮินดูมหาสภาได้จัดพิธีรุทราภิเษก (Rudrabhishek) ที่ศาลาในมัสยิดเนื่องในโอกาสเทศกาลมหาศิวราตรี ผู้จัดงานสองคนถูกตัดสินจำคุกหกเดือนในโทษฐานละเมิดความเป็นระเบียบเรียบร้อย การตัดสินนี้ทำให้บรรดาผู้สนับสนุนมหาสภาจัดพิธีกรรมฮินดูและประท้วงขึ้นในศาลาหลังเดียวกันนั้นเป็นเวลาหลายเดือน และเรียกร้องให้มีการฟื้นฟูโบสถ์พราหมณ์หลังเดิมขึ้น[22]

ปัจจุบัน มัสยิดมีคำสั่งห้ามคนที่ไม่ใช่มุสลิมเข้าโดยเด็ดขาด รวมถึงมีกฎห้ามการถ่ายภาพมัสยิดโดยเด็ดขาด ซอยที่มัสยิดตั้งอยู่มีตำรวจและหน่วย RAF ประจำอยู่ กำแพงภายนอกของมัสยิดล้อมด้วยลวดหนาม และมีหอคอยสังเกตการณ์อีกหนึ่งหอ[14][23] ในช่วงวันก่อนการเลือกตั้งทั่วไปปี 2004 มีรายงานของบีบีซีระบุว่ารัฐได้ส่งกำลังตำรวจกว่าพันคนควบคุมพื้นที่รอบมัสยิด[24]