ในเดือนกันยายน ค.ศ. 1669 จักรพรรดิออรังเซพมีดำริให้ทุบทำลายโบสถ์ทิ้ง[7] และสร้างมัสยิดขึ้นแทนที่ในภายหลัง ซึ่งคำสั่งสร้างมัสยิดขึ้นแทนน่าจะเป็นดำริของออรังเซพเองเช่นกัน[8][9][lower-alpha 2] ฟาซาดของมัสยิดถอดแบบมาจากทางเข้าทัชมาฮาล ส่วนฐานย่อมุมของโบสถ์พราหมณ์หลังเดิมยังคงเหลือไว้เพื่อใช้เป็นลานและผนังทิศใต้ของมัสยิด ส่วนซุ้มโค้งแหลม งานประติมากรรมสลักภายนอก และซุ้มโตรณะ ถูกเปลี่ยนเป็นผนังกิบลัต[1][12][13][14] ในขณะที่สิ่งปลูกสร้างอื่น ๆ ในบริเวณ ไม่ได้ถูกทำลายไปด้วย[12]

ข้อมูลมุขปาฐะเสนอว่านักบวชพราหมณ์ยังคงได้รับอนุญาตให้อาศัยอยู่ภายในพื้นที่ของมัสยิดหลังใหม่ และยังคงมีสิทธิในการจัดการจาริกแสวงบุญของศาสนิกชนฮินดูได้[12] ซากที่เหลือของโบสถ์พราหมณ์ โดยเฉพาะฐานย่อมุม ยังคงได้รับอนุญาตให้ศาสนิกชนฮินดูเข้ามาสักการะ[15] มัสยิดหลังใหม่นี้มีชื่อว่ามัสยิดอาลัมคีรี (Alamgiri Mosque) ซึ่งตั้งตามชื่อของจักรพรรดิออรังเซพ[16] ต่อมาชื่อนี้ลดความนิยมลง กลายเป็นชื่อ ชญานวาปี (แปลว่า "บ่อน้ำความรู้") ซึ่งเป็นชื่อของแหล่งน้ำศักดิ์สิทธิ์ที่ตั้งอยู่ติดกันแทน[3] แหล่งน้ำนี้มีความเก่าแก่กว่าโบสถ์พราหมณ์ และเชื่อว่ามีพระศิวะเป็นผู้ทรงขุดแหล่งน้ำนี้ขึ้นมาเอง[17][lower-alpha 3]

แรงจูงใจที่นำไปสู่การทำลายโบสถ์พราหมณ์ของออรังเซพนั้นเป็นประเด็นที่ถกเถียงอยู่ คัทเธอรีน อัชเชอร์ (Catherine Asher) นักประวัติศาสตร์ด้านสถาปัตยกรรมอินโดอิสลาม ชี้ให้เห็นว่าในเวลานั้น ทั้งบรรดาซามินดาร์ในพาราณสีมักก่อกบฏต่อจักรพรรดิออรังเซพ และบรรดาพราหมณ์ในพาราณสีก็ถูกกล่าวโทษว่าไปแก้ไขและยุ่งเกี่ยวกับคำสอนของศาสนาอิสลามในพื้นที่[1] การสั่งทำลายโบสถ์พราหมณ์นี้จึงเป็นเหมือน "การเชือดไก่ให้ลิงดู" ของออรังเซพเพื่อเตือนทั้งบรรดาซามินดาร์และพราหมณ์ในพาราณสีที่มีอิทธิพลมากในเมือง[1] ข้อเสนอนี้ได้รับการสนับสนุนโดยซินเธีย ทาลโบท (Cynthia Talbot), ริเชิร์ด เอ็ม อีเทิน,[18] สาติษ จันทระ และ ออเดรย์ ทรูสชกี[19] โอแฮนลอน (O' Hanlon) ยังเน้นย้ำว่าการทำลายโบสถ์พราหมณ์นี้เกิดขึ้นในช่วงที่ความขัดแย้งระหว่างโมกุลกับชาวมราฐาอยู่ที่จุดสูงสุด[20] ในขณะที่ อังเดร วิงก์ เชื่อว่ามีแรงจูงใจทางศาสนาเกี่ยวข้องด้วย[21]