ถึงส่วนใหญ่จะพูดกันว่า มาการงเป็นขนมสัญชาติฝรั่งเศส ก็ยังมีข้อถกเถียงกันมากมาย สารานุกรมอาหารการกินชื่อลารุสกัสทรอนอมิก (Larousse Gastronomique) ระบุว่า มาการงนั้นมีมาตั้งแต่ปี ค.ศ. 1791 ในคอนแวนต์แห่งหนึ่งใกล้กับเมืองกอร์เมอรี จังหวัดแอ็งเดรลัวร์ บ้างก็สืบค้นประวัติศาสตร์ชาติฝรั่งเศสย้อนกลับไปเมื่อปี ค.ศ. 1533 สมัยที่กาเตรีนา เด เมดีชี อภิเษกสมรสกับพระเจ้าอ็องรีที่ 2 แห่งฝรั่งเศส นางได้นำเชฟทำขนมชาวอิตาลีกลับมาด้วย[7] ในปี ค.ศ. 1792 ช่วงการปฏิวัติฝรั่งเศส มีแม่ชีนิกายคาทอลิกสองท่านซึ่งหลบภัยไปอยู่ที่เมืองน็องซี ได้อบขนมคุกกี้มาการงขายเพื่อจะนำเงินมาจ่ายค่าบ้าน ทำให้มาการงเป็นที่รู้จักโดยทั่ว มีคนตั้งชื่อให้ท่านทั้งสองว่า "ซิสเตอร์มาการง" ซึ่งในช่วงแรกนั้น มาการงจะเป็นขนมเปล่า ๆ ไม่มีรสหรือไส้อะไรที่พิเศษ[8]

จนกระทั่งในคริสต์ทศวรรษ 1830 เริ่มมีการเสิร์ฟมาการงเป็นคู่ ๆ พร้อมกับแยม เหล้า และเครื่องเทศต่าง ๆ แต่มาการงในทุกวันนี้ประกอบไปด้วยเมอแร็งก์แอลมอนด์สองชิ้นประกบกันสอดไส้ตรงกลาง ไส้ที่ว่านี้อาจจะเป็นครีมเนยที่ใช้แต่งหน้าเค้ก (บัตเตอร์ครีม) แยม หรือกานัช ซึ่งแต่เดิมเรียกว่า "แฌร์แบ" หรือ "มาการงปารีส" มีการกล่าวอ้างว่า เมื่อต้นยุคศตวรรษที่ 20 เชฟปีแยร์ เดฟงแตนแห่งร้านขนมฝรั่งเศสลาดูว์เร (Ladurée) เป็นผู้คิดค้นสูตรนี้ขึ้นมา แต่นักทำขนมอีกคนหนึ่งคือ โกลด แฌร์แบ ก็อ้างว่าสูตรนี้เป็นผลงานของเขาเช่นกัน[9][10][11]