ในเดือนตุลาคม 2549 มูลนิธิแยกออกเป็นนิติบุคคล 2 บุคคล คือ ทรัสต์มูลนิธิบิลและเมลินดาเกตส์ (Bill & Melinda Gates Foundation Trust) ซึ่งบริหารจัดการกองทุนของมูลนิธิ และตัวมูลนิธิเอง ซึ่ง "ดำเนินการและบริจาคทุนทั้งหมด"[135][136]ซึ่งเป็นเวลาที่มูลนิธิประกาศด้วยว่า จะแจกจ่ายกองทุนที่มีทั้งหมดภายใน 20 ปีหลังจากการถึงแก่กรรมของบิลและเมลินดา[136][137][138][139][140]ซึ่งก็จะเป็นการปิดนิติบุคคลทั้ง 2 โดยปริยายโดยย้ำด้วยว่าวอร์เรน บัฟเฟตต์ "ได้ตั้งเงื่อนไขไว้ว่า รายได้จากหุ้นของ Berkshire Hathaway ที่เขายังเป็นเจ้าของต้องใช้ทำกุศลภายใน 10 ปีหลังจากที่ทรัพย์สมบัติของเขาได้แจกจ่าย (หลังจากเสียชีวิต) เรียบร้อยแล้ว"[136]

นี่เป็นแผนงานที่ต่างจากมูลนิธิขนาดใหญ่อื่น ๆ ที่ไม่กำหนดที่สิ้นสุดขององค์กรโดยมีจุดมุ่งหมายเพื่อลดค่าใช้จ่ายในการบริหารมูลนิธิเทียบกับทรัพย์สินที่ได้รับบริจาค และเพื่อให้แน่ใจว่า องค์กรจะไม่ตกอยู่ในสถานการณ์ที่ค่าใช้จ่ายโดยมากจะเป็นเพื่อการบริหาร รวมทั้งเงินเดือนของเจ้าพนักงาน แล้วใช้เงินเพียงแค่นิดหน่อยเพื่อการกุศล[138]