ในช่วงปลายสมัยนะระ เกิดโรคระบาดภาวะข้าวยากหมากแพง ตามความเชื่อของชาวญี่ปุ่นในสมัยคลาสสิกว่าการย้ายที่อยู่เพื่อหลีบหนีวิญญาณชั่วร้ายจะช่วยให้รอดพ้นจากภัยพิบัติต่างๆ ในค.ศ. 784 พระจักรพรรดิคัมมุ (桓武, Kammu) ทรงย้ายราชสำนักจากเฮโจวเกียวไปยังนะงะโอะกะ-เคียว (長岡京, Nagaoka-kyō) แต่ก็เกิดเหตุการณ์นองเลือดในราชสำนักอีกพระจักรพรรดิคัมมุทรงเกรงกลัววิญญาณอาฆาตของพระอนุชาของพระองค์ จึงทรงย้ายราชสำนักมายังเฮอัง-เกียว (平安京, Heian-kyō) ที่เมืองเคียวโตะในปัจจุบัน ในค.ศ. 794 การย้ายเมืองหลวงในครั้งนี้เป็นเพียงการย้ายสถานที่เท่านั้น ระบอบการปกครองที่มีต้นแบบมาจากราชวงศ์ถังตั้งแต่ปลายสมัยอะสุกะและอิทธิพลของตระกูลฟุจิวะระก็ยังติดตามมาเช่นเดิม ในสมัยเฮอังตระกูลฟุจิวะระมีอำนาจในฐานะเป็นตระกูลเดียวที่พระจักรพรรดิจะอภิเษกพระจักรพรรดินี และเป็นผู้สำเร็จราชการแทนสำหรับพระจักรพรรดิที่ทรงพระเยาว์ เรียกว่า เซ็สโช (摂政, Sesshō) หรือเป็นที่ปรึกษาคนสำคัญของพระจักรพรรดิ เรียกว่า คัมปะกุ (関白, Kampaku) อำนาจในการปกครองตกอยู่แก่เซ็สโชโดยพระจักรพรรดิที่ทรงพระเยาว์นั้นเป็นเพียงหุ่นเชิด ในสมัยเฮอังสตรีสูญเสียบทบาทและอำนาจในการปกครอง[1] เนื่องจากอิทธิพลแนวความคิดตามแบบลัทธิขงจื้อจากจีนที่เน้นความสำคัญของบุรุษ จะเห็นได้จากการที่ในสมัยเฮอังและในสมัยต่อมาไม่มีพระจักรพรรดินีที่เป็นสตรีปกครองประเทศอีกเลยเป็นเวลานาน สตรีถูกแบ่งแยกจากบุรุษและถูกกีดกัดเข้าสู่ฝ่ายใน แต่กระนั้นสตรีในราชสำนักเฮอังก็ได้กลับขึ้นมามีอำนาจในฐานะ โคไทโง (皇太后, kōtaigō) หรือพระพันปี

ในค.ศ. 833 พระจักรพรรดิจุนนะ (淳和, Junna) ทรงสละราชสมบัติให้แก่พระโอรสบุญธรรมขึ้นครองราชสมบัติเป็นพระจักรพรรดินินเมียว (仁明, Ninmyō) โดยแต่งตั้งให้พระโอรสของพระจักรพรรดิจุนนะคือองค์ชายซึเนะซะดะ (恒貞, Tsunesada) เป็นองค์ชายรัชทายาทรอคอยการสืบราชสมบัติ แต่อุไดจินฟุจิวะระ โยะชิฟุสะ (藤原 良房, Fujiwara no Yoshifusa) เข้าทำการยึดอำนาจปลดองค์ชายซึเนะซะดะจากตำแหน่งองค์ชายรัชทายาท และตั้งองค์ชายมิฉิยะสุ (道康, Michiyasu) ซึ่งเป็นพระโอรสของพระจักรพรรดินินเมียวและพระจักรพรรดินีฟุจิวะระที่เป็นน้องสาวของโยะชิฟุสะ หรือก็คือหลานของโยะชิฟุสะนั่นเอง เป็นองค์ชายรัชทายาทแทน เรียกว่า"เหตุการณ์ปีโจวะ" เป็นเหตุการณ์ที่นำฟุจิวะระโยะชิฟุสะสู่อำนาจและเป็นจุดเริ่มต้นของการเข้าครอบงำราชสำนักของตระกูลฟุจิวะระ องค์ชายมิฉิยะสุขึ้นครองราชย์เป็นพระจักรพรรดิมงโตกุ (文徳, Montoku) และในค.ศ. 858 พระจักรพรรดิมงโตกุสวรรคตในราชสมบัติ พระโอรสพระจักรพรรดิเซวะ (清和, Seiwa) ขึ้นครองราชสมบัติด้วยพระชนมายุเพียงเก้าชันษา ฟุจิวะระ โยะชิฟุสะจึงขึ้นเป็นเซ็สโชคนแรกในประวัติศาสตร์ญี่ปุ่น

พระจักรพรรดิอุดะ (宇多, Uda) ทรงเป็นจักรพรรดิพระองค์เดียวที่พระมารดาไม่ได้มาจากตระกูลฟุจิวะระ พระจักรพรรดิอุดะทรงสละราชสมบัติในค.ศ. 897 มอบราชสมบัติแก่พระโอรสคือพระจักรพรรดิไดโงะ (醍醐, Daigo) โดยให้ฟุจิวะระ โทะกิฮิระ (藤原 時平, Fujiwara Tokihira) และสุงะวะระ มิฉิซะเนะ (菅原 道真, Sugawara Michizane) คอยช่วยเหลือพระจักรพรรดิที่ทรงพระเยาว์ แต่ฟุจิวะระ โทะกิฮิระ เมื่อได้เป็นเซ็สโชแล้วก็ได้ใส่ร้ายป้ายสีซุงะวะระ มิฉิซะเนะคู่แข่งทางการเมืองของตน จนซุงะวะระถูกเนรเทศและเสียชีวิตในค.ศ. 903 ทันใดนั้นที่เมืองเฮอังก็เกิดภัยภิบัติต่างๆ พระโอรสของพระจักรพรรดิไดโงะรวมทั้งโทะกิฮิระต่างเสียชีวิตจากโรตระบาด จนพระจักรพรรดิไดโงะทรงต้องขอขมาต่อวิญญาณของสุงะวะระ ทำลายเอกสารบันทึกเกี่ยวกับความผิดของสุงะวะระ และยกย่องให้สุงะวะระเป็นเทพแห่งนักปราชญ์ตามศาสนาชินโต