ในยุคเฮอังพุทธศาสนานิกายวัชรยานจากจีนราชวงศ์ถังเผยแพร่เข้ามาสู่ประเทศญี่ปุ่น แต่เดิมพุทธศาสนาในญี่ปุ่นถูกปกครองโดยพุทธศาสนาหกสำนักแห่งเมืองนาระ (Six schools of Nara) ซึ่งเน้นการคิดวิเคราะห์และศึกษาพระธรรมมากกว่าการปฏิบัติ คณะสงฆ์เมืองนาระมีอำนาจมากทั้งในทางศาสนาและทางโลก ทำให้พระจักรพรรดิคัมมูมีพระประสงค์จะหลีกเลี่ยงอิทธิพลของคณะสงฆ์เมืองนาระ ราชสำนักญี่ปุ่นในยุคเฮอังจึงให้การสนับสนุนแก่พุทธศาสนานิกายวัชรยานใหม่ซึ่งมาจากประเทศจีนเพื่อคานอำนาจกันกับคณะสงฆ์เมืองนาระ ประกอบด้วยนิกายชิงงน (ญี่ปุ่น: 真言 โรมาจิ: Shingon) และนิกายเทงได (ญี่ปุ่น: 天台 โรมาจิ: Tendai) นิกายวัชรยานซึ่งเน้นเรื่องพิธีกรรมการบูชาทำให้เกิดการผสมผสานระหว่างพุทธศาสนาและศาสนาชินโตหรือความเชื่อดั้งเดิมของชาวญี่ปุ่น เรียกว่า ชิมบูตสึ-ชูโง (ญี่ปุ่น: 神仏習合 โรมาจิ: Shinbutsu-shūgō)

นิกายเทงไดและนิกายชิงงน

หอคมปงชูโด (Konpon-chūdō, 根本中堂) ของวัดเองเรียกุบนเขาฮิเอ ซึ่งเป็นศูนย์กลางของพุทธศาสนาญี่ปุ่นนิกายเทงได

ในค.ศ. 804 พระภิกษุญี่ปุ่นสองรูปได้แก่ พระภิกษุไซโช (ญี่ปุ่น: 最澄 โรมาจิ: Saichō) และพระภิกษูคูไก (ญี่ปุ่น: 空海 โรมาจิ: Kūkai) ลงเรือไปกับคณะทูตเดินทางไปยังประเทศจีนยุคราชวงศ์ถังเพื่อศึกษาพุทธศาสนา ภิกษุไซโชเดินทางไปศึกษาที่เขาเทียนไถในขณะที่ภิกษุคูไกเดินทางไปศึกษาพุทธศาสนาวัชรยานที่เมืองฉางอัน บนเขาเทียนไถพระภิกษุไซโชศึกษาพุทธศาสนานิกายมหายานเทียนไถซึ่งให้ความสำคัญแก่การศึกษาสัทธรรมปุณฑริกสูตร (Lotus Sutra) เป็นสำคัญ ในขณะที่ภิกษุคูไกศึกษาหลักการของพุทธศาสนาวัชรยานตันตระ หรือพุทธศาสนาคุยหยาน (Esoteric Buddhism) ในแบบราชวงศ์ถังเรียกว่าถังมี่ (จีน: 唐密; พินอิน: Tángmì) หรือภาษาญี่ปุ่นเรียกว่า มิกเกียว (ญี่ปุ่น: 密教 โรมาจิ: Mikkyō) ซึ่งเน้นในเรื่องการปฏิบัติและพิธีกรรมเพื่อการบรรลุโพธิจิต หลักการปฏิบัติและพิธีกรรมของวัชรยานนั้นเป็นความลับไม่เปิดเผยแก่คนทั่วไป พระสงฆ์ผู้ซึ่งได้รับการ "อภิเษก" เข้าสู่พุทธศาสนาวัชรยานแล้วเท่านั้นจึงสามารถเข้าถึงหลักคำสอนของวัชรยานได้ ภิกษุคูไกเล่าเรียนกับภิกษุชาวจีนและได้รับการอภิเษกเข้าสู่พิธีกรรมของวัชรยาน เช่นเดียวกับพระภิกษุไซโชซึ่งนอกจากศึกษานิกายเทียนไถแล้วยังได้เรียนรู้พุทธศาสนาวัชรยานจากประเทศจีนอีกด้วย

พิธีโคมะ (Goma) หรือพิธีบูชาไฟ มาจากพิธีโหมกรรมของอินเดีย เป็นพิธีที่สำคัญของนิกายชิงงน เพื่อบูชาวิทยาราชอจละ (Acala) ผู้มีบทบาทในการทำลายสิ่งชั่วร้าย

ภิกษุไซโชศึกษาพุทธศาสนาที่จีนเป็นเวลาประมาณหนึ่งปีจึงเดินทางกลับญี่ปุ่นในค.ศ. 805 และก่อตั้งนิกายเท็งไดขึ้น ในค.ศ. 806 พระจักรพรรดิคัมมูพระราชทานภูเขาฮิเอ (ญี่ปุ่น: 比叡山 โรมาจิ: Hiei-zan) ทางทิศตะวันออกเฉียงเหนือของนครหลวงเฮอังเกียวให้เป็นศูนย์กลางของพุทธศาสนานิกายเท็งไดนำไปสู่การก่อตั้งวัดเองเรียกุ (ญี่ปุ่น: 延暦寺 โรมาจิ: Enryaku-ji) ชาวญี่ปุ่นในยุคเฮอังเชื่อว่าทิศอีสานเป็นทิศอัปมงคลการตั้งวัดใหญ่ทางทิศนั้นจะเป็นการป้องกันสิ่งชั่วร้ายและปีศาจต่างๆไม่ให้เข้ามากล้ำกรายนครเฮอังเกียวได้ นิกายเทงไดของญี่ปุ่นมีความแตกต่างจากนิกายเทียนไถของจีน นิกายเทียนไถของจีนเน้นเรื่องการศึกษาสัทธรรมปุณฑริกสูตร แต่นิกายเทงไดมีพิธีกรรมเกี่ยวกับวัชรยานร่วมด้วย ราชสำนักญี่ปุ่นในต้นยุคเฮอังให้การสนับสนุนแก่นิกายเทงได ภิกษุไซโชปฏิรูปพระธรรมวินัยของคณะสงฆ์ในญี่ปุ่นใหม่ แต่เดิมนั้นพระสงฆ์ญี่ปุ่นรับศีลปาติโมกข์ในการอุปสมบทตามรูปแบบของเมืองนาระ พระภิกษุไซโชมีความเห็นว่าศีลปาติโมกข์นั้นเป็นของหีนยานและไม่ใช่มหายานที่แท้จริง พระสงฆ์ในสำนักของไซโชนั้นจึงรับศีลของพระโพธิสัตว์ (Bodhisattva precepts) ในการอุปสมบท ซึ่งการรับศีลของพระโพธิสัตว์แทนการรับศีลปาติโมกข์นั้นจะเป็นแบบอย่างให้แก่พุทธศาสนาญี่ปุ่นนิกายอื่นในอนาคต และเป็นเหตุให้พระสงฆ์ญี่ปุ่นบางนิกายสามารถมีครอบครัวได้

"ครรภธาตุมัณฑละ" เมื่อประกอบกับ "วัชรธาตุมัณฑละ" รวมกันเป็นทวิภพมัณฑละ (Mandala of Two Realms) เป็นมัณฑละที่สำคัญที่สุดในนิกายชิงงน มัณฑละเป็นเครื่องประกอบการเพิ่งจิตเข้าไปในรูปของพระโพธิสัตว์เพื่อการเข้าถึงโพธิจิต

พระภิกษุคูไกเดินทางกลับจากประเทศจีนในค.ศ. 806 ก่อตั้งนิกายชิงงนเป็นนิกายวัชรยานของญี่ปุ่น นิกายชิงงนต้องเผชิญกับการแข่งขันกับนิกายเทงไดซึ่งได้รับการสนับสนุนจากราชสำนักญี่ปุ่น พระภิกษุไซโชต้องการเรียนรู้หลักของพุทธศาสนาวัชรยานจึงแสวงหาความรู้จากพระภิกษุคูไก พระภิกษุคูไกทำพิธีอภิเษกให้แก่พระภิกษุไซโชแต่กระทำพิธีไม่ครบถ้วนและภิกษุคูไกปิดบังความรู้บางส่วนจากพระภิกษุไซโช ทำให้เกิดความขัดแย้งระหว่างภิกษุไซโชและภิกษุคูไก เมื่อพระจักรพรรดิซางะประชวรพระภิกษุคูไกมีโอกาสได้ทำพิธีทางวัชรยานเพื่อรักษาอาการประชวรของพระจักรพรรดิซางะ ทำให้พระจักรพรรดิซางะทรงโปรดพระภิกษุคูไกอย่างมากและพระราชทานภูเขาโคยะ (ญี่ปุ่น: 高野山 โรมาจิ: Kōyasan) บนเทือกเขาคีอิให้เป็นศูนย์กลางของนิกายชิงงนในค.ศ. 816 นิกายชิงงนมีหลักคำสอนมาจากพระสูตรในนิกายตันตระต่างๆจากอินเดีย เน้นเรื่องการสวด "มนตรา" และการเพิ่งจิตไปที่ "มัณฑละ" เพื่อการบรรลุโพธิจิตและบูชาพระโพธิสัตว์และเทพต่างๆโดยเฉพาะพระไวโรจนพุทธะ มีการใช้อักษรสิทธัมในการจารมันฑละ นิกายชิงงนบูชาพระพุทธเจ้าและพระโพธิสัตว์ต่างๆ รวมทั้งบูชาวิทยาราชท้าวจตุโลกบาลและเทพเจ้าในศาสนาพราหมณ์เช่นพระอินทร์หรือไทชากูเท็ง (ญี่ปุ่น: 帝釈天 โรมาจิ: Taishaku-ten)

อย่างไรก็ตามในช่วงปลายยุคเฮอังวัตรปฏิบัติของพระสงฆ์ในญี่ปุ่นเสื่อมลง นำไปสู่ความขัดแย้งทางการเมืองระหว่างพุทธศาสนานิกายต่างๆในญี่ปุ่น พุทธศาสนานิกายต่างๆทั้งในเมืองเฮอังเกียวและเมืองนาระต่างสะสมกองกำลังไว้เพื่อสร้างฐานอำนาจและเพื่อป้องกันตนเองจากการคุกคามจากสำนักอื่น นำไปสู่การกำเนิดของพระสงฆ์นักรบหรือโซเฮ (ญี่ปุ่น: 僧兵 โรมาจิ: Sōhei) โดยเฉพาะกองกำลังโซเฮของวัดเองเรียกุบนเขาฮิเอและวัดมิอิ (ญี่ปุ่น: 三井寺 โรมาจิ: Mii-dera) ได้ชื่อว่าเป็นกองกำลังที่เข้มแข็ง ไทระ โนะ คิโยโมริ เข้าต่อสู้กับกองทัพโซเฮของเขาฮิเอแต่ต่อมาได้รับความช่วยเหลือจากกองกำลังกองเขาฮิเอในสงครามเก็มเป ความเสื่อมของพุทธศาสนาในปลายยุคเฮอังนำไปสู่การแยกตัวและการกำเนิดพุทธศาสนานิกายใหม่ๆได้แก่นิกายโจโด หรือนิกายแดนบริสุทธิ์สุขาวดี และนิกายเซ็น

ศาสนาชูเกนโด

ศาสนาชูเกนโด (ญี่ปุ่น: 修験道 โรมาจิ: Shugendō) เกิดขึ้นจากการผสมผสานระหว่างการปฏิบัติฝึกตนของพุทธศาสนา พิธีกรรมของวัชรยาน และความเชื่อของศาสนาชินโต ศาสนาชูเกนโดเกิดขึ้นจากเอง โนะ เกียวจะ (ญี่ปุ่น: 役行者 โรมาจิ: En no Gyōja) นักบวชในยุคนาระผู้ริเริ่มการธุดงค์เป็นฤๅษีบำเพ็ญเพียรตามป่าเขาเพื่อฝึกจิตแสวงหาทางหลุดพ้นพร้อมทั้งบูชาเทพเจ้าในศาสนาชินโตไปด้วยกัน ต่อมาในยุคเฮอังลัทธิชูเกนโดรับพิธีกรรมของพุทธศาสนาวัชรยานไปประกอบด้วย นักบวชในศาสนาชูเกนโดซึ่งอาศัยอยู่ตามป่าเขาเรียกว่า ชูเกงจะ (ญี่ปุ่น: 修験者 โรมาจิ: Shugenja) หรือ ยามาบูชิ (ญี่ปุ่น: 山伏 โรมาจิ: Yamabushi) ศาสนาชูเกงโดมีต้นกำเนิดและมีศูนย์กลางอยู่ที่ภูเขาโยชินะ (Yoshino จังหวัดนาระในปัจจุบัน) ซึ่งต่อมาเผยแพร่ไปยังภูเขาแห่งอื่นๆในประเทศญี่ปุ่น

ลัทธิอมเมียว

อาเบะ โนะ เซเม (Abe no Seimei) นักพรตในลัทธิอมเมียวผู้มีชื่อเสียงในยุคเฮอัง

ลัทธิอมเมียว หรือ อมเมียวโด (ญี่ปุ่น: 陰陽道 โรมาจิ: Onmyōdō) แปลว่า "วิถีทางแห่งหยินและหยาง" หรือลัทธิหยินหยาง เป็นการนำปรัชญาของลัทธิเต๋ามาผสมรวมกับความเชื่อดั้งเดิมของญี่ปุ่นในศาสนาชินโต ลัทธิอมเมียวเกี่ยวข้องกับโชคลางและโหราศาสตร์การพยากรณ์อนาคต ในยุคเฮอังชนชั้นสูงและราชสำนักญี่ปุ่นมีความเชื่อเกี่ยวกับความโชคดีและความโชคร้าย มีการจ้างนักพรตในลัทธิอมเมียวเพื่อคอยดูแลโชคชะตาของขุนนางและปัดเป่าสิ่งชั่วร้ายปราบภูตผีปีศาจต่างๆ นักพรตที่รับราชการในราชสำนักญี่ปุ่นเรียกว่าอมเมียวจิ (ญี่ปุ่น: 陰陽師 โรมาจิ: Onmyōji) ซึ่งมีหน้าที่คอยปัดเป่าสิ่งชั่วร้ายให้ออกไปจากบ้านเมืองรวมทั้งแปลความหมายของลางบอกเหตุธรรมชาติพยากรณ์เหตุการณ์สำคัญต่างๆ นักพรตอมเมียวจิที่มีชื่อเสียงในยุคเฮอังได้แก่อาเบะ โนะ เซเม (ญี่ปุ่น: 安倍 晴明 โรมาจิ: Abe no Seimei)