รถไฟฟ้าชานเมืองสายสีแดงอ่อน มีแนวเส้นทางในแนวตะวันตก-ตะวันออกของกรุงเทพมหานครและพื้นที่ต่อเนื่อง ตลอดจนจังหวัดบริวารใกล้เคียง มีจุดเริ่มต้นของทั้งโครงการที่สถานีกลางบางซื่อ ซึ่งเป็นจุดเชื่อมต่อของรถไฟฟ้ามหานคร สายเฉลิมรัชมงคล

ในแนวตะวันตก เส้นทางจะเริ่มจากสถานีกลางบางซื่อวิ่งขึ้นไปทางเหนือตามแนวทางรถไฟสายใต้ แล้วเลี้ยวซ้ายวิ่งเลียบทางพิเศษศรีรัช เชื่อมต่อกับ รถไฟฟ้ามหานคร สายฉลองรัชธรรม ที่สถานีบางซ่อน จากนั้นวิ่งข้ามแม่น้ำเจ้าพระยาในแนวขนานกับสะพานพระราม 7 ไปจนถึงสถานีตลิ่งชัน แนวเส้นทางจะแบ่งออกเป็นสองส่วน คือส่วนตลิ่งชัน - ศาลายา รถไฟฟ้าจะวิ่งตามแนวทางรถไฟสายใต้ไปจนสิ้นสุดโครงการที่สถานีรถไฟนครปฐม อำเภอเมืองนครปฐม จังหวัดนครปฐม และส่วนตลิ่งชัน - ศิริราช รถไฟฟ้าจะวิ่งไปตามแนวทางรถไฟสายตลิ่งชัน เชื่อมต่อกับรถไฟฟ้ามหานคร สายสีส้ม และรถไฟฟ้ามหานคร สายเฉลิมรัชมงคล ที่สถานีบางขุนนนท์ แล้ววิ่งต่อตามแนวรถไฟฟ้ามหานคร สายสีส้ม เพื่อสิ้นสุดเส้นทางทั้งโครงการที่สถานีศิริราช บริเวณโรงพยาบาลศิริราช

ในแนวตะวันออก เส้นทางจะเริ่มจากสถานีกลางบางซื่อวิ่งลงไปทางทิศใต้ตามแนวทางรถไฟสายเหนือ แล้วลดระดับลงเป็นรถไฟฟ้าใต้ดิน จากนั้นเลี้ยวซ้ายวิ่งตามแนวรถไฟความเร็วสูงเชื่อม 3 สนามบิน รถไฟฟ้าเชื่อมท่าอากาศยานสุวรรณภูมิ และทางรถไฟสายตะวันออก เชื่อมต่อกับ รถไฟฟ้าบีทีเอส สายสุขุมวิท ที่สถานีพญาไท เชื่อมต่อกับ รถไฟฟ้ามหานคร สายเฉลิมรัชมงคลอีกครั้ง ที่สถานีมักกะสัน เชื่อมต่อกับ รถไฟฟ้าสายสีเทา ที่สถานีศูนย์วิจัย เชื่อมต่อกับ รถไฟฟ้าสายสีเหลือง ที่สถานีหัวหมาก สามารถเปลี่ยนทางไปรถไฟฟ้าเชื่อมท่าอากาศยานสุวรรณภูมิเพื่อเข้าท่าอากาศยานสุวรรณภูมิ ได้ที่สถานีพญาไท สถานีมักกะสัน สถานีหัวหมาก สถานีบ้านทับช้าง และสถานีลาดกระบัง จากนั้นแนวเส้นทางจะวิ่งต่อไปตามแนวทางรถไฟสายตะวันออกไปสิ้นสุดทั้งโครงการที่สถานีรถไฟชุมทางฉะเชิงเทรา อำเภอเมืองฉะเชิงเทรา จังหวัดฉะเชิงเทรา