การใช้อักษรไทยเขียนภาษาบาลีในปัจจุบันจะพบเห็นได้สองแบบ

1. การเขียนแบบดั้งเดิม พบเห็นได้ในพระไตรปิฎกหรือในที่ที่ต้องการเขียนอย่างเป็นทางการ วิธีการอ่านเหมือนอ่านภาษาไทยปกติแต่มีหลักเพิ่มเติมดังนี้
   • พยัญชนะที่ไม่มีสระ อ่านเสมือนมีสระอะ ประสมอยู่ เช่น เทว อ่านว่า เท-วะ
   • พยัญชนะที่มี พินทุ ข้างใต้ ถือเป็นตัวสะกด หรือเสียงกล้ำ เช่น พฺรหฺม อ่านว่า พระ-ห์มะ (อักษรโรมัน คือ bra-hma), วณฺณ อ่าน วัณ-ณะ, เทฺว อ่าน ทะเว (ออกเสียง ท ไม่เต็มเสียง ให้ควบ ท+ว)
   • พยัญชนะที่มีนิคหิตอยู่ข้างบน ออกเสียงนาสิก หรือเหมือนสะกดด้วย "ง" เช่น อรหํ อ่านว่า อะ-ระ-หัง, กิํ (สระอิ + นิคหิต ไม่ใช่สระอึ) อ่านว่า กิง
   • สระเอ ที่สะกดด้วย ย ให้ออกเสียงคล้ายสระไอ ไม่ใช่สระเอย เช่น อาหุเนยฺโย อ่าน อา-หุ-ไน-โย (ไม่ใช่ เนย-โย เพราะภาษาบาลีไม่มีสระเออ, a-hu-ney-yo)
2. การเขียนแบบง่าย พบเห็นได้ตามหนังสือบทสวดมนต์ทั่วไปที่ต้องการให้ชาวบ้านอ่านได้ง่าย วิธีการอ่านจึงเหมือนอ่านภาษาไทยปกติ
   • มีการเขียนสระอะให้เห็นชัดเจน เช่น เทวะ และไม่มีการใช้พินทุหรือนิคหิต เนื่องจากเขียนตัวสะกดให้เห็นชัดอยู่แล้วเช่น วัณณะ, อะระหัง
   • ตัวควบกล้ำจะใช้ยามักการบอกการควบกล้ำ เช่น พ๎รห๎ม, เท๎ว
   • สระเอ ที่สะกดด้วย ย ก็ยังคงให้ออกเสียงในทำนองเดียวกับที่ได้กล่าวไว้ข้างต้น เพียงแต่จะเขียนต่างกันเล็กน้อย เช่น อาหุเนยโย