Innate immunity เป็นระบบภูมิคุ้มกันที่ติดตัวมาแต่กำเนิด จัดเป็นกลไกการป้องกันสิ่งแปลกปลอมแบบไม่จำเพาะเจาะจง ได้แก่ พื้นผิวที่สัมผัส antigen โดยตรง คือ ผิวหนังและเยื่อบุต่าง ๆ ซึ่งมีคุณสมบัติเฉพาะตัวในการป้องกันและกำจัดสิ่งแปลกปลอมซึ่งส่วนใหญ่คือเชื้อโรคออกไปจากร่างกาย ดังนี้

• ผิวหนัง เชื้อโรคไม่สามารถบุกรุกผิวหนังปกติที่ไม่มีบาดแผล อีกทั้งความเป็นกรดของไขมันที่ผลิตออกมาจากต่อมไขมันที่ผิวหนัง ได้แก่ lactic acid และ fatty acid ช่วยยับยั้งและทำลายเชื้อโรค หากผิวหนังชั้นนอกเปิดออก เช่น มีบาดแผล หรือ ไฟไหม้ น้ำร้อนลวก เชื้อแบคทีเรียที่อาศัยอยู่ที่ผิวหนังก็จะแบ่งตัวเพิ่มจำนวนอย่างรวดเร็ว เพราะมีอาหารอันอุดมสมบูรณ์และสิ่งแวดล้อมพอเหมาะ เป็นเหตุให้เกิดการอักเสบเป็นหนอง หากเป็นแผลเล็ก ๆ ระบบภูมิคุ้มกันจะกำจัดเชื้อออกไป เพียงล้างแผลให้สะอาด รักษาแผลให้แห้ง ก็หายเป็นปกติได้เอง แต่ถ้าแผลขนาดใหญ่และลึก แผลถูกความร้อนเป็นบริเวณกว้าง ก็เกินกำลังที่ภูมิคุ้มกันจะจัดการไหว เชื้อโรคสามารถแทรกซึมเข้าสู่กระแสเลือดได้โดยง่าย ทำให้เกิดการติดเชื้อในกระแสเลือด (septicemia) และเป็นสาเหตุให้ช็อกและเสียชีวิตในเวลาต่อมา จึงต้องให้ผู้ป่วยอยู่ในห้องแยกเพื่อป้องกันการติดเชื้อ ผู้เข้าไปดูแลผู้ป่วยต้องสวมหมวกและเสื้อคลุม ผูกผ้าปิดจมูกและปาก ล้างมือให้สะอาด สวมถุงมือ เพื่อป้องกันการติดเชื้อจากผู้ดูแล อีกทั้งต้องให้ยาปฏิชีวนะที่ครอบคลุมเชื้อโรคให้ครบชนิด

• เยื่อบุหลอดลม มีเซลล์ที่มีขน (hairy cell) คอยพัดโบกเชื้อโรคให้ออกไปจากหลอดลม อีกทั้งมีเซลล์ผลิตเสมหะ (goblet cell) ที่เหนียวหนืด ไว้คอยดักจับเชื้อโรคคล้ายกาวจับแมลงวันเพื่อไม่ให้เข้าสู่เยื่อบุหลอดลม ผู้สูบบุหรี่จัด เซลล์ขนเสียหน้าที่ไป จึงป่วยด้วยโรคหลอดลมอักเสบบ่อย ๆ

• น้ำมูก น้ำลาย น้ำตา มีหน้าที่ชะล้างเชื้อโรคออกไปจากเยื่อบุ อีกทั้งในสารคัดหลั่งเหล่านี้ยังมี enzyme ที่มีคุณสมบัติในการย่อยทำลายเชื้อโรคอย่างอ่อน ๆ อีกด้วย จะเห็นว่าเมื่อมีสิ่งแปลกปลอมเข้าตา หรือเยื่อบุตาอักเสบ ต่อมน้ำตาจะหลั่งน้ำตาเป็นปริมาณมากออกมาขับไล่สิ่งแปลกปลอมออกไป หรือเมื่อสิ่งแปลกปลอม สารระคายเคืองเข้าจมูกหรือเป็นหวัด เยื่อบุจมูกจะหลั่งน้ำมูกออกมาก และจามบ่อย เพื่อขจัดสิ่งแปลกปลอมเช่นเดียวกันกัน

• การไอ ช่วยขับไล่สิ่งแปลกปลอมที่เราสำลักเข้าไปในหลอดลมและปอด หากสิ่งแปลกปลอมทำให้เกิดการระคายเคืองมาก เราก็ยิ่งไอนาน ไอจนกว่าจะหลุดออกมา ในผู้สูงอายุระบบต่าง ๆ ทำงานเฉื่อยลงรวมถึงการไอด้วย ผู้สูงอายุจึงเป็นปอดอักเสบจากการสำลักได้บ่อย ในผู้ที่จมน้ำก็เช่นกัน ถ้าว่ายน้ำธรรมดา สำลักน้ำเพียงเล็กน้อยมักไม่มีปัญหา สายเสียงและฝาปิดกล่องเสียงจะปิดทันทีเพื่อป้องกันน้ำเข้าไปในหลอดลมเพิ่ม แต่ในกรณีจมน้ำระบบนี้เสียไปเมื่อผู้จมน้ำนานจนหมดสติ น้ำจึงเข้าไปในปอดในปริมาณมาก และถ้าเป็นน้ำครำที่เต็มไปด้วยเชื้อโรคนานาชนิด ทั้งทรงกลม (cocci) ทรงแท่ง (basilli) เชื้อที่ต้องอาศัยออกซิเจน (aerobic bacteria) และไม่อาศัยออกซิเจน (anaerobic bacteria) เชื้อรา โปรโตซัว เกินขีดความสามารถของระบบภูมิคุ้มกันจัดการไหว ต้องกระหน่ำยาต้านจุลชีพหลายขนานอีกแรง จึงปลอดภัยจากปอดอักเสบรุนแรงจากแบคทีเรียในขั้นต้น และไม่ติดเชื้อเข้าสู่กระแสเลือดจนช็อก

• ความเป็นกรดของสารคัดหลั่งในช่องคลอดช่วยป้องกันการเจริญเติบโตของเชื้อก่อโรค

ความแรงของกรดในกระเพาะอาหารที่ฆ่าเชื้อโรคแทบไม่เหลือ ยกเว้นเชื้อทนกรดเพียงไม่กี่ชนิดเท่านั้น

• นอกจากนี้ความสมดุลของเชื้อโรคนานาชนิดที่อาศัยอยู่ตามส่วนต่าง ๆ ของร่างกาย ยังช่วยป้องกันเชื้อชนิดใดชนิดหนึ่งเจริญเติบโตเพิ่มจำนวนมากจนเป็นก่อโรค